<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
Thanks for the quick reply.
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">How much memory do you recommend for these parse jobs? I’ll be doing DrOn soon, too. How could I tell if I’m not allocating enough memory?</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Can you point me towards documentation about triggering reprocessing? I think I saw it before, but now that the documentation is so much more comprehensive, it can be hard to find things! </div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">I have loaded the Consumer Health Vocabulary Ontology (OCHV) since I sent the first message and am characterizing the mapping success now.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Thanks,</div>
<div class="">Mark<br class="">
<div><br class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On Sep 9, 2020, at 5:06 PM, Jennifer Leigh Vendetti <<a href="mailto:vendetti@stanford.edu" class="">vendetti@stanford.edu</a>> wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
Hello Mark,
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">
<div class=""><br class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On Sep 9, 2020, at 6:45 AM, Miller, Mark <<a href="mailto:markampa@pennmedicine.upenn.edu" class="">markampa@pennmedicine.upenn.edu</a>> wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
Currently, one of my main uses for BioPortal/OntoPortal is retrieving all mappings between ChEBI, DrOn, and RxNorm. I prefer to do that from the VM because it’s faster and I can load new versions as soon as they become available. And it’s better citizenship,
 right? </div>
</div>
</blockquote>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
Yes, thank you!</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">I recently upgraded to OntoPortal 3, and I can’t seem to get mappings to or from ChEBI.</div>
</div>
</div>
</blockquote>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">I have OntoPortal version 3.0.2 installed on my laptop. I uploaded CHEBI and RXNORM, and was able to reproduce this issue. </div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">I can retrieve mappings for individual classes, but not ontology level mappings. In other words, this call to get all mappings between RXNORM and CHEBI returns an empty set:</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><a href="http://192.168.86.40:8080/mappings?ontologies=RXNORM,CHEBI" class="">http://192.168.86.40:8080/mappings?ontologies=RXNORM,CHEBI</a></div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">… but calls to get mappings for an individual class like “cystine” do return results:</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><a href="http://192.168.86.40:8080/ontologies/CHEBI/classes/http%3A%2F%2Fpurl.obolibrary.org%2Fobo%2FCHEBI_17376/mappings" class="">http://192.168.86.40:8080/ontologies/CHEBI/classes/http%3A%2F%2Fpurl.obolibrary.org%2Fobo%2FCHEBI_17376/mappings</a></div>
<div class=""><br class="">
</div>
<br class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Are there caches that can be cleared besides the four on the Admin page?</div>
</div>
</div>
</blockquote>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">No, that covers clearing of all the caches.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<br class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Is there some way to force a rebuild of the mappings? I have tried re-processing and re-annotating from the Ontology Administration page.</div>
</div>
</div>
</blockquote>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">I had to reprocess both ontologies because initially I hadn’t allocated enough memory to the virtual machine. It doesn’t appear that reprocessing addresses this issue.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Apologies for the inconvenience, but I’ll have to continue to troubleshoot on our end to see if I can find the root cause of the issue. I’ll update you when I know something more.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Kind regards,</div>
<div class="">Jennifer</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
</div>
<br class="">
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
</div>
</body>
</html>