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<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D">Thanks Michael for all you help! I was able to login with admin credentials.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D">Regards,<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D">Rushi  <o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<div>
<div style="border:none;border-top:solid #E1E1E1 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in">
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">From:</span></b><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif"> Michael Dorf <mdorf@stanford.edu>
<br>
<b>Sent:</b> Wednesday, September 30, 2020 4:57 PM<br>
<b>To:</b> Kulkarni, Rushikesh <RushikeshKulkarni@mednet.ucla.edu><br>
<b>Cc:</b> John Graybeal <jgraybeal@stanford.edu>; support@bioontology.org<br>
<b>Subject:</b> Re: [bioontology-support] NCBO Virtual Appliance configuration with RadLex<o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p><strong><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#991A00;background:white">CAUTION - EXTERNAL EMAIL:</span></strong><strong><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;background:white">Do not click links or
 open attachments unless you recognize the sender.</span></strong><o:p></o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal">Hi Rushi, <o:p></o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Please see my responses embedded below.<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Thanks,<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Michael<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><br>
<br>
<o:p></o:p></p>
<blockquote style="margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt">
<div>
<p class="MsoNormal">On Sep 30, 2020, at 3:07 PM, Kulkarni, Rushikesh <<a href="mailto:RushikeshKulkarni@mednet.ucla.edu">RushikeshKulkarni@mednet.ucla.edu</a>> wrote:<o:p></o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D">Hi Michael,</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D"> </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D">Thank you for your prompt reply! I followed your steps and able to set RadLex’s preferred name and other properties.</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D"> </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D">I am fairly new to NCBO virtual appliance and have some questions regarding appliance ID and its registration. Would you be able to answer it?</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D">Here are my questions,</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div style="margin-left:.5in">
<p class="MsoNormal" style="text-indent:-.25in"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D">1.</span><span style="font-size:7.0pt;color:#1F497D">      <span class="apple-converted-space"> </span></span><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D">How
 do I get the appliance ID required to register appliance? I tried<span class="apple-converted-space"> </span><i><u><a href="https://urldefense.proofpoint.com/v2/url?u=http-3A__-257Bmy-2Dappliance-2Dhostname-257D_admin-23licensing&d=DwQGaQ&c=UXmaowRpu5bLSLEQRunJ2z-YIUZuUoa9Rw_x449Hd_Y&r=-JCQVo9x1iKRAvSAaweeL1Cw_XQukHx2zK2mrM1Q6HrkKy0K6qFLZA-6m2aPkjMk&m=cwA3tU8Mnb3onzvyyMk4JVD9GGoh8IQl3dwtKmNOzdo&s=sztMOWPWNrpGkLuZTEnb5TQd9nkW7Dfr-xW4zXYaOFs&e=">http://{my-appliance-hostname}/admin#licensing</a><span class="apple-converted-space"> </span></u></i>but,
 it took me to login page.</span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
</blockquote>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">That’s the correct URL. Just login with your default admin credentials and you should see your Appliance ID there:<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<ul type="disc">
<li class="MsoNormal" style="color:#24292E;mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto;mso-list:l1 level1 lfo1;background:white;box-sizing: border-box">
<span style="font-family:"Segoe UI",sans-serif">Username: admin<o:p></o:p></span></li><li class="MsoNormal" style="color:#24292E;margin-top:3.0pt;mso-margin-bottom-alt:auto;mso-list:l1 level1 lfo1;background:white;box-sizing: border-box">
<span style="font-family:"Segoe UI",sans-serif">Password: changemeNOW<o:p></o:p></span></li></ul>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">I encourage you to review our Virtual Appliance documentation. All of these answers can be found there:<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><a href="https://urldefense.proofpoint.com/v2/url?u=https-3A__ontoportal.github.io_administration_steps_initial-5Finstallation_&d=DwMGaQ&c=UXmaowRpu5bLSLEQRunJ2z-YIUZuUoa9Rw_x449Hd_Y&r=-JCQVo9x1iKRAvSAaweeL1Cw_XQukHx2zK2mrM1Q6HrkKy0K6qFLZA-6m2aPkjMk&m=cwA3tU8Mnb3onzvyyMk4JVD9GGoh8IQl3dwtKmNOzdo&s=qcX1H9HXmdLuP7ukjF6jBYJpVYy8qmrF7RB0QSYfN7U&e=">https://ontoportal.github.io/administration/steps/initial_installation/</a><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><a href="https://urldefense.proofpoint.com/v2/url?u=https-3A__ontoportal.github.io_administration_steps_registration_&d=DwMGaQ&c=UXmaowRpu5bLSLEQRunJ2z-YIUZuUoa9Rw_x449Hd_Y&r=-JCQVo9x1iKRAvSAaweeL1Cw_XQukHx2zK2mrM1Q6HrkKy0K6qFLZA-6m2aPkjMk&m=cwA3tU8Mnb3onzvyyMk4JVD9GGoh8IQl3dwtKmNOzdo&s=sokayeEm6obk3cN1TgOGX2dtZCoYkuALoGbO2fglXNI&e=">https://ontoportal.github.io/administration/steps/registration/</a> <o:p></o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><br>
<br>
<o:p></o:p></p>
<blockquote style="margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt">
<div>
<div style="margin-left:.5in">
<p class="MsoNormal" style="text-indent:-.25in"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D">2.</span><span style="font-size:7.0pt;color:#1F497D">      <span class="apple-converted-space"> </span></span><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D">Is
 there any default admin credential which gets created during virtual appliance setup? Or How do I create admin account?</span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
</blockquote>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Answered above<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><br>
<br>
<o:p></o:p></p>
<blockquote style="margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt">
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D"> </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D">Once again, Thank you for all you help.</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D"> </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D">Regards,</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D">Rushi</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D"> </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<div style="border:none;border-top:solid #E1E1E1 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in">
<div>
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">From:</span></b><span class="apple-converted-space"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif"> </span></span><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">Michael
 Dorf <<a href="mailto:mdorf@stanford.edu"><span style="color:purple">mdorf@stanford.edu</span></a>><span class="apple-converted-space"> </span><br>
<b>Sent:</b><span class="apple-converted-space"> </span>Wednesday, September 30, 2020 1:29 PM<br>
<b>To:</b><span class="apple-converted-space"> </span>John Graybeal <<a href="mailto:jgraybeal@stanford.edu"><span style="color:purple">jgraybeal@stanford.edu</span></a>><br>
<b>Cc:</b><span class="apple-converted-space"> </span>Kulkarni, Rushikesh <<a href="mailto:RushikeshKulkarni@mednet.ucla.edu"><span style="color:purple">RushikeshKulkarni@mednet.ucla.edu</span></a>>;<span class="apple-converted-space"> </span><a href="mailto:support@bioontology.org"><span style="color:purple">support@bioontology.org</span></a><br>
<b>Subject:</b><span class="apple-converted-space"> </span>Re: [bioontology-support] NCBO Virtual Appliance configuration with RadLex</span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><strong><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#991A00;background:white">CAUTION - EXTERNAL EMAIL:</span></strong><strong><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;background:white">Do
 not click links or open attachments unless you recognize the sender.</span></strong><o:p></o:p></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">Hi Rushi,<span class="apple-converted-space"> </span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">Try setting the Preferred Name, Synonym, and Definition properties under “advanced OWL options” via the “Edit Submission Information” page to these:<o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><image002.png><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">Once you hit “Save Submission”, your ontology should re-process automatically within 15 minutes or so and your tree should appear correctly. If it still doesn’t try re-processing the ontology manually after you’ve set the advanced OWL options.<o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">Let me know if this helps.<o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">Thank you,<o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">Michael<o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><br>
<br>
<br>
<o:p></o:p></p>
</div>
<blockquote style="margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt">
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">On Sep 30, 2020, at 1:18 PM, John Graybeal <<a href="mailto:jgraybeal@stanford.edu"><span style="color:purple">jgraybeal@stanford.edu</span></a>> wrote:<o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal">Rushi,<span class="apple-converted-space"> </span><o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal">Thanks for the great problem report, I'm sorry for your trouble. We'll look into this right away.<o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal">John<o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal"><br>
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<o:p></o:p></p>
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<blockquote style="margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt">
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<p class="MsoNormal">On Sep 30, 2020, at 10:32 AM, Kulkarni, Rushikesh <<a href="mailto:RushikeshKulkarni@mednet.ucla.edu"><span style="color:purple">RushikeshKulkarni@mednet.ucla.edu</span></a>> wrote:<o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal" style="background:white"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">Hello,</span><o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal" style="background:white"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif"> </span><o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal" style="background:white"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">I am trying to integrate Radiology Lexicon ontology with locally running NCBO Virtual appliance. I was able to import RadLax 4.0 OWL using 'Submit
 Ontology' functionality from Ontoportal UI. </span><o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal" style="background:white"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">But, somehow class names are not configured correctly. RID0, RID1, RID3 .. etc. are showing up under preferred name and as well as under class tree
 structure. (attached screenshot for reference)</span><o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal" style="background:white"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">For example, <i>RID3</i> is showing under<i> class structure</i> and for <i>Preferred Name</i> field, instead of '<i>anatomical entity'</i>.</span><o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal" style="background:white"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">Can you please help me with this issue?</span><o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal" style="background:white"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif"> </span><o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal" style="background:white"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">I tried following things to debug the issue,</span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<ol style="margin-top:0in" start="1" type="1">
<li class="MsoNormal" style="margin-bottom:8.0pt;mso-list:l0 level1 lfo2;background:white;background-position:initial initial;background-repeat:initial initial">
<span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">Tried to integrate RadLex using Ontoportal UI as well as with <i>bioportal_ontologies_import.rb</i> script.</span><o:p></o:p></li><li class="MsoNormal" style="margin-bottom:8.0pt;mso-list:l0 level1 lfo2;background:white;background-position:initial initial;background-repeat:initial initial">
<span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">Checked parsed ontology status using Rest service and it has following status <b>"submissionStatus": </b>["RDF","OBSOLETE","INDEXED_PROPERTIES","METRICS","RDF_LABELS","UPLOADED","ANNOTATOR","INDEXED"]  </span><o:p></o:p></li><li class="MsoNormal" style="margin-bottom:8.0pt;mso-list:l0 level1 lfo2;background:white;background-position:initial initial;background-repeat:initial initial">
<span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">Imported another ontology (Cell Ontology CL) and it has been set up correctly with no issue. This is just to test my local virtual machine.</span><o:p></o:p></li></ol>
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<p class="MsoNormal" style="background:white"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">Thanks in advance.</span><o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal" style="background:white"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif"> </span><o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal" style="background:white"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">Regards,</span><o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal" style="background:white"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">Rushi Kulkarni</span><o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal" style="background:white"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">UCLA Health</span><o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:8.0pt;line-height:11.65pt"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif"> </span><o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
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<div class="MsoNormal" align="center" style="text-align:center">
<hr size="2" width="100%" align="center">
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<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:navy"><br>
UCLA HEALTH SCIENCES IMPORTANT WARNING: This email (and any attachments) is only intended for the use of the person or entity to which it is addressed, and may contain information that is privileged and confidential. You, the recipient, are obligated to maintain
 it in a safe, secure and confidential manner. Unauthorized redisclosure or failure to maintain confidentiality may subject you to federal and state penalties. If you are not the intended recipient, please immediately notify us by return email, and delete this
 message from your computer.<br>
</span><Radlex.jpg><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica",sans-serif">_______________________________________________<br>
bioontology-support mailing list<br>
</span><a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu"><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica",sans-serif;color:#954F72">bioontology-support@lists.stanford.edu</span></a><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica",sans-serif"><br>
</span><a href="https://urldefense.proofpoint.com/v2/url?u=https-3A__mailman.stanford.edu_mailman_listinfo_bioontology-2Dsupport&d=DwMGaQ&c=UXmaowRpu5bLSLEQRunJ2z-YIUZuUoa9Rw_x449Hd_Y&r=-JCQVo9x1iKRAvSAaweeL1Cw_XQukHx2zK2mrM1Q6HrkKy0K6qFLZA-6m2aPkjMk&m=oVPhdQGPHIY-p_ezVzEh5wdSKqZckeK86OxsX6u-CgM&s=jnAC_W3Ev_LzpWpIbVQ7VXmZAU5WlWcQuU70L_bmVI8&e="><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica",sans-serif;color:#954F72">https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support</span></a><o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal">========================<span class="apple-converted-space"> </span><o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal">John Graybeal<o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal">Technical Program Manager<o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal">Center for Expanded Data Annotation and Retrieval /+/ NCBO BioPortal<o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal">Stanford Center for Biomedical Informatics Research<br>
650-736-1632  | ORCID  0000-0001-6875-5360<o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal">_______________________________________________<br>
bioontology-support mailing list<br>
<a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu"><span style="color:purple">bioontology-support@lists.stanford.edu</span></a><br>
<a href="https://urldefense.proofpoint.com/v2/url?u=https-3A__mailman.stanford.edu_mailman_listinfo_bioontology-2Dsupport&d=DwQGaQ&c=UXmaowRpu5bLSLEQRunJ2z-YIUZuUoa9Rw_x449Hd_Y&r=-JCQVo9x1iKRAvSAaweeL1Cw_XQukHx2zK2mrM1Q6HrkKy0K6qFLZA-6m2aPkjMk&m=oVPhdQGPHIY-p_ezVzEh5wdSKqZckeK86OxsX6u-CgM&s=jnAC_W3Ev_LzpWpIbVQ7VXmZAU5WlWcQuU70L_bmVI8&e="><span style="color:purple">https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support</span></a><o:p></o:p></p>
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