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<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal"><span style="mso-fareast-language:EN-US">Hi Alex,<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="mso-fareast-language:EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="mso-fareast-language:EN-US">Apologies for taking so long to get back to you on this.
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="mso-fareast-language:EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="mso-fareast-language:EN-US">Thank you very much to the “firstboot” tip, that worked a treat.
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="mso-fareast-language:EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="mso-fareast-language:EN-US">A couple of weeks ago I created a request at
<a href="https://license.ontoportal.org/licenses%20for%20appliance%20id%20d8d04b7b-577b-4d09-b40a-82ccc0a12b99">
https://license.ontoportal.org/licenses for appliance id d8d04b7b-577b-4d09-b40a-82ccc0a12b99</a>. Can you please double check that this hasn’t been lost? I’m happy to provide additional information if required.
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="mso-fareast-language:EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="mso-fareast-language:EN-US">Also we’re having issues loading new Ontologies, we can use the portal to upload a file and it appears in the list however when clicking into the Ontology, the summary tab shows:<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="mso-fareast-language:EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><b><span style="mso-fareast-language:EN-US">Metrics<o:p></o:p></span></b></p>
<p class="MsoNormal"><i><span style="mso-fareast-language:EN-US">We have not yet calculated metrics for ONTOLOGY<o:p></o:p></span></i></p>
<p class="MsoNormal"><i><span style="mso-fareast-language:EN-US"><o:p> </o:p></span></i></p>
<p class="MsoNormal"><b><span style="mso-fareast-language:EN-US">Visits<o:p></o:p></span></b></p>
<p class="MsoNormal"><i><span style="mso-fareast-language:EN-US">We are still collecting data for ONTOLOGY<o:p></o:p></span></i></p>
<p class="MsoNormal"><i><span style="mso-fareast-language:EN-US"><o:p> </o:p></span></i></p>
<p class="MsoNormal"><span style="mso-fareast-language:EN-US">And the “classes” tab reports:
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="mso-fareast-language:EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="mso-fareast-language:EN-US">“Problem retrieving classes”<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="mso-fareast-language:EN-US"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="mso-fareast-language:EN-US">Does any of this sound familiar? Or can you suggest some logs to read which might point us in a right direction to solve?<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="mso-fareast-language:EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="mso-fareast-language:EN-US">Apologies again for taking so long to respond.
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="mso-fareast-language:EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="mso-fareast-language:EN-US">Thanks,<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="mso-fareast-language:EN-US">Alex. <o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="mso-fareast-language:EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<div>
<div style="border:none;border-top:solid #E1E1E1 1.0pt;padding:3.0pt 0cm 0cm 0cm">
<p class="MsoNormal"><b><span lang="EN-US">From:</span></b><span lang="EN-US"> Alex Skrenchuk <alex.skrenchuk@stanford.edu>
<br>
<b>Sent:</b> Friday, 3 July 2020 5:42 AM<br>
<b>To:</b> Alex Mozejko <alex.mozejko@databiology.com>; support@bioontology.org<br>
<b>Subject:</b> Re: [bioontology-support] Databiology: Default web portal credentials<o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">HI Alex,<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">We have not yet experimented with importing OVA to AWS because we are counting that the majority of users will deploy OntoPortal from the AWS marketplace.   We were recently been made aware that version 3.0.1 of the appliance
 sometimes doesn’t initialize properly in AWS during the first boot which could be usually resolved with a second reboot.   <o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> <o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">During the very first boot of the appliance we have a firstboot script that resets API keys for the Web UI and Admin user.  If it detects that appliance is running in AWS then it will also resets Admin password to match
 the instance-id of your EC2 instance. <o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">First I would try to use the EC2 instance-id for admin password and if that doesn’t work then you could try to force re-run of the firstboot script.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">ssh to instance as centos user and:<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">sudo touch /srv/ontoportal/firstboot <o:p>
</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">sudo chown ontoportal /srv/ontoportal/firstboot<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">sudo reboot <o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">-Alex<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<div style="border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0cm 0cm 0cm">
<p class="MsoNormal"><b><span lang="EN-US" style="font-size:12.0pt;color:black">From:
</span></b><span lang="EN-US" style="font-size:12.0pt;color:black">bioontology-support <</span><a href="mailto:bioontology-support-bounces@lists.stanford.edu"><span lang="EN-US" style="font-size:12.0pt">bioontology-support-bounces@lists.stanford.edu</span></a><span lang="EN-US" style="font-size:12.0pt;color:black">>
 on behalf of Alex Mozejko <</span><a href="mailto:alex.mozejko@databiology.com"><span lang="EN-US" style="font-size:12.0pt">alex.mozejko@databiology.com</span></a><span lang="EN-US" style="font-size:12.0pt;color:black">><br>
<b>Date: </b>Thursday, July 2, 2020 at 8:00 AM<br>
<b>To: </b>"</span><a href="mailto:support@bioontology.org"><span lang="EN-US" style="font-size:12.0pt">support@bioontology.org</span></a><span lang="EN-US" style="font-size:12.0pt;color:black">" <</span><a href="mailto:support@bioontology.org"><span lang="EN-US" style="font-size:12.0pt">support@bioontology.org</span></a><span lang="EN-US" style="font-size:12.0pt;color:black">><br>
<b>Subject: </b>[bioontology-support] Databiology: Default web portal credentials<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Hello, <o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> <o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">We have recently deployed the Bioportal appliance to one of our AWS environments but can’t seem to login using the credentials:
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> <o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Username: admin<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Password: changemeNOW<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> <o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Whenever I try I get the error: <o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> <o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="color:red">“Errors On Form. </span>
<span lang="EN-US"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="color:red">Invalid account name/password combination”</span><span lang="EN-US"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> <o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">The default ssh user credentials worked and I can confirm ssh access.
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> <o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">I can also confirm that creating a new user and uploading an ontology works, so good news there
</span><span lang="EN-US" style="font-family:"Segoe UI Emoji",sans-serif">😊</span><span lang="EN-US"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> <o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">The process I followed to deploy this appliance is as follows:
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> <o:p></o:p></span></p>
<ol style="margin-top:0cm" start="1" type="1">
<li class="MsoListParagraph" style="margin-left:0cm;mso-list:l1 level1 lfo3"><span lang="EN-US">Download OVA image from
</span><a href="https://bioportal.bioontology.org/virtual_appliance"><span lang="EN-US">https://bioportal.bioontology.org/virtual_appliance</span></a><span lang="EN-US"><o:p></o:p></span></li><li class="MsoListParagraph" style="margin-left:0cm;mso-list:l1 level1 lfo3"><span lang="EN-US">Copy OVA to s3 bucket<o:p></o:p></span></li><li class="MsoListParagraph" style="margin-left:0cm;mso-list:l1 level1 lfo3"><span lang="EN-US">Use aws cli to convert image to AMI as detailed
</span><a href="https://docs.aws.amazon.com/vm-import/latest/userguide/vmimport-image-import.html"><span lang="EN-US">here</span></a><span lang="EN-US"><o:p></o:p></span></li><li class="MsoListParagraph" style="margin-left:0cm;mso-list:l1 level1 lfo3"><span lang="EN-US">Launched virtual machine using the converted AMI
<o:p></o:p></span></li><li class="MsoListParagraph" style="margin-left:0cm;mso-list:l1 level1 lfo3"><span lang="EN-US">Navigate to portal
<o:p></o:p></span></li><li class="MsoListParagraph" style="margin-left:0cm;mso-list:l1 level1 lfo3"><span lang="EN-US">Try to login as admin<o:p></o:p></span></li><li class="MsoListParagraph" style="margin-left:0cm;mso-list:l1 level1 lfo3"><span lang="EN-US">Get error<o:p></o:p></span></li></ol>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> <o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Can you please confirm that the credentials I’m trying to use are correct? And is there a way to reset the ‘admin’ user’s password?<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> <o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Thanks,<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Alex. <o:p></o:p></span></p>
</div>
</body>
</html>