<div dir="ltr">Thank you so much for your answer. I will follow your advice to use the virtual appliance.<br><br>Thank you for your help.<div><br></div><div>All the best,<br>Alessio</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Mon, Mar 30, 2020 at 5:46 PM John Graybeal <<a href="mailto:jgraybeal@stanford.edu">jgraybeal@stanford.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">



<div style="overflow-wrap: break-word;">
Hello Alessio,
<div><br>
</div>
<div>I am sorry your work is taking so long. I can give you some suggestions you can try right away, but because you are dealing with a very large corpus, the virtual appliance definitely will be your best option.</div>
<div><br>
</div>
<div>The key way to accelerate the process is by choosing only the most important ontologies to use for annotation.  (This means the Annotator won't have to look up annotations in the other 900+ ontologies in the system.)  Also, by setting the options Match
 longest only, Exclude numbers, and Exclude synonyms I believe you will minimize annotation time; but I have not confirmed this.</div>
<div><br>
</div>
<div>Since system load on the BioPortal side will strongly affect annotation rate, you can monitor the response time for your calls and make sure you aren't overloading the system to the point of inefficiency. But keeping in mind there are millions
 of API calls per day to BioPortal, I think trying to use BioPortal as a high-speed annotation system will not be a satisfying user experience for yourself or its other users.</div>
<div><br>
</div>
<div>The OntoPortal Virtual Appliance is described at <a href="https://www.bioontology.org/wiki/Category:NCBO_Virtual_Appliance" target="_blank">https://www.bioontology.org/wiki/Category:NCBO_Virtual_Appliance</a>. It is available in both a form deployable
 on your own systems (version 2.5), and in an AWS AMI (version 2.4). To apply for access, follow the instructions in that document. You will have to download into your Virtual Appliance the ontologies that you want to use for annotation.</div>
<div><br>
</div>
<div>In a few weeks (by the end of April), we expect to release a version 3.0 of the OntoPortal Virtual Appliance, which is somewhat easier to set up, includes additional annotation capabilities with the AnnotatorPlus, and is available in both local
 and AWS formats.</div>
<div><br>
</div>
<div>Because these systems run only on your own dedicated hardware, they will likely be much faster than BioPortal. (And of course, you can increase that speed by getting faster or more hardware, so you have much more control over the system.)</div>
<div><br>
</div>
<div>I hope this information helps you with your work.</div>
<div><br>
</div>
<div>John<br>
<div><br>
<blockquote type="cite">
<div>On Mar 30, 2020, at 2:26 AM, <a href="mailto:support@bioontology.org" target="_blank">
support@bioontology.org</a> wrote:</div>
<br>
<div>
<div>
<p>Name: agravina </p>
<p><a href="mailto:gravina.alessio@gmail.com" target="_blank">Email: gravina.alessio@gmail.com</a>
</p>
<p>Location: http%3A%2F%<a href="http://2Fbioportal.bioontology.org" target="_blank">2Fbioportal.bioontology.org</a>%2Fresource_index
</p>
<p><br>
<strong>Feedback:</strong> </p>
<p>reply to: <a href="mailto:gravina.alessio@gmail.com" target="_blank">gravina.alessio@gmail.com</a></p>
<p>Hi, <br>
I am annotating a dataset with your NCBO annotator through REST API. Unfortunatelly, with REST API I am able to annotate 8 sentences per second, on average. By making some statistics this process will require 4 years.
<br>
So I am asking to you a suggestion to speed up the process. I have read of an AWS virtual appliance, do you think it could be beneficial?
<br>
Is the AWS virtual appliance a local version of the web service? or does the AWS virtual appliance query the web service though REST API?
<br>
Do you have other suggestion to speed up the process? <br>
Thank you for your help. <br>
Kind regards, <br>
Alessio</p>
<div><br>
</div>
</div>
_______________________________________________<br>
bioontology-support mailing list<br>
<a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu" target="_blank">bioontology-support@lists.stanford.edu</a><br>
<a href="https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support" target="_blank">https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support</a><br>
</div>
</blockquote>
</div>
<br>
<div>
<div style="color:rgb(0,0,0);letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px">
<div style="color:rgb(0,0,0);letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px">
<div style="color:rgb(0,0,0);letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px">
<div style="color:rgb(0,0,0);letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px">
<div style="color:rgb(0,0,0);letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px">
<div style="color:rgb(0,0,0);letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px">
<div style="color:rgb(0,0,0);letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px">
========================
<div>John Graybeal</div>
<div>Technical Program Manager</div>
<div>Center for Expanded Data Annotation and Retrieval /+/ NCBO BioPortal</div>
<div>Stanford Center for Biomedical Informatics Research<br>
650-736-1632  | ORCID  0000-0001-6875-5360</div>
<div><br>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<br>
</div>
<br>
</div>
</div>

</blockquote></div>