<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
Hi Marwa,
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Thank you for your questions. In BioPortal there are optional categories that one can assign to his/her ontology during the creation phase. An ontology can belong to multiple categories, but they are not hierarchical. You can obtain the list of
 available categories by using this API service endpoint:</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><a href="http://data.bioontology.org/categories" class="">http://data.bioontology.org/categories</a></div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">To determine which group an ontology belongs to, you can make this call:</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/SNOMEDCT?display=all" class="">http://data.bioontology.org/ontologies/SNOMEDCT?display=all</a></div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">The “hasDomain” field contains the list of the categories for a given ontology.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">To your second question, our current data store is an RDF database called “4store”:</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><a href="https://github.com/4store/4store" class="">https://github.com/4store/4store</a></div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">We do, however, have short-term plans to migrate to AllegroGraph:</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><a href="https://allegrograph.com/products/allegrograph/" class="">https://allegrograph.com/products/allegrograph/</a></div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Our Virtual Appliance v3.0, which you can download and install in your own environment, already includes compatibility with AllegroGraph.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">As far the direct access to the database, we have a SPARQL endpoint that you can use:</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><a href="http://sparql.bioontology.org/" class="">http://sparql.bioontology.org/</a></div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Unfortunately, the data contained in that endpoint isn’t regularly synced with our production data, so it will not contain all the ontologies that exist in BioPortal. As part of the near future migration to AllegroGraph, we plan to implement a
 SPARQL endpoint that mirrors our production data.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Please let me know if I omitted anything or if you have further questions.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Michael</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
<div class="">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;">
----------------------------------------------------<br class="">
Michael Dorf<br class="">
Chief Software Architect<br class="">
The National Center for Biomedical Ontology<br class="">
Stanford Biomedical Informatics Research<br class="">
<a href="mailto:mdorf@stanford.edu" class="">mdorf@stanford.edu</a><br class="">
O: 650-723-0357<br class="">
M: 650-995-4374<br class="">
----------------------------------------------------</div>
</div>
</div>
<div><br class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On Jul 27, 2020, at 3:50 AM, <a href="mailto:support@bioontology.org" class="">
support@bioontology.org</a> wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div class="">
<p class="">Name: Marwa </p>
<p class=""><a href="mailto:marwa.abdelrehem@fci.au.edu.eg" class="">Email: marwa.abdelrehem@fci.au.edu.eg</a>
</p>
<p class="">Location: https%3A%2F%<a href="http://2Fbioportal.bioontology.org" class="">2Fbioportal.bioontology.org</a>%2Fontologies
</p>
<p class=""><br class="">
<strong class="">Feedback:</strong> </p>
<p class="">I am a researcher interested in ontology reuse and especially in bio-ontologies. In a part of my research, I am interested to determine the ontology domain (Category). My question is does bioportal has a hierarchy for those categories? and if so,
 can I have access to it? <br class="">
The second question is what is the type of database that you store the ontologies information in? and also can I have access to it?
<br class="">
Thanks in advance.</p>
<div class=""><br class="webkit-block-placeholder">
</div>
</div>
_______________________________________________<br class="">
bioontology-support mailing list<br class="">
<a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu" class="">bioontology-support@lists.stanford.edu</a><br class="">
https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support<br class="">
</div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
</div>
</body>
</html>