<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
Thanks for that correction Samson, and apologies to all that I navigated down the wrong path in my last response.
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Jennifer</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
<div><br class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On Aug 12, 2020, at 4:17 PM, Samson Tu <<a href="mailto:swt@stanford.edu" class="">swt@stanford.edu</a>> wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
Hi,<br class="">
<div class=""><br class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On Aug 12, 2020, at 10:29 AM, Jennifer Leigh Vendetti <<a href="mailto:vendetti@stanford.edu" class="">vendetti@stanford.edu</a>> wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div class="" style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 14px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none;">
With regard to the display of class hierarchies, there’s a distinct difference between an “asserted" hierarchy and an “inferred" hierarchy. BioPortal is displaying the asserted class hierarchy. If you open the uberon.owl file that OLS serves in the Protege
 ontology editor, you can see that the “venous blood” class is also show as a leaf term, i.e., in the position that it was manually defined in the asserted hierarchy (screen shot below). You can also see in the same screen shot that the “venous blood” class
 has a subClassOf axiom:</div>
<div class="" style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 14px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none;">
<br class="">
</div>
<div class="" style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 14px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none;">
'part of' some 'hematopoietic system’</div>
<div class="" style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 14px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none;">
<br class="">
</div>
<div class="" style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 14px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none;">
This means that "venous blood" will be shown as a subclass of "hematopoietic system” in any instance where an *inferred* hierarchy is displayed. In order to display an inferred hierarchy, you need to perform reasoning on an ontology. I don’t know the internal
 of the OLS software - however, I’m guessing that somewhere in their pipeline they perform a reasoning task that allows them to display terms in the context of an inferred hierarchy.</div>
<div class="" style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 14px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none;">
<br class="">
</div>
<div class="" style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 14px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none;">
The hierarchy that BioPortal displays isn’t incomplete and/or incorrect. The differences you see between the two pieces of software have to do with asserted vs. inferred hierarchies.</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
</div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
<div class="">Actually, I think the difference is not between asserted vs inferred hierarchies, but between the kinds links displayed in the Bioportal and EBI hierarchies.The Bioportal hierarchy is a strict is-a hierarchy, whereas the EBI hierarchy is a mixed
 is-a/part-of hierarchy. Note the P icon in the EBI hierarchy, indicating that blood is part of hematopoietic system, whereas venous blood is a kind of blood. Bioportal correctly shows that hematopoietic system has no is-a child. </div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><span id="cid:B829F926-E9EA-4210-AE39-F6EF938E0675@lan"><PastedGraphic-1.png></span></div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0px; font-stretch: normal; line-height: normal;" class=""><i class="">With best regards,</i></div>
<div style="margin: 0px; font-stretch: normal; line-height: normal;" class=""><i class="">Samson</i></div>
</div>
<div style="margin: 0px; font-stretch: normal; line-height: normal;" class=""><i class=""><br class="">
</i></div>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
</div>
</body>
</html>