<div dir="ltr"><div>Hi Jennifer,</div><div><br></div>Thank you so much. I was not aware of this. I loaded it in Protege and there were no issues.<div>I will make sure to correct these in future uploads.</div><div><br></div><div>Thank you.</div><div>Vipina</div><div><br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Thu, Jul 16, 2020 at 11:57 PM Jennifer Leigh Vendetti <<a href="mailto:vendetti@stanford.edu">vendetti@stanford.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">



<div style="overflow-wrap: break-word;">
Hello Vipina,
<div><br>
</div>
<div>There are 2,535 occurrences in your ontology source file where the value of rdf:about has a leading space character. One such example can be seen on line 156,587:</div>
<div><br>
</div>
<div><owl:Class rdf:about=" <a href="http://purl.obolibrary.org/obo/CIDO_UMLS_C5203670" target="_blank">
http://purl.obolibrary.org/obo/CIDO_UMLS_C5203670</a>”></div>
<div><br>
</div>
<div>The ontology parsing library we use internally considers these leading space characters illegal:</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>Detailed logs:<br>
--------------------------------------------------------------------------------<br>
Parser: org.semanticweb.owlapi.rdf.rdfxml.parser.RDFXMLParser@985696<br>
    Stack trace:<br>
org.semanticweb.owlapi.rdf.rdfxml.parser.RDFParserException: [line=156589:column=79] IRI '
<a href="http://purl.obolibrary.org/obo/CIDO_UMLS_C5203670'" target="_blank">http://purl.obolibrary.org/obo/CIDO_UMLS_C5203670'</a> cannot be resolved against current base IRI
<a href="http://purl.obolibrary.org/obo/cido.owl" target="_blank">http://purl.obolibrary.org/obo/cido.owl</a> reason is: Illegal character in scheme name at index 0: %20http://<a href="http://purl.obolibrary.org/obo/CIDO_UMLS_C5203670" target="_blank">purl.obolibrary.org/obo/CIDO_UMLS_C5203670</a>
        org.semanticweb.owlapi.rdf.rdfxml.parser.RDFXMLParser.parse(RDFXMLParser.java:76)<br>
        uk.ac.manchester.cs.owl.owlapi.OWLOntologyFactoryImpl.loadOWLOntology(OWLOntologyFactoryImpl.java:221)<br>
<br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>I ran a search and replace over the file to remove these leading space characters and uploaded the modified version of your ontology as a new submission. It’s fully processed and available in BioPortal now. If you want to submit updates, you’ll
 need to correct these leading space characters in your original source file.</div>
<div><br>
</div>
<div>Kind regards,</div>
<div>Jennifer</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>
<div><br>
<blockquote type="cite">
<div>On Jul 16, 2020, at 2:29 PM, Kuttichi Keloth, Vipina <<a href="mailto:vk396@njit.edu" target="_blank">vk396@njit.edu</a>> wrote:</div>
<br>
<div>
<div dir="ltr">Thank you. I was able to upload some time back ( <span style="color:rgb(33,37,41);font-family:-apple-system,BlinkMacSystemFont,"Segoe UI",Roboto,"Helvetica Neue",Arial,sans-serif,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji","Segoe UI Symbol","Noto Color Emoji";font-size:14px">
CIDIT_V1_2). But I guess there is a processing error.</span>
<div><span style="color:rgb(33,37,41);font-family:-apple-system,BlinkMacSystemFont,"Segoe UI",Roboto,"Helvetica Neue",Arial,sans-serif,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji","Segoe UI Symbol","Noto Color Emoji";font-size:14px">It shows under
 the submissions - uploaded,<b> Error rdf.</b></span></div>
<div><span style="color:rgb(33,37,41);font-family:-apple-system,BlinkMacSystemFont,"Segoe UI",Roboto,"Helvetica Neue",Arial,sans-serif,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji","Segoe UI Symbol","Noto Color Emoji";font-size:14px"><b><br>
</b></span></div>
<div><span style="color:rgb(33,37,41);font-family:-apple-system,BlinkMacSystemFont,"Segoe UI",Roboto,"Helvetica Neue",Arial,sans-serif,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji","Segoe UI Symbol","Noto Color Emoji";font-size:14px"><b>Could
 you please reprocess it?</b></span></div>
<div><span style="color:rgb(33,37,41);font-family:-apple-system,BlinkMacSystemFont,"Segoe UI",Roboto,"Helvetica Neue",Arial,sans-serif,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji","Segoe UI Symbol","Noto Color Emoji";font-size:14px"><b><br>
</b></span></div>
<div><span style="color:rgb(33,37,41);font-family:-apple-system,BlinkMacSystemFont,"Segoe UI",Roboto,"Helvetica Neue",Arial,sans-serif,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji","Segoe UI Symbol","Noto Color Emoji";font-size:14px"><b>Thank
 you.</b></span></div>
<div><span style="color:rgb(33,37,41);font-family:-apple-system,BlinkMacSystemFont,"Segoe UI",Roboto,"Helvetica Neue",Arial,sans-serif,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji","Segoe UI Symbol","Noto Color Emoji";font-size:14px"><b>Vipina</b></span></div>
</div>
<br>
<div class="gmail_quote">
<div dir="ltr" class="gmail_attr">On Thu, Jul 16, 2020 at 5:25 PM Michael Dorf <<a href="mailto:mdorf@stanford.edu" target="_blank">mdorf@stanford.edu</a>> wrote:<br>
</div>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
Hi Vipina,<br>
<br>
Thank you for your report. Apologies for that. There was a system glitch that required clearing of our internal cache repositories. The ontology submission page is now back to operational. Let us know if you are still experiencing issues.<br>
<br>
Thank you!<br>
<br>
Michael<br>
<br>
> On Jul 16, 2020, at 11:45 AM, Kuttichi Keloth, Vipina <<a href="mailto:vk396@njit.edu" target="_blank">vk396@njit.edu</a>> wrote:<br>
> <br>
> Hi,<br>
> <br>
> I guess you are notified about the issue. The submit ontology page returns an error.<br>
> <br>
> Could you please look into this?<br>
> <br>
> Thank you.<br>
> Vipina<br>
> _______________________________________________<br>
> bioontology-support mailing list<br>
> <a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu" target="_blank">
bioontology-support@lists.stanford.edu</a><br>
> <a href="https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support" rel="noreferrer" target="_blank">
https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support</a><br>
<br>
</blockquote>
</div>
_______________________________________________<br>
bioontology-support mailing list<br>
<a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu" target="_blank">bioontology-support@lists.stanford.edu</a><br>
<a href="https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support" target="_blank">https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support</a><br>
</div>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
</div>

</blockquote></div>