<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
Hi Chris, 
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">I will contact you off-thread to answer this question, since you're 'right next door' (metaphorically speaking). </div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">I do not know of any existing tool that is exactly what you want, but I know we or others have written a script a few times to do what you want. (Depending on scope, the easiest thing might be to just manually run a command or use the UI.)</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">John<br class="">
<div><br class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On Aug 4, 2020, at 2:09 PM, Christopher F. Beaulieu <<a href="mailto:beaulieu@stanford.edu" class="">beaulieu@stanford.edu</a>> wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div class="">
<div class="" style="word-wrap:break-word; line-break:after-white-space">Hi,
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">I have a need to try to match several very large lists of terms/short phrases with standardized annotations from the radiology RadLex ontology.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">I can see how someone with programming expertise can work this out through the API or other resources on GitHub.   But what I wonder is if there is already an application </div>
<div class="">someone created out there for a similar task. Sorry but I am naive about programming but thought I’d check before enlisting a developer.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Ideally I’d like to provide a list and the return would be any matching RadLex terms with their RadLex ID’s as well.   </div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">thanks for any guidance,</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Chris</div>
<div class="">
<div class="">
<div class="" style="letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; word-wrap: break-word;">
<div class="" style="letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; word-wrap: break-word;">
<div class="" style="letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; word-wrap: break-word;">
<div class="" style="word-wrap:break-word">
<div style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px;" class="">
<br class="">
</div>
<div style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px;" class="">
*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*<br class="">
Christopher F. Beaulieu MD, PhD<br class="">
Professor of Radiology<br class="">
</div>
<div style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px;" class="">
Associate Chair of Education<br class="">
Stanford University Medical Center<br class="">
300 Pasteur Dr., S-056<br class="">
Stanford, CA  94305<br class="">
<a href="mailto:beaulieu@stanford.edu" class="">beaulieu@stanford.edu</a><br class="">
650-725-8018 (voice)<br class="">
650-725-7296 (fax)</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">p.s. example list attached (the numbers are irrelevant)  </div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""></div>
</div>
<div class="" style="word-wrap:break-word; line-break:after-white-space">
<div class=""></div>
</div>
</div>
<span id="cid:620CDD1842CBA749893C874104475300@namprd02.prod.outlook.com"><CHCO_iris diagnosis list copy test.txt></span>_______________________________________________<br class="">
bioontology-support mailing list<br class="">
<a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu" class="">bioontology-support@lists.stanford.edu</a><br class="">
https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support<br class="">
</div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
<div class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
========================
<div class="">John Graybeal</div>
<div class="">Technical Program Manager</div>
<div class="">Center for Expanded Data Annotation and Retrieval /+/ NCBO BioPortal</div>
<div class="">Stanford Center for Biomedical Informatics Research<br class="">
650-736-1632  | ORCID  0000-0001-6875-5360</div>
<div class=""><br class="">
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
</div>
<br class="">
</div>
</body>
</html>