<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=us-ascii">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
If you want them on your Windows PC, there are fewer choices for working with semantic content, but I think a few richly functional tools are available. Protege of course can work with them, it's an advanced tool focusing on single ontologies at a time.
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">If you are only working with a few ontologies, you can download many of them directly from BIoPortal's UI (see the summary page for each ontology, lower left side), and you can even download their classes (at least) in CSV format.
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">John<br class="">
<div><br class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On Aug 24, 2020, at 2:57 PM, Jennifer Leigh Vendetti <<a href="mailto:vendetti@stanford.edu" class="">vendetti@stanford.edu</a>> wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
Hello Marwa,
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Here are some options for you to consider:</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">1). We have a virtual appliance distribution of the application. You could run it on your local PC and upload only those ontologies that interest you. More information here: <a href="https://ontoportal.github.io/administration/" class="">https://ontoportal.github.io/administration/</a>.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">2). You can use the BioPortal REST API to access data from ontologies of interest to your application. That API is documented here: <a href="http://data.bioontology.org/documentation" class="">http://data.bioontology.org/documentation</a>. The
 same type of REST API functionality is available to you if you choose to install a virtual appliance. We provide example code for working with the REST API in various programming languages in our GitHub organization: <a href="https://github.com/ncbo/ncbo_rest_sample_code" class="">https://github.com/ncbo/ncbo_rest_sample_code</a>.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">3). You could download ontology source files for ontologies of interest and work with them programmatically using a 3rd party API, e.g., the OWL API: <a href="http://owlcs.github.io/owlapi/" class="">http://owlcs.github.io/owlapi/</a>.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Kind regards,</div>
<div class="">Jennifer</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
<div class=""><br class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On Aug 24, 2020, at 3:57 AM, <a href="mailto:support@bioontology.org" class="">
support@bioontology.org</a> wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div class="">
<p class="">Name: marwa811 </p>
<p class=""><a href="mailto:marwa.abdelrehem@fci.au.edu.eg" class="">Email: marwa.abdelrehem@fci.au.edu.eg</a>
</p>
<p class="">Location: https%3A%2F%<a href="http://2fbioportal.bioontology.org/" class="">2Fbioportal.bioontology.org</a>%2Faccount
</p>
<p class=""><br class="">
<strong class="">Feedback:</strong> </p>
<p class="">Hello, <br class="">
I want to use the information about bioportal ontologies in my research project. could you advise me on how to save the ontologies and their related information such as classes, definition, properties, etc, locally in my PC to easily access them for my application?what
 is the best data store that could fit here?</p>
<p class="">Regards, <br class="">
Marwa</p>
<div class=""><br class="webkit-block-placeholder">
</div>
</div>
_______________________________________________<br class="">
bioontology-support mailing list<br class="">
<a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu" class="">bioontology-support@lists.stanford.edu</a><br class="">
<a href="https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support" class="">https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support</a><br class="">
</div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
</div>
</div>
_______________________________________________<br class="">
bioontology-support mailing list<br class="">
<a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu" class="">bioontology-support@lists.stanford.edu</a><br class="">
https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support<br class="">
</div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
<div class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
========================
<div class="">John Graybeal</div>
<div class="">Technical Program Manager</div>
<div class="">Center for Expanded Data Annotation and Retrieval /+/ NCBO BioPortal</div>
<div class="">Stanford Center for Biomedical Informatics Research<br class="">
650-736-1632  | ORCID  0000-0001-6875-5360</div>
<div class=""><br class="">
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
</div>
<br class="">
</div>
</div>
</body>
</html>