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<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D">OK yeah I see those in Protégé.  I wonder how they got there? These classes were imported using OBO Robot.  Maybe a bug in Robot.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D">Thanks<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New",serif;color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New",serif;color:#1F497D">Dan Berrios, MD PhD MPH<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New",serif;color:#1F497D">USRA/NASA Ames Research Center<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New",serif;color:#1F497D">650 604 0470 (office)<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New",serif;color:#1F497D">415 902 5099 (cell)
<o:p></o:p></span></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<div>
<div style="border:none;border-top:solid #E1E1E1 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in">
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">From:</span></b><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif"> Jennifer Leigh Vendetti <vendetti@stanford.edu>
<br>
<b>Sent:</b> Friday, September 18, 2020 4:21 PM<br>
<b>To:</b> Berrios, Daniel C. (ARC-SCR)[UNIVERSITIES SPACE RESEARCH ASSN] <daniel.c.berrios@nasa.gov><br>
<b>Cc:</b> support@bioontology.org<br>
<b>Subject:</b> [EXTERNAL] Re: [bioontology-support] Error rdf<o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Hello Dan, <o:p></o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">I looked at the processing log files on our production server. BioPortal can’t load RBO.owl because the ontology source file has 26 occurrences of invalid values in xml:lang attributes. One such example can be found on line 53,078 (DNA
 microarray class):<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"> <owl:Class rdf:about="<a href="https://urldefense.proofpoint.com/v2/url?u=http-3A__purl.obolibrary.org_obo_OBI-5F0400148&d=DwMGaQ&c=ApwzowJNAKKw3xye91w7BE1XMRKi2LN9kiMk5Csz9Zk&r=lMBbvRfSFsl1rSjmXwHXNwmVt5WcW6khsHyfPBrH_Xk&m=c-zbBJdELzTo4mwUCS2w7cMV0VinATv2nFVA654dZYQ&s=6LWKQKoPJnDn9PGLQ5DxEXzUbd2wXO4Vh9FcXG5RIQ8&e=">http://purl.obolibrary.org/obo/OBI_0400148</a>"><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">    …        <o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">    <obo:IAO_0000119 <b>xml:lang="2008/03/03"</b>>Web:&lt;<a href="https://urldefense.proofpoint.com/v2/url?u=http-3A__en.wikipedia.org_wiki_DNA-5Fmicroarray-26gt&d=DwMGaQ&c=ApwzowJNAKKw3xye91w7BE1XMRKi2LN9kiMk5Csz9Zk&r=lMBbvRfSFsl1rSjmXwHXNwmVt5WcW6khsHyfPBrH_Xk&m=c-zbBJdELzTo4mwUCS2w7cMV0VinATv2nFVA654dZYQ&s=bMXOm6el-Lg3NWSwn4XpUBosAWsSLOxgvaNlR6Nnvks&e=">http://en.wikipedia.org/wiki/DNA_microarray&gt</a>;</obo:IAO_0000119><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">    <rdfs:label xml:lang="en">DNA microarray</rdfs:label><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"></owl:Class><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">All of these occurrences need to be corrected to use a valid value, e.g., xml:lang=“en”. After making these changes, I believe the system will be able to consume the ontology without issues.<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Kind regards,<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Jennifer<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><br>
<br>
<o:p></o:p></p>
<blockquote style="margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt">
<div>
<p class="MsoNormal">On Sep 18, 2020, at 3:54 PM, Berrios, Daniel C. (ARC-SCR)[UNIVERSITIES SPACE RESEARCH ASSN] <<a href="mailto:daniel.c.berrios@nasa.gov">daniel.c.berrios@nasa.gov</a>> wrote:<o:p></o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">I tried updating our ontology with a new version downloaded directly from WebProtege, but it’s given “rdf error” message in BioPortal twice now…. Can you give more detail?<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif"> <o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif"><a href="https://urldefense.proofpoint.com/v2/url?u=http-3A__bioportal.bioontology.org_ontologies_RBO&d=DwMGaQ&c=ApwzowJNAKKw3xye91w7BE1XMRKi2LN9kiMk5Csz9Zk&r=lMBbvRfSFsl1rSjmXwHXNwmVt5WcW6khsHyfPBrH_Xk&m=c-zbBJdELzTo4mwUCS2w7cMV0VinATv2nFVA654dZYQ&s=FkM-FUH2Z2mGrohUZ6KBtH_14u1SxVD2JlxErzC1NB8&e="><span style="color:#954F72">http://bioportal.bioontology.org/ontologies/RBO</span></a><span class="apple-converted-space"> </span><br>
<br>
Thanks<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif"> <o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New",serif"> </span><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New",serif">Dan Berrios, MD PhD MPH</span><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New",serif">USRA/NASA Ames Research Center</span><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New",serif">650 604 0470 (office)</span><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Courier New",serif">415 902 5099 (cell)</span><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif"> <o:p></o:p></span></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.5pt;font-family:"Helvetica",sans-serif">_______________________________________________<br>
bioontology-support mailing list<br>
</span><a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu"><span style="font-size:10.5pt;font-family:"Helvetica",sans-serif;color:#954F72">bioontology-support@lists.stanford.edu</span></a><span style="font-size:10.5pt;font-family:"Helvetica",sans-serif"><br>
</span><a href="https://urldefense.proofpoint.com/v2/url?u=https-3A__mailman.stanford.edu_mailman_listinfo_bioontology-2Dsupport&d=DwMGaQ&c=ApwzowJNAKKw3xye91w7BE1XMRKi2LN9kiMk5Csz9Zk&r=lMBbvRfSFsl1rSjmXwHXNwmVt5WcW6khsHyfPBrH_Xk&m=c-zbBJdELzTo4mwUCS2w7cMV0VinATv2nFVA654dZYQ&s=SEvWYrfXG0qT7uQCGT6PEynywS7V2QzLwpAnsp9JuXk&e="><span style="font-size:10.5pt;font-family:"Helvetica",sans-serif;color:#954F72">https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support</span></a><o:p></o:p></p>
</div>
</blockquote>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
</div>
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