<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
Hi Brian,
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">
<div><br class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On Aug 11, 2020, at 10:45 AM, Aevermann, Brian <<a href="mailto:baeverma@jcvi.org" class="">baeverma@jcvi.org</a>> wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div class="WordSection1" style="page: WordSection1; caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 14px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none;">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span style="font-size: 11pt;" class="">I have recently updated the OGMS ontology via github and the file for the new release has been uploaded to bioportal; however, there are issues. I pushed my release about a week ago but the new version is not displaying
 in bioportal. Next to the file it says rdf errors, and I would like to know how to fix this situation.</span></div>
</div>
</div>
</blockquote>
<div><br class="">
</div>
<div><br class="">
</div>
<div>I found the following issues with the latest submission of ogms.owl:</div>
<div><br class="">
</div>
<div>1). On lines 33 and 39, there’s an invalid value in the xml:lang attribute:</div>
<div><br class="">
</div>
<div><rdfs:comment xml:lang="<a href="http://jcvi.org" class="">jcvi.org</a>. be sure to include a google-account username with your request (this will be the username associated with a gmail address). we use google apps for sharing and development purposes.”></div>
<div><br class="">
</div>
<div>Valid values for xml:lang are two letter language abbreviations, e.g.:</div>
<div><br class="">
</div>
<div>xml:lang=“en”</div>
<div><br class="">
</div>
<div>2). The parsing log contained a number of "URI error - illegal Unicode escape \u0020 in URI” errors. The underlying cause of this error is an invalid XML namespace declaration on line 11:</div>
<div><br class="">
</div>
<div>
<div>xmlns:rdf1="<a href="http://www.w3.org/2002/07/owl#versionIRI" class="">http://www.w3.org/2002/07/owl#versionIRI</a> rdf:"</div>
<div class=""><br class="">
</div>
</div>
<div>… i.e., there should be no spaces in the URI portion of the declaration.</div>
<div><br class="">
</div>
<div>I modified the source file pulled from GitHub to set the above mentioned xml:lang tags to “en”. I also deleted the invalid XML namespace declaration on line 11, and replaced line 50:</div>
<div><br class="">
</div>
<div>
<div><rdf1:resource><a href="http://purl.obolibrary.org/obo/ogms/2020-07-06/ogms.owl</rdf1:resource>" class="">http://purl.obolibrary.org/obo/ogms/2020-07-06/ogms.owl</rdf1:resource></a></div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">… with this:</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">
<div class=""><owl:versionIRI rdf:resource="<a href="http://purl.obolibrary.org/obo/ogms/2020-07-06/ogms.owl" class="">http://purl.obolibrary.org/obo/ogms/2020-07-06/ogms.owl</a>"/></div>
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">I reprocessed the ontology after making these modifications, and BioPortal completed the parsing / loading process successfully. If you’d like future versions to load successfully, you’ll need to fix the GitHub version that BioPortal is configured
 to check nightly.</div>
</div>
<div><br class="">
</div>
<br class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">
<div class="WordSection1" style="page: WordSection1; caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 14px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none;">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span style="font-size: 11pt;" class=""><o:p class=""> </o:p></span></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span style="font-size: 11pt;" class="">Also the version name is not being updated when I release. The last several releases have been labelled 2018-11-27. I don’t know where that label is coming from. Any clues would be appreciated.</span></div>
</div>
</div>
</blockquote>
<div><br class="">
</div>
<div><br class="">
</div>
<div>It’s read from the owl:versionInfo property. The last 3 OWL files submitted contained:</div>
<div><br class="">
</div>
<div><owl:versionInfo>2018-11-27</owl:versionInfo></div>
<div><br class="">
</div>
<div>When I reprocessed the latest submission today, the new version information was correctly set during the parsing process.</div>
<div><br class="">
</div>
<div>Kind regards,</div>
<div>Jennifer</div>
<div><br class="">
</div>
</div>
</div>
</body>
</html>