<div dir="ltr"><div dir="ltr">Dear Jennifer,<div><font face="arial, sans-serif"><br></font></div></div><font face="arial, sans-serif">Thank you for your reply. Sorry for any confusion!<br>I can give one example:<br><br></font><div><font face="arial, sans-serif"><font color="#000000">I was looking at some UBERON classes, like "venous blood" (UBERON:0013756). If I resolve the ID of this class (<a href="http://purl.obolibrary.org/obo/UBERON_0013756">http://purl.obolibrary.org/obo/UBERON_0013756</a>), <br>I see that that "venous blood" is a descendant of "hematopoietic system" (UBERON:0002390): </font></font></div><div><div><font face="arial, sans-serif"><img src="cid:ii_kdr09jiv1" alt="image.png" width="193" height="151" style="margin-right: 0px;"><br></font></div><div><font face="arial, sans-serif">But "venous blood" doesn't show up as one of the descendants of the "hematopoietic system" class in BioPortal. <br>The descendants page of the "hematopoietic system" class is even completely empty: <br><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/UBERON/classes/http%3A%2F%2Fpurl.obolibrary.org%2Fobo%2FUBERON_0002390/descendants">http://data.bioontology.org/ontologies/UBERON/classes/http%3A%2F%2Fpurl.obolibrary.org%2Fobo%2FUBERON_0002390/descendants</a></font></div><div><font face="arial, sans-serif"><br>Similar to when I look at ancestors of "venous blood", the "hematopoietic system" class doesn't show up as ancestor:<br></font><a href="http://data.bioontology.org/ontologies/UBERON/classes/http%3A%2F%2Fpurl.obolibrary.org%2Fobo%2FUBERON_0013756/ancestors">http://data.bioontology.org/ontologies/UBERON/classes/http%3A%2F%2Fpurl.obolibrary.org%2Fobo%2FUBERON_0013756/ancestors</a>  <font face="arial, sans-serif"><br></font></div><div><br></div><div>So both the classes "venous blood" and "hematopoietic system" are present in BioPortal, but the hierarchy doesn't seem to be complete/correct.</div><div><br></div><div>I hope I made it a bit more clear. Thank you for your quick response and help!</div><div><br></div><div>Kind regards,</div><div>Emma</div><div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Wed, Aug 12, 2020 at 12:23 AM Jennifer Leigh Vendetti <<a href="mailto:vendetti@stanford.edu">vendetti@stanford.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">



<div style="overflow-wrap: break-word;">
Hello Emma,
<div><br>
</div>
<div>I reprocessed the UBERON ontology in our system. However, the "hematopoietic system” class is still shown as a leaf node with no children. As a secondary step, I downloaded the ontology source file and double checked against different software,
 i.e., I loaded the ontology into the Protege ontology editor. Protege displays the same hierarchy with this particular class as a leaf node (screen shot below).</div>
<div><br>
</div>
<div>Could you be more specific with regard to why you think there are classes missing from the ontology, and/or why the structure isn’t what you’re expecting?</div>
<div><br>
</div>
<div>Kind regards,</div>
<div>Jennifer</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div><img id="gmail-m_3546679974596620925F20DEEB4-8F37-4DEB-B3BE-82402C1AB440" src="cid:173e1640c50994129f81"></div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>
<div><br>
<blockquote type="cite">
<div>On Aug 10, 2020, at 2:58 AM, Emma Vos <<a href="mailto:emma@thehyve.nl" target="_blank">emma@thehyve.nl</a>> wrote:</div>
<br>
<div>
<div dir="ltr">Dear Jennifer,
<div><br>
</div>
<div><font face="arial, sans-serif">As I was querying terms in the UBERON ontology, I figured there is a similar issue as with the Cell Ontology.
<br>
I was looking for children/descendants of the class <span style="white-space:pre-wrap">"hematopoietic system", but these are missing in BioPortal</span></font><span style="white-space:pre-wrap;font-family:arial,sans-serif">.
</span></div>
<div><span style="white-space:pre-wrap;font-family:arial,sans-serif">Other classes seem to be missing as
</span>well<span style="white-space:pre-wrap;font-family:arial,sans-serif">.
</span></div>
<div><font face="arial, sans-serif"><span style="white-space:pre-wrap"><br>
</span></font></div>
<div><font face="arial, sans-serif"><span style="white-space:pre-wrap">Would you be able to help me out with this as well?</span></font></div>
<div><font face="arial, sans-serif"><span style="white-space:pre-wrap"><br>
</span></font></div>
<div><font face="arial, sans-serif"><span style="white-space:pre-wrap">Kind regards,</span></font></div>
<div><font face="arial, sans-serif"><span style="white-space:pre-wrap">Emma Vos</span></font></div>
</div>
<br>
<div class="gmail_quote">
<div dir="ltr" class="gmail_attr">On Mon, Jul 27, 2020 at 8:48 AM Emma Vos <<a href="mailto:emma@thehyve.nl" target="_blank">emma@thehyve.nl</a>> wrote:<br>
</div>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
<div dir="ltr">Dear Jennifer,
<div><br>
</div>
<div>That's great, thank you very much!</div>
<div><br>
</div>
<div>Kind regards,</div>
<div>Emma</div>
</div>
<br>
<div class="gmail_quote">
<div dir="ltr" class="gmail_attr">On Thu, Jul 16, 2020 at 11:40 PM Jennifer Leigh Vendetti <<a href="mailto:vendetti@stanford.edu" target="_blank">vendetti@stanford.edu</a>> wrote:<br>
</div>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
<div>Hello Emma,
<div><br>
<div><br>
<blockquote type="cite">
<div>On Jul 15, 2020, at 10:57 AM, <a href="mailto:support@bioontology.org" target="_blank">
support@bioontology.org</a> wrote:</div>
<br>
<div>
<div>
<p>I wanted to annotate some cell types (e.g. "monocyte") with Cell Ontology terms, using the Annotator tool. Unfortunately, this didn't work. When browsing through the Cell Ontology, I saw that part of the ontology is missing in BioPortal. For example,
 Cell Ontology contains a term for "monocyte": <a href="http://purl.obolibrary.org/obo/CL_0000576" target="_blank">
http://purl.obolibrary.org/obo/CL_0000576</a> . But this term is not included in the Cell Ontology on BioPortal. Hence why I couldn't annotate this "monocyte" properly using the Annotator tool.</p>
<p>Another issue I had was with downloading the CSV file of Cell Ontology. I get the following error:
<br>
"Cannot read latest submission upload file: /srv/ncbo/repository/CL/73/CL.csv.gz"</p>
<div><br>
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>Apologies for the inconvenience. It appears there was an error that occurred during the processing of the latest submission of the Cell Ontology. I reprocessed the ontology and the issues you reported are resolved - the CSV file is downloadable
 again, and the classes page appears normal.</div>
<div><br>
</div>
<div>Kind regards,</div>
<div>Jennifer</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div><span id="gmail-m_3546679974596620925cid:1738f0790713b94fd2c1"><Screenshot 2020-07-16 14.36.38.png></span></div>
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br clear="all">
<div><br>
</div>
-- <br>
<div dir="ltr">
<div dir="ltr">
<div>
<div dir="ltr">
<div>
<div dir="ltr">
<p><span>Emma Vos | Data Engineer</span></p>
<p><img src="https://docs.google.com/uc?export=download&id=1p1QmNUCB4EKQ-qI0YTgYN0eZt8b_bV0M&revid=0B7YE47A_Oq-IT1gyUTNvMk96Wk16Vy9JRDZmcG8yd1dReWl3PQ"><br>
<span></span><span style="color:rgb(34,34,34)"></span></p>
<span style="color:rgb(127,186,56)">E.   </span><span style="color:rgb(17,85,204)"><span><a href="mailto:emma@thehyve.nl" target="_blank">emma@thehyve.nl</a></span></span><span style="color:rgb(127,186,56)"><br>
</span>
<p><span style="color:rgb(127,186,56)">T.</span><span style="color:rgb(34,34,34)">   </span><span>+31(0)30 700 9713</span><span style="color:rgb(127,186,56)"><br>
</span></p>
<p><span style="color:rgb(127,186,56)">W.<span>  </span></span><span><a rel="nofollow" href="http://www.thehyve.nl/" target="_blank">www.thehyve.nl</a></span></p>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br clear="all">
<div><br>
</div>
-- <br>
<div dir="ltr">
<div dir="ltr">
<div>
<div dir="ltr">
<div>
<div dir="ltr">
<p><span>Emma Vos | Data Engineer</span></p>
<p><img src="https://docs.google.com/uc?export=download&id=1p1QmNUCB4EKQ-qI0YTgYN0eZt8b_bV0M&revid=0B7YE47A_Oq-IT1gyUTNvMk96Wk16Vy9JRDZmcG8yd1dReWl3PQ"><br>
<span></span><span style="color:rgb(34,34,34)"></span></p>
<span style="color:rgb(127,186,56)">E.   </span><span style="color:rgb(17,85,204)"><span><a href="mailto:emma@thehyve.nl" target="_blank">emma@thehyve.nl</a></span></span><span style="color:rgb(127,186,56)"><br>
</span>
<p><span style="color:rgb(127,186,56)">T.</span><span style="color:rgb(34,34,34)">   </span><span>+31(0)30 700 9713</span><span style="color:rgb(127,186,56)"><br>
</span></p>
<p><span style="color:rgb(127,186,56)">W.<span>  </span></span><span><a rel="nofollow" href="http://www.thehyve.nl/" target="_blank">www.thehyve.nl</a></span></p>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
</div>

</blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><p><span style="color:rgb(0,0,0)">Emma Vos | Data Engineer</span></p><p><img src="https://docs.google.com/uc?export=download&id=1p1QmNUCB4EKQ-qI0YTgYN0eZt8b_bV0M&revid=0B7YE47A_Oq-IT1gyUTNvMk96Wk16Vy9JRDZmcG8yd1dReWl3PQ"><br><span style="color:rgb(0,0,0)"></span><span style="color:rgb(34,34,34)"></span></p><span style="color:rgb(127,186,56)">E.   </span><span style="color:rgb(17,85,204)"><span style="color:rgb(0,0,0)"><a href="mailto:emma@thehyve.nl" target="_blank">emma@thehyve.nl</a></span></span><span style="color:rgb(127,186,56)"><br></span><p><span style="color:rgb(127,186,56)">T.</span><span style="color:rgb(34,34,34)">   </span><span style="color:rgb(0,0,0)">+31(0)30 700 9713</span><span style="color:rgb(127,186,56)"><br></span></p><p><span style="color:rgb(127,186,56)">W.<span style="color:rgb(0,0,0)">  </span></span><span style="color:rgb(0,0,0)"><a rel="nofollow" href="http://www.thehyve.nl" target="_blank">www.thehyve.nl</a></span></p></div></div></div></div></div></div></div></div></div>