<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
Hi Ozge,
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Unfortunately, it's likely that what you are seeing is caused by different ontologies being built in different ways, for different purposes, and with different levels of rigor. Some of them may be more suitable for your needs than others, and
 it is possible to restrict your searches to particular ontologies that are suitable, as described in the API documentation (at the top of the page, the table that lists parameters that apply to all commands).</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">For example, whether a CUI is found for a particular term is a function of (a) whether the developers of the CUI system, or of the ontology, have performed a CUI mapping for the terms in their ontology, and (b) whether there is in fact a CUI match
 for a particular concept. The lack of rigor is reflected in those ontologies that might have two CUI terms for the same entity, though that's pretty rare—it just reflects the lack of precision in the concepts and/or the mappings.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Each ontology has defined its annotations differently, so some will not have a notation field. In some cases you might have to ask for it explicitly, in case you aren't doing that (see this email thread: <a href="http://ncbo-support.2288202.n4.nabble.com/Re-bioontology-support-EXTERNAL-Re-Access-Code-Notations-via-REST-API-td4657939.html#a4657942" class="">http://ncbo-support.2288202.n4.nabble.com/Re-bioontology-support-EXTERNAL-Re-Access-Code-Notations-via-REST-API-td4657939.html#a4657942</a>).
 PrefLabel is similarly not always specified. This thread may be useful to understand the range of possibilities you might be facing, and how BioPortal manages these options: <a href="http://ncbo-support.2288202.n4.nabble.com/bioontology-support-Need-help-for-CPT-Ontology-td4657438.html#a4657441" class="">http://ncbo-support.2288202.n4.nabble.com/bioontology-support-Need-help-for-CPT-Ontology-td4657438.html#a4657441</a>
 .</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">You specify the term 'code value' in your questions, but I don't really know how your application is defining or using this concept, so I am unable to recommend an approach to (1) or (3). Similarly the answer to (2) is a function of what you need,
 and how the ontologies have defined these attributes. Typically CUI means 'the CUI term to which this term can be mapped', but I don't know that notation has a single meaning across all ontologies.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">It may be that a strategy that involves search for the properties in each ontology, as described in the last link two paragraphs above, will help you learn what attributes *may* be served by what ontologies. But to really understand how you should
 use that information, you will have to visit the documentation for each ontology, and rely on its descriptions of what it provides in the way of annotations. (In the case of UMLS ontologies, this is complicated by the existence of the UMLS database format/specifications,
 which delineate how *it* captures the information for that ontology. We try to consistently map UMLS usage to common terms in BioPortal, so that should be fairly consistent.)</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">I'm sorry this is very complicated, but I believe the complication stems from the many ontology sources your users may see. You may be better off to select a narrower range of ontologies to match users terms, and then you will be able to make
 your decisions around the specific practices of those ontologies.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">In this question—'For instance, result we get for “lung” from NCIT includes a “prefLabel” attribute, which can be used for “Preferred Name,” but I don’t see any unique code value. However, in the screenshot below, there is one.'—I couldn't understand
 how you were 'getting a result for lung from NCIT'. If it is from the API, possibly the first link above may help you understand how to get more of the annotations by using the display parameter.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Feel free to follow up with any questions about what I have written above, I may not have been perfectly clear in describing my understanding.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">John</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">
<div><br class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On Nov 20, 2020, at 5:53 PM, Ozge Yurtsever <<a href="mailto:ozge@stanford.edu" class="">ozge@stanford.edu</a>> wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div class="WordSection1" style="page: WordSection1; caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none;">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span style="color: rgb(14, 16, 26);" class="">Hi all,</span><o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span style="color: rgb(14, 16, 26);" class=""> </span><o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span style="color: rgb(14, 16, 26);" class="">We are using Bioportal Rest API for one of the WEB applications that we are currently building. This application is going to be the new version of ATB (Aim Template Builder). </span><o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span style="color: rgb(14, 16, 26);" class=""> </span><o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span style="color: rgb(14, 16, 26);" class="">In the<span class="Apple-converted-space"> </span></span>current<span class="Apple-converted-space"> </span><span style="color: rgb(14, 16, 26);" class="">ATB, to save a term user does a search in Bioportal and
 copies the fields I marked red on the screenshot below manually. If the user has dozens of terms to search, creating a template may become a tedious task. </span>Therefore, we wanted to make search and select easier by showing the search results in our web
 application and copying the necessary information for users with one click.<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span style="color: rgb(14, 16, 26);" class=""> </span><o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span style="color: rgb(14, 16, 26);" class="">We are using Bioportal Rest API to search terms and list the results, so when a user clicks on an item, we can copy the information. However, data attributes may be different for different ontologies. For instance,
 result<span class="Apple-converted-space"> </span></span>we<span style="color: rgb(14, 16, 26);" class=""><span class="Apple-converted-space"> </span>get for “lung” from NCIT includes a “prefLabel” attribute, which can be used for “Preferred Name,” but I don’t
 see any unique code value. However, in the screenshot below, there is one.</span><o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span style="color: rgb(14, 16, 26);" class=""> </span><o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span style="color: rgb(14, 16, 26);" class="">On the other hand, there are some results with both cui and notation attributes like OMIM - Online Mendelian Inheritance in Man. </span><o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span style="color: rgb(14, 16, 26);" class=""> </span><o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span style="color: rgb(14, 16, 26);" class="">Our issue regarding getting the correct and unique code value of a term arises in the following cases:</span><o:p class=""></o:p></div>
<ol start="1" type="1" style="margin-bottom: 0in; margin-top: 0in;" class="">
<li class="MsoNormal" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(14, 16, 26);">
If there are both notation and cui, which info should<span class="Apple-converted-space"> </span><span style="color: windowtext;" class="">we</span><span class="Apple-converted-space"> </span>use for code value?<o:p class=""></o:p></li><li class="MsoNormal" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(14, 16, 26);">
If there are more than one cui and no notation, how should we decide which one to use?<o:p class=""></o:p></li><li class="MsoNormal" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(14, 16, 26);">
If there isn’t any code value at all, from which attribute we can acquire the correct code value? (Like NCIT example)<o:p class=""></o:p></li></ol>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span lang="TR" class=""> </span><o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span lang="TR" class="">Thank you,</span><o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span lang="TR" class=""> </span><o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<i class=""><span style="font-size: 10.5pt; font-family: Constantia, serif;" class="">Ozge Yurtsever</span></i><o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<i class=""><span style="font-size: 10.5pt; font-family: Constantia, serif;" class="">Software Developer – ePAD team</span></i><o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<i class=""><span style="font-size: 10.5pt; font-family: Constantia, serif;" class="">Stanford University Department of Biomedical Data Science</span></i><o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span lang="TR" class=""> </span><o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span lang="TR" class=""> </span><o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span lang="TR" class=""><span id="cid:image001.png@01D6BF66.1EA27120"><image001.png></span><span id="cid:image002.png@01D6BF66.1EA27120"><image002.png></span></span></div>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
<div class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
========================
<div class="">John Graybeal</div>
<div class="">Technical Program Manager</div>
<div class="">Center for Expanded Data Annotation and Retrieval /+/ NCBO BioPortal</div>
<div class="">Stanford Center for Biomedical Informatics Research<br class="">
650-736-1632  | ORCID  0000-0001-6875-5360</div>
<div class=""><br class="">
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
</div>
<br class="">
</div>
</body>
</html>