<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
Hi Ching-Hua,
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">You could use an API call like the following to examine the latest submission of a given ontology:</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/ICD10/latest_submission?include=all" class="">http://data.bioontology.org/ontologies/ICD10/latest_submission?include=all</a></div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">In the JSON results, there should be a “submissionStatus” name/value pair with an array of statuses, e.g.:</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><img apple-inline="yes" id="F61EE81E-BAD1-4F2C-BB81-99C90D1FC67A" src="cid:AAB79AAB-3DE6-4EC3-9430-1DDF539B5A07@stanford.edu" class=""></div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">If any of the processing steps failed, there would be status values with an “ERROR” string, e.g.:</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><img apple-inline="yes" id="CEFFCAA0-FF22-4E65-99FC-05F9DA185AB7" src="cid:098F4D4C-6B11-4CCA-81C8-11AFFE790663@stanford.edu" class=""></div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Alternatively, you could issue API calls to get the root classes of an ontology, or all of the classes for an ontology. If the ontology failed to process correctly, you would likely see failures or empty sets when trying to access the ontology
 content:</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/ICD10/classes/roots" class="">http://data.bioontology.org/ontologies/ICD10/classes/roots</a></div>
<div class=""><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/ICD10/classes" class="">http://data.bioontology.org/ontologies/ICD10/classes</a></div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Finally, you could look at the log file for a given ontology to see if there were any error during processing. Information about log file location is here:</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><a href="https://www.bioontology.org/wiki/Virtual_Appliance_FAQ#Is_there_a_log_file_for_parsing.3F" class="">https://www.bioontology.org/wiki/Virtual_Appliance_FAQ#Is_there_a_log_file_for_parsing.3F</a></div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">We also have some public documentation of the REST API that you may find helpful:</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><a href="http://data.bioontology.org/documentation" class="">http://data.bioontology.org/documentation</a></div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Kind regards,</div>
<div class="">Jennifer</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
<div><br class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On Apr 30, 2020, at 7:59 AM, Ching-Hua Chen <<a href="mailto:chinghua@us.ibm.com" class="">chinghua@us.ibm.com</a>> wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div class="socmaildefaultfont" dir="ltr" style="font-family:Arial, Helvetica, sans-serif;font-size:9pt">
<div dir="ltr" style="font-family:Arial, Helvetica, sans-serif;font-size:9pt" class="">
<div dir="ltr" class="">Thanks, Jennifer!</div>
<div dir="ltr" class=""> </div>
<div dir="ltr" class="">My apologies, the text I was actually annotating is: </div>
<div dir="ltr" class=""> </div>
<div dir="ltr" class="">text_to_annotate = "Relationship among genotype, biochemical phenotype, and cognitive performance in females with phenylalanine hydroxylase deficiency: report from the Maternal Phenylketonuria Collaborative Study. OBJECTIVE  To examine
 the relationship of phenylalanine hydroxylase ( PAH ) genotypes to biochemical phenotype and cognitive development in maternal phenylketonuria ( PKU ) . METHODOLOGY  PAH gene mutations were examined in 222 hyperphenylalaninemic females enrolled in the Maternal
 PKU Collaborative Study ( MPKUCS ) . A total of 84 different mutations were detected , and complete genotype was obtained in 199 individuals . Based on previous knowledge about mutation-phenotype associations , 78 of the mutations could be assigned to one
 of four classes of severity ( severe PKU , moderate PKU , mild PKU , and mild hyperphenylalaninemia [ MHP ] ) . Then , 189 MPKUCS subjects were grouped according to the various combinations of mutation classifications . The sample sizes were large enough for
 statistical testing in four groups with at least one mutation that completely abolishes enzyme activity . These patients are considered functionally hemizygous . RESULTS  The biochemical phenotype predicted from the genotype in functionally hemizygous patients
 was related significantly to the assigned phenylalanine level . Cognitive performance ( IQ ) was also significantly related to genotype . The IQ of PAH-deficient mothers with a severe PKU mutation in combination with a MHP mutation or a mild PKU mutation was
 99 and 96 , respectively , whereas the IQ of PKU mothers with two severe PKU mutations or with one severe and one moderate PKU mutation was 83 and 84 , respectively . Of the patients with PKU , 92 % had been treated during childhood . Those who were untreated
 or treated late had lower than average IQ scores for their group of mutation combinations . Females with moderate or mild PKU who were treated early and treated for > 6 years showed IQ scores 10 points above average for their group . CONCLUSIONS  The reproductive
 outcome in maternal phenylketonuria is dependent on prenatal metabolic control and postnatal environmental circumstances . Both factors depend on the intellectual resources of the mother with PKU . The significant relationship among genotype , biochemical
 phenotype , and cognitive performance observed in the present study is of importance for the development of an optimal strategy for future treatment of females with PKU who plan pregnancy"</div>
<div dir="ltr" class=""> </div>
<div dir="ltr" class=""> </div>
<div dir="ltr" class="">Is there a way to check the status of submitted ontologies without using the UI? (My appliance is not very responsive when I try to access it using the UI. However, when I make API calls it seems to be quite responsive. Maybe the reason
 I am getting empty results for some ontologies is that the request is timing out....)<br class="">
 </div>
<div dir="ltr" class="">Should I be examining the ontology submission status? I'm not very familiar with the API yet, if you are able to provide an example API call that can return the status would be much appreciated!</div>
<div dir="ltr" class=""> </div>
<div dir="ltr" class="">Best,</div>
<div dir="ltr" class=""> </div>
<div dir="ltr" class="">
<div dir="ltr" style="font-family:Arial, Helvetica, sans-serif;font-size:10.5pt" class="">
<div dir="ltr" style="font-family:Arial, Helvetica, sans-serif;font-size:10.5pt" class="">
<div dir="ltr" style="font-family:Arial, Helvetica, sans-serif;font-size:10.5pt" class="">
<div dir="ltr" style="font-family:Arial, Helvetica, sans-serif;font-size:10.5pt" class="">
<div dir="ltr" style="font-family:Arial;font-size:10.5pt" class="">
<div dir="ltr" class="">
<div dir="ltr" class=""><span style="font-size:0.857em;" class="">Ching-Hua Chen<br class="">
<br class="">
Computational Health Behavior & Decision Science</span></div>
<div dir="ltr" class=""><span style="font-size:0.857em;" class="">IBM, T.J. Watson Research Center</span></div>
<div dir="ltr" class=""><span style="font-size:0.857em;" class="">1101 Kitchawan Road, Yorktown Heights, NY 10598<br class="">
<br class="">
<a href="mailto:chinghua@us.ibm.com" class="">chinghua@us.ibm.com</a><br class="">
(914) 945-2061 (o); (845) 519-7582 (m)</span></div>
<div dir="ltr" class=""> </div>
<div dir="ltr" class=""><span style="font-size:0.857em;" class="">"Important things tend to be hard. Stay focused on why you started down a particular path in the first place." - Shirley Ann Jackson</span></div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<div dir="ltr" class=""> </div>
<div dir="ltr" class=""> </div>
<blockquote data-history-content-modified="1" dir="ltr" style="border-left:solid #aaaaaa 2px; margin-left:5px; padding-left:5px; direction:ltr; margin-right:0px" class="">
----- Original message -----<br class="">
From: Jennifer Leigh Vendetti <<a href="mailto:vendetti@stanford.edu" class="">vendetti@stanford.edu</a>><br class="">
To: Ching-Hua Chen <<a href="mailto:chinghua@us.ibm.com" class="">chinghua@us.ibm.com</a>><br class="">
Cc: "<a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu" class="">bioontology-support@lists.stanford.edu</a>" <<a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu" class="">bioontology-support@lists.stanford.edu</a>><br class="">
Subject: [EXTERNAL] Re: [bioontology-support] Annotation GET results<br class="">
Date: Wed, Apr 29, 2020 7:25 PM<br class="">
 <br class="">
<!--Notes ACF
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf8" >-->Hello Ching-Hua,
<div class=""> 
<div class=""> 
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On Apr 29, 2020, at 3:37 PM, Ching-Hua Chen <<a href="mailto:chinghua@us.ibm.com" target="_blank" class="">chinghua@us.ibm.com</a>> wrote:</div>
 
<div class="">
<div dir="ltr" style="font-family:Arial, Helvetica, sans-serif;font-size:9pt" class="">
<div dir="ltr" class=""><span style="font-size: 9pt;" class="">I am running the sample code "annotate_txt.py" and experiencing results that I can't understand.</span></div>
<div dir="ltr" class=""> </div>
<div dir="ltr" class="">I modified the API call to the following, in order to specifically use the ICD10 ontology:</div>
<div dir="ltr" class=""> </div>
<div dir="ltr" style="margin-left: 40px;" class=""><span style="font-family:Courier New,Courier,monospace;" class="">get_json(REST_URL + "/annotator?ontologies=ICD10&text=" + urllib.parse.quote(text_to_annotate))  </span></div>
<div dir="ltr" class=""> </div>
<div dir="ltr" class="">When I reference the public bioportal, I get non-zero results for the text_to_annotate provided.</div>
</div>
</div>
</blockquote>
<div class=""> </div>
<div class=""> </div>
<div class="">I’m not able to reproduce this on our end. I issued that REST call and public BioPortal returns empty results if you constrain to the ICD10 ontology. This is the specific call that I used:</div>
<div class=""> </div>
<div class=""><a href="http://data.bioontology.org/annotator?ontologies=ICD10&text=Melanoma+is+a+malignant+tumor+of+melanocytes+which+are+found+predominantly+in+skin+but+also+in+the+bowel+and+the+eye" target="_blank" class="">http://data.bioontology.org/annotator?ontologies=ICD10&text=Melanoma+is+a+malignant+tumor+of+melanocytes+which+are+found+predominantly+in+skin+but+also+in+the+bowel+and+the+eye</a>.</div>
<div class=""> </div>
<div class="">… and I see an empty result set:</div>
<div class=""> </div>
<div class=""><span id="cid:67099FF0-67F6-41E3-80D6-B12A2DAA72E6@stanford.edu"><Image.67099FF0-67F6-41E3-80D6-B12A2DAA72E6@stanford.edu.png></span></div>
<div class=""> </div>
<div class=""> </div>
 
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">
<div dir="ltr" style="font-family:Arial, Helvetica, sans-serif;font-size:9pt" class="">
<div dir="ltr" class="">However, when I change the URL to reference my local Virtual Appliance, the annotation results are empty, even though ICD10 is listed as one of the ontologies on my virtual appliance.</div>
<div dir="ltr" class=""> </div>
<div dir="ltr" class="">This discrepancy only occurs for some ontologies, and not others, that are on my virtual appliance. Any suggestions on why this might be happening?</div>
</div>
</div>
</blockquote>
<div class=""> </div>
<div class=""> </div>
<div class="">If you’re not seeing expected Annotator results from a particular ontology, one thing to check is whether that ontology has been fully and successfully processed in your appliance instance. In other words, look at the ontology metadata page and
 see if there are any error statuses for the last submission of the ontology. You should see a list of statuses for the last submission that include “Parsed, Indexed, Metrics, Annotator”:</div>
<div class=""> </div>
<div class=""><span id="cid:9FCDB055-8868-46ED-B34B-F08CDE085D2F@stanford.edu"><Image.9FCDB055-8868-46ED-B34B-F08CDE085D2F@stanford.edu.png></span></div>
<div class=""> </div>
<div class=""> </div>
<div class="">Alternatively, if you have administrative privileges for your appliance instance, you can log in and look at the Admin -> Ontology Administration tab, which will indicate if there are any ontology processing issues.</div>
<div class=""> </div>
<div class="">Kind regards,</div>
<div class="">Jennifer</div>
<div class=""> </div>
</div>
</div>
</blockquote>
<div dir="ltr" class=""> </div>
</div>
</div>
<br class="">
</div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
</div>
</body>
</html>