<div dir="ltr"><div dir="ltr">Jennifer,<input name="virtru-metadata" type="hidden" value="{"email-policy":{"state":"closed","expirationUnit":"days","disableCopyPaste":false,"disablePrint":false,"disableForwarding":false,"enableNoauth":false,"persistentProtection":false,"expandedWatermarking":false,"expires":false,"isManaged":false},"attachments":{},"compose-id":"1","compose-window":{"secure":false}}"><div>     We'd love to upgrade to v3.0 of the appliance as soon as our DevOps has the bandwidth to do so. Thanks for checking on this and I am glad my issue is at least reproducible. I'll await further feedback from you after you've had a chance to connect with your colleagues tomorrow.</div><div><br></div><div>Thanks a ton,</div><div>Rakesh</div></div><br><div class="gmail_quote" style=""><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Wed, Aug 12, 2020 at 7:49 PM Jennifer Leigh Vendetti <<a href="mailto:vendetti@stanford.edu">vendetti@stanford.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">



<div style="overflow-wrap: break-word;">
Hi Rakesh,
<div><br>
</div>
<div>OK - I’m sorry to say that I don’t have a satisfactory answer for you at the moment. I installed a virtual appliance instance in my local development environment and attempted to upload the SNOMED CT TTL file. I reproduced the 500 error that you
 reported. Unfortunately, the log files where I would usually look for errors don’t contain anything enlightening (appliance.log, unicorn.stderr.log, unicorn.stdout.log). I’ve pinged our IT person in charge of packaging the appliance to see what other log files
 might contain error output, and will get back to you with what I find out.</div>
<div><br>
</div>
<div>A few things to note:</div>
<div><br>
</div>
<div>1). There's a new version of the appliance out (3.0.2). Not sure if this is of interest to you in terms of possibly upgrading. I was testing with 3.0.2, so it won’t help with your immediate issue.</div>
<div><br>
</div>
<div>2). The REST API logging is turned off by default in version 2.5 of the appliance. If you want to turn it on in order to examine log output, you’ll need to uncomment stderr_path and stdout_path in /srv/ncbo/ontologies_api/current/config/unicorn.rb.
 Again, this may not help with your immediate issue since I have REST API logging turned on in my local instance and the log files didn’t reveal anything obvious. If you turn on logging, the files should be located in /srv/ncbo/ontologies_api/current/log.</div>
<div><br>
</div>
<div>I should be able to speak with a couple of colleagues tomorrow and hope to have other tips for you.</div>
<div><br>
</div>
<div>Kind regards,</div>
<div>Jennifer</div>
<div> <br>
<div><br>
<blockquote type="cite">
<div>On Aug 12, 2020, at 2:32 PM, Rakesh Nagarajan <<a href="mailto:rakesh@pieriandx.com" target="_blank">rakesh@pieriandx.com</a>> wrote:</div>
<br>
<div>
<div dir="ltr">
<div dir="ltr">Jennifer,
<div>     No worries at all. I did track this down last night and tried to use the API and again got an Internal Server Error. The submission itself isn't succeeding so there is no submission ID created on the server and so I can't check logs there.
 Is there a way to check any other internal application server (nginx, tomcat?) logs to see why the submission is failing? I have tried to restart the VM and flushed the goo cache per the instructions as well. I also validated the TTL file in Protege which
 was able to successfully load the complete SNOMEDCT file without errors. Any other ideas?</div>
<div><br>
</div>
<div>Thanks so much for your help,</div>
<div>Rakesh</div>
</div>
<br>
<div class="gmail_quote">
<div dir="ltr" class="gmail_attr">On Wed, Aug 12, 2020 at 2:48 PM Jennifer Leigh Vendetti <<a href="mailto:vendetti@stanford.edu" target="_blank">vendetti@stanford.edu</a>> wrote:<br>
</div>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
<div>Sorry about that Rakesh - I meant to send a link to this script in our sample code repository:
<div><br>
</div>
<div><a href="https://github.com/ncbo/ncbo_rest_sample_code/blob/master/ruby/bioportal_ontologies_import.rb" target="_blank">https://github.com/ncbo/ncbo_rest_sample_code/blob/master/ruby/bioportal_ontologies_import.rb</a></div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>
<div><br>
<blockquote type="cite">
<div>On Aug 11, 2020, at 6:31 PM, Rakesh Nagarajan <<a href="mailto:rakesh@pieriandx.com" target="_blank">rakesh@pieriandx.com</a>> wrote:</div>
<br>
<div>
<div dir="ltr">
<div dir="ltr">Jennifer,
<div>     Thanks! Can you confirm the last link where you refer to a script but that link is the same as the previous link?</div>
<div><br>
</div>
<div>Thanks,</div>
<div>Rakesh</div>
</div>
<br>
<div class="gmail_quote">
<div dir="ltr" class="gmail_attr">On Tue, Aug 11, 2020 at 6:18 PM Jennifer Leigh Vendetti <<a href="mailto:vendetti@stanford.edu" target="_blank">vendetti@stanford.edu</a>> wrote:<br>
</div>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
<div>Hi Rakesh,
<div><br>
<div><br>
<blockquote type="cite">
<div>On Aug 10, 2020, at 5:18 PM, <a href="mailto:support@bioontology.org" target="_blank">
support@bioontology.org</a> wrote:</div>
<br>
<div>
<div>
<p>Name: rakesh </p>
<p><a href="mailto:rakesh@pieriandx.com" target="_blank">Email: rakesh@pieriandx.com</a>
</p>
<p>Location: https%3A%2F%<a href="http://2fbioportal.bioontology.org/" target="_blank">2Fbioportal.bioontology.org</a>%2F
</p>
<p><br>
<strong>Feedback:</strong> </p>
<p>Hello, <br>
I am using v2.5 of the Ontoportal appliance and have successfully loaded NCIT a few times now. I am now attempting to load SNOMED-CT after conversion from the UMLS using umls2rdf as a .ttl file. I have selected UMLS as the format but I have now tried twice
 to upload via UI and the server threw an error saying 'something went wrong and administrators have been notified. However I dont know what happened. Are there logs on the server to check?
</p>
</div>
</div>
</blockquote>
<div><br>
</div>
<div>There are some instructions for locating log files here:</div>
<div><br>
</div>
<div><a href="https://ontoportal.github.io/administration/ontologies/submitting_ontologies/#is-there-a-log-file-for-parsing" target="_blank">https://ontoportal.github.io/administration/ontologies/submitting_ontologies/#is-there-a-log-file-for-parsing</a></div>
<br>
<blockquote type="cite">
<div>
<div>
<p>Any other ideas to help troubleshoot? Finally are there commands to load directly on the server I may use?</p>
<div><br>
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>I’m not certain this is what you’re asking for, but you can manually re-parse an ontology submission using this methodology:</div>
<div><br>
</div>
<div><a href="https://ontoportal.github.io/administration/ontologies/submitting_ontologies/#manually-reparsing-using-the-ruby-console" target="_blank">https://ontoportal.github.io/administration/ontologies/submitting_ontologies/#manually-reparsing-using-the-ruby-console</a></div>
<div><br>
</div>
<div>It’s also possible to upload ontologies programmatically. An appliance user submitted the following script to our code sample repository:</div>
<div><br>
</div>
<div><a href="https://ontoportal.github.io/administration/ontologies/submitting_ontologies/#manually-reparsing-using-the-ruby-console" target="_blank">https://ontoportal.github.io/administration/ontologies/submitting_ontologies/#manually-reparsing-using-the-ruby-console</a></div>
<div><br>
</div>
<div>It’s a script that imports ontologies from on appliance instance to another, which is not what you’re doing. However, I thought that some portions of the code might be of interest to you.</div>
<div><br>
</div>
<div>Kind regards,</div>
<div>Jennifer</div>
<div><br>
</div>
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br clear="all">
<div><br>
</div>
-- <br>
<div dir="ltr">
<div dir="ltr">
<div>
<div dir="ltr">
<div>
<div dir="ltr">
<div>
<div dir="ltr">
<div dir="ltr">
<p style="color:rgb(68,68,68);font-family:sans-serif;font-size:15px;line-height:0.45">
<span style="color:rgb(35,65,92);font-size:16px;font-family:"Maven Pro",verdana,geneva"><strong>Rakesh Nagarajan</strong></span></p>
<p style="color:rgb(68,68,68);font-family:sans-serif;font-size:15px;line-height:0.45">
<span style="color:rgb(1,195,191);font-family:"Open Sans",verdana,geneva">Founder, President, and Chief Technology & Visionary Officer</span></p>
<p style="color:rgb(68,68,68);font-family:sans-serif;font-size:15px;line-height:1.25">
<span style="color:rgb(35,65,92)">m: 314-504-5620</span><br>
<span style="background-color:transparent;color:rgb(35,65,92);font-size:inherit;font-family:"Open Sans",verdana,geneva">e: </span><span style="color:rgb(35,65,92)"><a href="mailto:rakesh@pieriandx.com" style="color:rgb(35,65,92);border-bottom:none;background-color:transparent;font-size:inherit;font-family:"Open Sans",verdana,geneva" target="_blank">rakesh@pieriandx.com</a></span></p>
<p style="color:rgb(68,68,68);font-family:sans-serif;font-size:15px"><a href="http://www.pieriandx.com/" style="color:rgb(17,85,204)" target="_blank"><img src="https://cdn2.hubspot.net/hubfs/2758906/pierian-logo-trans-light-background.png" alt="pierian-logo-trans-light-background" width="140" style="vertical-align: bottom; width: 140px; max-width: 140px;"></a>  <span style="background-color:transparent;color:inherit;font-size:inherit"> </span><a href="https://www.linkedin.com/in/rakeshnagarajan/" style="color:rgb(17,85,204)" target="_blank"><img src="https://cdn2.hubspot.net/hubfs/2758906/linkedin_circle-512.png" alt="linkedin_circle-512" width="25" style="vertical-align: bottom; background-color: transparent; color: inherit; font-size: inherit; width: 25px; max-width: 25px; margin: 0px 0px 10px;"></a><span style="background-color:transparent;color:inherit;font-size:inherit"> </span><a href="https://twitter.com/pieriandx" style="color:rgb(17,85,204)" target="_blank"><img src="https://cdn2.hubspot.net/hubfs/2758906/twitter_circle-512.png" alt="twitter_circle-512" width="25" style="vertical-align: bottom; background-color: transparent; color: inherit; font-size: inherit; width: 25px; max-width: 25px; margin: 0px 0px 10px;"></a></p>
<p style="color:rgb(68,68,68);font-family:sans-serif;font-size:15px;line-height:0.5">
<span style="color:rgb(35,65,92);background-color:transparent;font-size:12px;font-family:"Maven Pro",verdana,geneva;font-weight:600">Wisdom in Every Report™</span></p>
<p style="color:rgb(68,68,68);font-family:sans-serif;font-size:15px;line-height:1.15">
<span style="color:rgb(101,122,140);background-color:transparent;font-size:10px;font-family:"Open Sans",verdana,geneva">CONFIDENTIALITY NOTICE: This message and any attachments are solely for the use of the intended recipient and may contain privileged,
 confidential or other legally protected information. If you are not the intended recipient, please destroy all copies without reading or disclosing their contents and notify the sender of the error by reply email.</span></p>
<p style="color:rgb(68,68,68);font-family:sans-serif;font-size:15px;line-height:1.15">
<span style="color:rgb(101,122,140);background-color:transparent;font-size:10px;font-family:"Open Sans",verdana,geneva"><br>
</span></p>
<div dir="ltr"><span>
<p dir="ltr" style="line-height:1.38;margin-top:0pt;margin-bottom:0pt"><span></span></p>
<div style="line-height:1.38;margin-top:0pt;margin-bottom:0pt"><span style="font-size:8pt;font-family:Arial;color:rgb(153,153,153);font-style:italic;vertical-align:baseline;white-space:pre-wrap"><br>
</span></div>
</span></div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br clear="all">
<div><br>
</div>
-- <br>
<div dir="ltr">
<div dir="ltr">
<div>
<div dir="ltr">
<div>
<div dir="ltr">
<div>
<div dir="ltr">
<div dir="ltr">
<p style="color:rgb(68,68,68);font-family:sans-serif;font-size:15px;line-height:0.45">
<span style="color:rgb(35,65,92);font-size:16px;font-family:"Maven Pro",verdana,geneva"><strong>Rakesh Nagarajan</strong></span></p>
<p style="color:rgb(68,68,68);font-family:sans-serif;font-size:15px;line-height:0.45">
<span style="color:rgb(1,195,191);font-family:"Open Sans",verdana,geneva">Founder, President, and Chief Technology & Visionary Officer</span></p>
<p style="color:rgb(68,68,68);font-family:sans-serif;font-size:15px;line-height:1.25">
<span style="color:rgb(35,65,92)">m: 314-504-5620</span><br>
<span style="background-color:transparent;color:rgb(35,65,92);font-size:inherit;font-family:"Open Sans",verdana,geneva">e: </span><span style="color:rgb(35,65,92)"><a href="mailto:rakesh@pieriandx.com" style="color:rgb(35,65,92);border-bottom:none;background-color:transparent;font-size:inherit;font-family:"Open Sans",verdana,geneva" target="_blank">rakesh@pieriandx.com</a></span></p>
<p style="color:rgb(68,68,68);font-family:sans-serif;font-size:15px"><a href="http://www.pieriandx.com/" style="color:rgb(17,85,204)" target="_blank"><img src="https://cdn2.hubspot.net/hubfs/2758906/pierian-logo-trans-light-background.png" alt="pierian-logo-trans-light-background" width="140" style="vertical-align: bottom; width: 140px; max-width: 140px;"></a>  <span style="background-color:transparent;color:inherit;font-size:inherit"> </span><a href="https://www.linkedin.com/in/rakeshnagarajan/" style="color:rgb(17,85,204)" target="_blank"><img src="https://cdn2.hubspot.net/hubfs/2758906/linkedin_circle-512.png" alt="linkedin_circle-512" width="25" style="vertical-align: bottom; background-color: transparent; color: inherit; font-size: inherit; width: 25px; max-width: 25px; margin: 0px 0px 10px;"></a><span style="background-color:transparent;color:inherit;font-size:inherit"> </span><a href="https://twitter.com/pieriandx" style="color:rgb(17,85,204)" target="_blank"><img src="https://cdn2.hubspot.net/hubfs/2758906/twitter_circle-512.png" alt="twitter_circle-512" width="25" style="vertical-align: bottom; background-color: transparent; color: inherit; font-size: inherit; width: 25px; max-width: 25px; margin: 0px 0px 10px;"></a></p>
<p style="color:rgb(68,68,68);font-family:sans-serif;font-size:15px;line-height:0.5">
<span style="color:rgb(35,65,92);background-color:transparent;font-size:12px;font-family:"Maven Pro",verdana,geneva;font-weight:600">Wisdom in Every Report™</span></p>
<p style="color:rgb(68,68,68);font-family:sans-serif;font-size:15px;line-height:1.15">
<span style="color:rgb(101,122,140);background-color:transparent;font-size:10px;font-family:"Open Sans",verdana,geneva">CONFIDENTIALITY NOTICE: This message and any attachments are solely for the use of the intended recipient and may contain privileged,
 confidential or other legally protected information. If you are not the intended recipient, please destroy all copies without reading or disclosing their contents and notify the sender of the error by reply email.</span></p>
<p style="color:rgb(68,68,68);font-family:sans-serif;font-size:15px;line-height:1.15">
<span style="color:rgb(101,122,140);background-color:transparent;font-size:10px;font-family:"Open Sans",verdana,geneva"><br>
</span></p>
<div dir="ltr"><span>
<p dir="ltr" style="line-height:1.38;margin-top:0pt;margin-bottom:0pt"><span></span></p>
<div style="line-height:1.38;margin-top:0pt;margin-bottom:0pt"><span style="font-size:8pt;font-family:Arial;color:rgb(153,153,153);font-style:italic;vertical-align:baseline;white-space:pre-wrap"><br>
</span></div>
</span></div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
</div>

</blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><p style="color:rgb(68,68,68);font-family:sans-serif;font-size:15px;line-height:0.45"><span style="color:rgb(35,65,92);font-size:16px;font-family:"Maven Pro",verdana,geneva"><strong>Rakesh Nagarajan</strong></span></p><p style="color:rgb(68,68,68);font-family:sans-serif;font-size:15px;line-height:0.45"><span style="color:rgb(1,195,191);font-family:"Open Sans",verdana,geneva">Founder, President, and Chief Technology & Visionary Officer</span></p><p style="color:rgb(68,68,68);font-family:sans-serif;font-size:15px;line-height:1.25"><span style="color:rgb(35,65,92)">m: 314-504-5620</span><br><span style="background-color:transparent;color:rgb(35,65,92);font-size:inherit;font-family:"Open Sans",verdana,geneva">e: </span><span style="color:rgb(35,65,92)"><a href="mailto:rakesh@pieriandx.com" style="color:rgb(35,65,92);border-bottom:none;background-color:transparent;font-size:inherit;font-family:"Open Sans",verdana,geneva" target="_blank">rakesh@pieriandx.com</a></span></p><p style="color:rgb(68,68,68);font-family:sans-serif;font-size:15px"><a href="http://www.pieriandx.com/" style="color:rgb(17,85,204)" target="_blank"><img src="https://cdn2.hubspot.net/hubfs/2758906/pierian-logo-trans-light-background.png" alt="pierian-logo-trans-light-background" width="140" style="vertical-align: bottom; width: 140px; max-width: 140px;"></a>  <span style="background-color:transparent;color:inherit;font-size:inherit"> </span><a href="https://www.linkedin.com/in/rakeshnagarajan/" style="color:rgb(17,85,204)" target="_blank"><img src="https://cdn2.hubspot.net/hubfs/2758906/linkedin_circle-512.png" alt="linkedin_circle-512" width="25" style="vertical-align: bottom; background-color: transparent; color: inherit; font-size: inherit; width: 25px; max-width: 25px; margin: 0px 0px 10px;"></a><span style="background-color:transparent;color:inherit;font-size:inherit"> </span><a href="https://twitter.com/pieriandx" style="color:rgb(17,85,204)" target="_blank"><img src="https://cdn2.hubspot.net/hubfs/2758906/twitter_circle-512.png" alt="twitter_circle-512" width="25" style="vertical-align: bottom; background-color: transparent; color: inherit; font-size: inherit; width: 25px; max-width: 25px; margin: 0px 0px 10px;"></a></p><p style="color:rgb(68,68,68);font-family:sans-serif;font-size:15px;line-height:0.5"><span style="color:rgb(35,65,92);background-color:transparent;font-size:12px;font-family:"Maven Pro",verdana,geneva;font-weight:600">Wisdom in Every Report™</span></p><p style="color:rgb(68,68,68);font-family:sans-serif;font-size:15px;line-height:1.15"><span style="color:rgb(101,122,140);background-color:transparent;font-size:10px;font-family:"Open Sans",verdana,geneva">CONFIDENTIALITY NOTICE: This message and any attachments are solely for the use of the intended recipient and may contain privileged, confidential or other legally protected information. If you are not the intended recipient, please destroy all copies without reading or disclosing their contents and notify the sender of the error by reply email.</span></p><p style="color:rgb(68,68,68);font-family:sans-serif;font-size:15px;line-height:1.15"><span style="color:rgb(101,122,140);background-color:transparent;font-size:10px;font-family:"Open Sans",verdana,geneva"><br></span></p><div dir="ltr"><span><p dir="ltr" style="line-height:1.38;margin-top:0pt;margin-bottom:0pt"><span></span></p><p dir="ltr" style="line-height:1.38;margin-top:0pt;margin-bottom:0pt"><span style="font-size:8pt;font-family:Arial;color:rgb(153,153,153);font-style:italic;vertical-align:baseline;white-space:pre-wrap"><br></span></p></span></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>