<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=us-ascii">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
Hello Alessio,
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">I am sorry your work is taking so long. I can give you some suggestions you can try right away, but because you are dealing with a very large corpus, the virtual appliance definitely will be your best option.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">The key way to accelerate the process is by choosing only the most important ontologies to use for annotation.  (This means the Annotator won't have to look up annotations in the other 900+ ontologies in the system.)  Also, by setting the options Match
 longest only, Exclude numbers, and Exclude synonyms I believe you will minimize annotation time; but I have not confirmed this.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Since system load on the BioPortal side will strongly affect annotation rate, you can monitor the response time for your calls and make sure you aren't overloading the system to the point of inefficiency. But keeping in mind there are millions
 of API calls per day to BioPortal, I think trying to use BioPortal as a high-speed annotation system will not be a satisfying user experience for yourself or its other users.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">The OntoPortal Virtual Appliance is described at <a href="https://www.bioontology.org/wiki/Category:NCBO_Virtual_Appliance" class="">https://www.bioontology.org/wiki/Category:NCBO_Virtual_Appliance</a>. It is available in both a form deployable
 on your own systems (version 2.5), and in an AWS AMI (version 2.4). To apply for access, follow the instructions in that document. You will have to download into your Virtual Appliance the ontologies that you want to use for annotation.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">In a few weeks (by the end of April), we expect to release a version 3.0 of the OntoPortal Virtual Appliance, which is somewhat easier to set up, includes additional annotation capabilities with the AnnotatorPlus, and is available in both local
 and AWS formats.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Because these systems run only on your own dedicated hardware, they will likely be much faster than BioPortal. (And of course, you can increase that speed by getting faster or more hardware, so you have much more control over the system.)</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">I hope this information helps you with your work.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">John<br class="">
<div><br class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On Mar 30, 2020, at 2:26 AM, <a href="mailto:support@bioontology.org" class="">
support@bioontology.org</a> wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div class="">
<p class="">Name: agravina </p>
<p class=""><a href="mailto:gravina.alessio@gmail.com" class="">Email: gravina.alessio@gmail.com</a>
</p>
<p class="">Location: http%3A%2F%<a href="http://2Fbioportal.bioontology.org" class="">2Fbioportal.bioontology.org</a>%2Fresource_index
</p>
<p class=""><br class="">
<strong class="">Feedback:</strong> </p>
<p class="">reply to: <a href="mailto:gravina.alessio@gmail.com" class="">gravina.alessio@gmail.com</a></p>
<p class="">Hi, <br class="">
I am annotating a dataset with your NCBO annotator through REST API. Unfortunatelly, with REST API I am able to annotate 8 sentences per second, on average. By making some statistics this process will require 4 years.
<br class="">
So I am asking to you a suggestion to speed up the process. I have read of an AWS virtual appliance, do you think it could be beneficial?
<br class="">
Is the AWS virtual appliance a local version of the web service? or does the AWS virtual appliance query the web service though REST API?
<br class="">
Do you have other suggestion to speed up the process? <br class="">
Thank you for your help. <br class="">
Kind regards, <br class="">
Alessio</p>
<div class=""><br class="webkit-block-placeholder">
</div>
</div>
_______________________________________________<br class="">
bioontology-support mailing list<br class="">
<a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu" class="">bioontology-support@lists.stanford.edu</a><br class="">
https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support<br class="">
</div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
<div class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
========================
<div class="">John Graybeal</div>
<div class="">Technical Program Manager</div>
<div class="">Center for Expanded Data Annotation and Retrieval /+/ NCBO BioPortal</div>
<div class="">Stanford Center for Biomedical Informatics Research<br class="">
650-736-1632  | ORCID  0000-0001-6875-5360</div>
<div class=""><br class="">
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
</div>
<br class="">
</div>
</body>
</html>