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<body lang="EN-AU" link="blue" vlink="purple">
<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal"><span style="mso-fareast-language:EN-US">Hi John,<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="mso-fareast-language:EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="mso-fareast-language:EN-US">Thanks for organising the license. I can confirm that the email came through (albeit to ‘junk’
</span><span style="font-family:"Segoe UI Emoji",sans-serif;mso-fareast-language:EN-US">😊</span><span style="mso-fareast-language:EN-US">) and that the license was able to be applied successfully.
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="mso-fareast-language:EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="mso-fareast-language:EN-US">Thanks also for the troubleshooting tips, I haven’t had a chance to look through these today but hopefully will be able to early next week.
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="mso-fareast-language:EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="mso-fareast-language:EN-US">Thanks,<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="mso-fareast-language:EN-US">Alex. <o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="mso-fareast-language:EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<div>
<div style="border:none;border-top:solid #E1E1E1 1.0pt;padding:3.0pt 0cm 0cm 0cm">
<p class="MsoNormal"><b><span lang="EN-US">From:</span></b><span lang="EN-US"> John Graybeal <jgraybeal@stanford.edu>
<br>
<b>Sent:</b> Friday, 24 July 2020 12:07 AM<br>
<b>To:</b> Alex Mozejko <alex.mozejko@databiology.com><br>
<b>Cc:</b> Alex Skrenchuk <alex.skrenchuk@stanford.edu>; support@bioontology.org; Georges Heiter <georges.heiter@databiology.com><br>
<b>Subject:</b> Re: [bioontology-support] Databiology: Default web portal credentials<o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Hi Alex, <o:p></o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Thanks for the note about the license key, I've approved your license. Please let me know if you don't get the email, we're working through some email issues.<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">It sounds like the ontology parsing didn't complete successfully. The guidance in the <a href="https://ontoportal.github.io/administration/ontologies/submitting_ontologies/">Submitting Ontologies</a> and <a href="https://ontoportal.github.io/administration/ontologies/troubleshooting_submissions/">Troubleshooting
 Submissions</a> sections of our Administration guide might help you to narrow down the problem. (The most common problem we see in BioPortal is that the ontology isn't parseable, and that can be checked with Protege, but you may have checked that already.)<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">If that doesn't work, let us know where you get stuck.<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">John<o:p></o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><br>
<br>
<o:p></o:p></p>
<blockquote style="margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt">
<div>
<p class="MsoNormal">On Jul 22, 2020, at 11:02 PM, Alex Mozejko <<a href="mailto:alex.mozejko@databiology.com">alex.mozejko@databiology.com</a>> wrote:<o:p></o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">Hi Alex,<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Apologies for taking so long to get back to you on this.<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Thank you very much to the “firstboot” tip, that worked a treat.<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">A couple of weeks ago I created a request at<span class="apple-converted-space"> </span><a href="https://license.ontoportal.org/licenses%20for%20appliance%20id%20d8d04b7b-577b-4d09-b40a-82ccc0a12b99"><span style="color:#0563C1">https://license.ontoportal.org/licenses
 for appliance id d8d04b7b-577b-4d09-b40a-82ccc0a12b99</span></a>. Can you please double check that this hasn’t been lost? I’m happy to provide additional information if required.<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Also we’re having issues loading new Ontologies, we can use the portal to upload a file and it appears in the list however when clicking into the Ontology, the summary tab shows:<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><b>Metrics</b><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><i>We have not yet calculated metrics for ONTOLOGY</i><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><i> </i><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><b>Visits</b><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><i>We are still collecting data for ONTOLOGY</i><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><i> </i><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">And the “classes” tab reports:<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">“Problem retrieving classes”<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Does any of this sound familiar? Or can you suggest some logs to read which might point us in a right direction to solve?<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Apologies again for taking so long to respond.<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Thanks,<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Alex.<span class="apple-converted-space"> </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<div style="border:none;border-top:solid #E1E1E1 1.0pt;padding:3.0pt 0cm 0cm 0cm">
<div>
<p class="MsoNormal"><b><span lang="EN-US">From:</span></b><span class="apple-converted-space"><span lang="EN-US"> </span></span><span lang="EN-US">Alex Skrenchuk <</span><a href="mailto:alex.skrenchuk@stanford.edu"><span lang="EN-US">alex.skrenchuk@stanford.edu</span></a><span lang="EN-US">><span class="apple-converted-space"> </span><br>
<b>Sent:</b><span class="apple-converted-space"> </span>Friday, 3 July 2020 5:42 AM<br>
<b>To:</b><span class="apple-converted-space"> </span>Alex Mozejko <</span><a href="mailto:alex.mozejko@databiology.com"><span lang="EN-US">alex.mozejko@databiology.com</span></a><span lang="EN-US">>;
</span><a href="mailto:support@bioontology.org"><span lang="EN-US">support@bioontology.org</span></a><span lang="EN-US"><br>
<b>Subject:</b><span class="apple-converted-space"> </span>Re: [bioontology-support] Databiology: Default web portal credentials</span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">HI Alex,</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">We have not yet experimented with importing OVA to AWS because we are counting that the majority of users will deploy OntoPortal from the AWS marketplace.   We were recently been made aware that version 3.0.1 of the appliance
 sometimes doesn’t initialize properly in AWS during the first boot which could be usually resolved with a second reboot.   </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">During the very first boot of the appliance we have a firstboot script that resets API keys for the Web UI and Admin user.  If it detects that appliance is running in AWS then it will also resets Admin password to match
 the instance-id of your EC2 instance.<span class="apple-converted-space"> </span></span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">First I would try to use the EC2 instance-id for admin password and if that doesn’t work then you could try to force re-run of the firstboot script.</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">ssh to instance as centos user and:</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">sudo touch /srv/ontoportal/firstboot<span class="apple-converted-space"> </span></span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">sudo chown ontoportal /srv/ontoportal/firstboot</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">sudo reboot<span class="apple-converted-space"> </span></span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">-Alex</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div style="border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0cm 0cm 0cm">
<div>
<p class="MsoNormal"><b><span lang="EN-US" style="font-size:12.0pt">From:<span class="apple-converted-space"> </span></span></b><span lang="EN-US" style="font-size:12.0pt">bioontology-support <</span><a href="mailto:bioontology-support-bounces@lists.stanford.edu"><span lang="EN-US" style="font-size:12.0pt;color:#0563C1">bioontology-support-bounces@lists.stanford.edu</span></a><span lang="EN-US" style="font-size:12.0pt">>
 on behalf of Alex Mozejko <</span><a href="mailto:alex.mozejko@databiology.com"><span lang="EN-US" style="font-size:12.0pt;color:#0563C1">alex.mozejko@databiology.com</span></a><span lang="EN-US" style="font-size:12.0pt">><br>
<b>Date:<span class="apple-converted-space"> </span></b>Thursday, July 2, 2020 at 8:00 AM<br>
<b>To:<span class="apple-converted-space"> </span></b>"</span><a href="mailto:support@bioontology.org"><span lang="EN-US" style="font-size:12.0pt;color:#0563C1">support@bioontology.org</span></a><span lang="EN-US" style="font-size:12.0pt">" <</span><a href="mailto:support@bioontology.org"><span lang="EN-US" style="font-size:12.0pt;color:#0563C1">support@bioontology.org</span></a><span lang="EN-US" style="font-size:12.0pt">><br>
<b>Subject:<span class="apple-converted-space"> </span></b>[bioontology-support] Databiology: Default web portal credentials</span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> </span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Hello,<span class="apple-converted-space"> </span></span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">We have recently deployed the Bioportal appliance to one of our AWS environments but can’t seem to login using the credentials:</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Username: admin</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Password: changemeNOW</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Whenever I try I get the error:<span class="apple-converted-space"> </span></span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="color:red">“Errors On Form.<span class="apple-converted-space"> </span></span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="color:red">Invalid account name/password combination”</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">The default ssh user credentials worked and I can confirm ssh access.</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">I can also confirm that creating a new user and uploading an ontology works, so good news there<span class="apple-converted-space"> </span></span><span lang="EN-US" style="font-family:"Segoe UI Emoji",sans-serif">😊</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">The process I followed to deploy this appliance is as follows:</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> </span><o:p></o:p></p>
</div>
<ol style="margin-top:0cm" start="1" type="1">
<li class="MsoListParagraph" style="margin-top:0cm;margin-bottom:0cm;margin-bottom:.0001pt;mso-list:l1 level1 lfo3">
<span lang="EN-US">Download OVA image from<span class="apple-converted-space"> </span></span><a href="https://bioportal.bioontology.org/virtual_appliance"><span lang="EN-US" style="color:#0563C1">https://bioportal.bioontology.org/virtual_appliance</span></a><o:p></o:p></li><li class="MsoListParagraph" style="margin-top:0cm;margin-bottom:0cm;margin-bottom:.0001pt;mso-list:l1 level1 lfo3">
<span lang="EN-US">Copy OVA to s3 bucket</span><o:p></o:p></li><li class="MsoListParagraph" style="margin-top:0cm;margin-bottom:0cm;margin-bottom:.0001pt;mso-list:l1 level1 lfo3">
<span lang="EN-US">Use aws cli to convert image to AMI as detailed<span class="apple-converted-space"> </span></span><a href="https://docs.aws.amazon.com/vm-import/latest/userguide/vmimport-image-import.html"><span lang="EN-US" style="color:#0563C1">here</span></a><o:p></o:p></li><li class="MsoListParagraph" style="margin-top:0cm;margin-bottom:0cm;margin-bottom:.0001pt;mso-list:l1 level1 lfo3">
<span lang="EN-US">Launched virtual machine using the converted AMI</span><o:p></o:p></li><li class="MsoListParagraph" style="margin-top:0cm;margin-bottom:0cm;margin-bottom:.0001pt;mso-list:l1 level1 lfo3">
<span lang="EN-US">Navigate to portal</span><o:p></o:p></li><li class="MsoListParagraph" style="margin-top:0cm;margin-bottom:0cm;margin-bottom:.0001pt;mso-list:l1 level1 lfo3">
<span lang="EN-US">Try to login as admin</span><o:p></o:p></li><li class="MsoListParagraph" style="margin-top:0cm;margin-bottom:0cm;margin-bottom:.0001pt;mso-list:l1 level1 lfo3">
<span lang="EN-US">Get error</span><o:p></o:p></li></ol>
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<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> </span><o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Can you please confirm that the credentials I’m trying to use are correct? And is there a way to reset the ‘admin’ user’s password?</span><o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> </span><o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Thanks,</span><o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Alex.<span class="apple-converted-space"> </span></span><o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica",sans-serif">_______________________________________________<br>
bioontology-support mailing list<br>
</span><a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu"><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica",sans-serif">bioontology-support@lists.stanford.edu</span></a><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica",sans-serif"><br>
</span><a href="https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support"><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica",sans-serif">https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support</span></a><o:p></o:p></p>
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</blockquote>
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<p class="MsoNormal"><span style="color:black">======================== <o:p></o:p></span></p>
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<p class="MsoNormal"><span style="color:black">John Graybeal<o:p></o:p></span></p>
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<p class="MsoNormal"><span style="color:black">Technical Program Manager<o:p></o:p></span></p>
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<p class="MsoNormal"><span style="color:black">Center for Expanded Data Annotation and Retrieval /+/ NCBO BioPortal<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:black">Stanford Center for Biomedical Informatics Research<br>
650-736-1632  | ORCID  0000-0001-6875-5360<o:p></o:p></span></p>
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<p class="MsoNormal"><span style="color:black"><o:p> </o:p></span></p>
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