<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
Hi Marwa,
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Thank you for contacting us. I don’t have a working Java environment setup to test my recommendation (we are a Ruby/Rails shop), but since you are already have a working code that retrieves the ontologies, you only need to add a parameter “display=…”
 for the REST service to bring in the list of categories (domains) for each ontology. Your code should look like this:</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">
<pre style="background-color: rgb(253, 246, 227);" class=""><pre style="color: rgb(88, 110, 117); font-family: "Source Code Pro for Powerline", monospace; font-size: 9pt;" class=""><span style="color:#cb4b16;" class="">// </span><span style="color:#b58900;" class="">Follow </span>the ontologies link by looking <span style="color:#262626;" class="">for </span><span style="color:#268bd2;" class="">the </span>media type <span style="color:#262626;" class="">in </span>the list of links<br class=""><span style="color:#b58900;" class="">String </span><span style="color:#268bd2;" class="">link </span>= resources.get(<span style="color:#2aa198;" class="">"links"</span>).findValue(<span style="color:#2aa198;" class="">"ontologies"</span>).asText();<br class=""><span style="color:#268bd2;" class="">link </span>+= <span style="color:#2aa198;" class="">"?display=acronym,name,summaryOnly,flat,ontologyType,hasDomain"</span>;</pre></pre>
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Then, as you iterate over the ontologies, you should be able to do something like this:</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">
<pre style="background-color: rgb(253, 246, 227);" class=""><pre class=""><pre class=""><span style="color: rgb(38, 38, 38); font-family: "Source Code Pro for Powerline", monospace; font-size: 9pt;" class="">for </span><font color="#586e75" face="Source Code Pro for Powerline, monospace" class=""><span style="font-size: 9pt;" class="">(</span></font><span style="color: rgb(181, 137, 0); font-family: "Source Code Pro for Powerline", monospace; font-size: 9pt;" class="">JsonNode </span><font color="#586e75" face="Source Code Pro for Powerline, monospace" class=""><span style="font-size: 9pt;" class="">ontology : ontologies) {<br class="">    ontNames.add(ontology.get(</span></font><span style="color: rgb(42, 161, 152); font-family: "Source Code Pro for Powerline", monospace; font-size: 9pt;" class="">"name"</span><font color="#586e75" face="Source Code Pro for Powerline, monospace" class=""><span style="font-size: 9pt;" class="">).asText() + </span></font><span style="color: rgb(42, 161, 152); font-family: "Source Code Pro for Powerline", monospace; font-size: 9pt;" class="">"</span><span style="color: rgb(220, 50, 47); font-family: "Source Code Pro for Powerline", monospace; font-size: 9pt;" class="">\n</span><span style="color: rgb(42, 161, 152); font-family: "Source Code Pro for Powerline", monospace; font-size: 9pt;" class="">" </span><font color="#586e75" face="Source Code Pro for Powerline, monospace" class=""><span style="font-size: 9pt;" class="">+ ontology.get(</span></font><span style="color: rgb(42, 161, 152); font-family: "Source Code Pro for Powerline", monospace; font-size: 9pt;" class="">"@id"</span><font color="#586e75" face="Source Code Pro for Powerline, monospace" class=""><span style="font-size: 9pt;" class="">).asText() + </span></font><span style="color: rgb(42, 161, 152); font-family: "Source Code Pro for Powerline", monospace; font-size: 9pt;" class="">"</span><span style="color: rgb(220, 50, 47); font-family: "Source Code Pro for Powerline", monospace; font-size: 9pt;" class="">\n\n</span><span style="color: rgb(42, 161, 152); font-family: "Source Code Pro for Powerline", monospace; font-size: 9pt;" class="">"</span><font color="#586e75" face="Source Code Pro for Powerline, monospace" class=""><span style="font-size: 9pt;" class="">);<br class="">    </span></font><span style="color: rgb(181, 137, 0); font-family: "Source Code Pro for Powerline", monospace; font-size: 9pt;" class="">ArrayList</span><font color="#586e75" face="Source Code Pro for Powerline, monospace" class=""><span style="font-size: 9pt;" class=""><</span></font><span style="color: rgb(181, 137, 0); font-family: "Source Code Pro for Powerline", monospace; font-size: 9pt;" class="">String</span><font color="#586e75" face="Source Code Pro for Powerline, monospace" class=""><span style="font-size: 9pt;" class="">> </span></font><span style="color: rgb(38, 139, 210); font-family: "Source Code Pro for Powerline", monospace; font-size: 9pt;" class="">categories </span><font color="#586e75" face="Source Code Pro for Powerline, monospace" class=""><span style="font-size: 9pt;" class="">= (new </span></font><span style="color: rgb(181, 137, 0); font-family: "Source Code Pro for Powerline", monospace; font-size: 9pt;" class="">ObjectMapper</span><font color="#586e75" face="Source Code Pro for Powerline, monospace" class=""><span style="font-size: 9pt;" class="">()).convertValue(ontology.get(</span></font><span style="color: rgb(42, 161, 152); font-family: "Source Code Pro for Powerline", monospace; font-size: 9pt;" class="">"</span><span style="color: rgb(42, 161, 152); font-family: "Source Code Pro for Powerline", monospace; font-size: 9pt;" class="">hasDomain"</span><span style="color: rgb(88, 110, 117); font-family: "Source Code Pro for Powerline", monospace; font-size: 9pt;" class="">), </span><span style="color: rgb(181, 137, 0); font-family: "Source Code Pro for Powerline", monospace; font-size: 9pt;" class="">ArrayList</span><span style="color: rgb(88, 110, 117); font-family: "Source Code Pro for Powerline", monospace; font-size: 9pt;" class="">.class);</span></pre></pre></pre>
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">I don’t know if this exact code works as written, but you should be able to tweak it to a working version.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Hope this helps.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Michael</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">
<div><br class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On Aug 30, 2020, at 5:23 PM, <a href="mailto:support@bioontology.org" class="">
support@bioontology.org</a> wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div class="">
<p class="">Name: marwa811 </p>
<p class=""><a href="mailto:marwa.abdelrehem@fci.au.edu.eg" class="">Email: marwa.abdelrehem@fci.au.edu.eg</a>
</p>
<p class="">Location: https%3A%2F%<a href="http://2Fbioportal.bioontology.org" class="">2Fbioportal.bioontology.org</a>%2Fhelp
</p>
<p class=""><br class="">
<strong class="">Feedback:</strong> </p>
<p class="">Hi, <br class="">
I am using your API for retrieving data about Bioportal ontologies. <a href="https://github.com/ncbo/ncbo_rest_sample_code/blob/master/java/src/ListOntologies.java" class="">
https://github.com/ncbo/ncbo_rest_sample_code/blob/master/java/src/ListOntologies.java</a>
<br class="">
This example is efficient and simple and outputs a list of the ontologies' names and ids. I also need to output the categories (Domains) for each ontology. Could you guide me (with code snippet) on how to make this?
<br class="">
Regards, <br class="">
Marwa</p>
<div class=""><br class="webkit-block-placeholder">
</div>
</div>
_______________________________________________<br class="">
bioontology-support mailing list<br class="">
<a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu" class="">bioontology-support@lists.stanford.edu</a><br class="">
https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support<br class="">
</div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
</div>
</body>
</html>