<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
Daniel,
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">I'm not sure if it was the passage of time (sorry for that), or you made some changes since sending this message. It appears PANET is now working correctly, as I can drill all the way down the classes tree. </div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Please respond to the list if there are still issues you are seeing.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">John<br class="">
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
<div><br class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On Feb 11, 2021, at 11:28 PM, DANIEL IYAYI <<a href="mailto:mriyayi@hotmail.com" class="">mriyayi@hotmail.com</a>> wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;" class="">
Thanks John,</div>
<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;" class="">
<br class="">
</div>
<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;" class="">
I have made some alterations, and uploaded a new version.</div>
<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;" class="">
<br class="">
</div>
<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;" class="">
I have yet to create the expands namespace but the plan is to use purl or w3 to do this (perhaps this is the root cause of the problem)</div>
<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;" class="">
<br class="">
</div>
<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;" class="">
Initially, I was able to see the classes in Bioportal when I use google chrome (see below) but when I cleared the cache it disappeared. It was not visible when I use internet explorer or microsoft edge as a browser.</div>
<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;" class="">
<br class="">
</div>
<div style="font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;" class="">
<span id="cid:052a72f8-15e9-4954-a801-83fb0bb54048"><image.png></span><br class="">
</div>
<div style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none;" class="">
<div id="appendonsend" class=""></div>
<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;" class="">
My collegues cannot see the classes in any browser. </div>
<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;" class="">
<br class="">
</div>
<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;" class="">
Kind regards</div>
<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;" class="">
Dan</div>
<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;" class="">
<br class="">
</div>
<hr tabindex="-1" style="display: inline-block; width: 292.03125px;" class="">
<div id="divRplyFwdMsg" dir="ltr" class=""><font face="Calibri, sans-serif" style="font-size: 11pt;" class=""><b class="">From:</b><span class="Apple-converted-space"> </span>John Graybeal <<a href="mailto:jgraybeal@stanford.edu" class="">jgraybeal@stanford.edu</a>><br class="">
<b class="">Sent:</b><span class="Apple-converted-space"> </span>09 February 2021 00:29<br class="">
<b class="">To:</b><span class="Apple-converted-space"> </span><a href="mailto:support@bioontology.org" class="">support@bioontology.org</a> <<a href="mailto:support@bioontology.org" class="">support@bioontology.org</a>><br class="">
<b class="">Cc:</b><span class="Apple-converted-space"> </span><a href="mailto:mriyayi@hotmail.com" class="">mriyayi@hotmail.com</a> <<a href="mailto:mriyayi@hotmail.com" class="">mriyayi@hotmail.com</a>><br class="">
<b class="">Subject:</b><span class="Apple-converted-space"> </span>Re: [bioontology-support] [BioPortal] Feedback from mriyayi</font>
<div class=""> </div>
</div>
<div class="" style="word-wrap: break-word; line-break: after-white-space;">Hello Dan,
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">i'm responding here to both your contacts from today, they each had useful information. The ontology Classes tab is consistently showing an error for me as of mid-day Pacific Time today.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">I have a theory about why it seemed to change "later", and a theory about what's wrong, but I'm not 100% confident in either. Unfortunately I'm not an ontology expert and we are a very resource-limited, but this will hopefully provide some insight
 about what has happened and what you might try.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">** What's failing **</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">I'll start with the reason BioPortal is failing to display the ontology classes: it is unable to find the root class for your ontology tree. So it displays one or another error.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">If I open your ontology in Protege, I see that there is an apparent root class, OBI_0000070. But it seems Protege is not recognizing your entities below that—it is showing the full string for them within angle brackets < >. </div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">** Ontology diagnosis **</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">The ExPaNDS:' notation would expand into a full IRI if it could, but ExPaNDS is not included in the ontology prefixes. So these may not be expanding into valid IRIs. (Protege often does its best to parse cases like this anyway, so the absence
 of errors does not mean the ontology is well-formed.)  </div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">In addition, there are unescaped spaces in your IRI terms, </div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">I verified some of this by plugging your ontology into <a href="http://visualdataweb.de/validator/validate" class="">http://visualdataweb.de/validator/validate</a>, which indicated in the first parser that it tried (RDF) that the expansion in
 line 51 did not result in an appropriate IRI. Removing the space seemed to fix that issue.  I didn't try removing all the spaces for lack of time.  You might want </div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">** Why you didn't see this Friday **</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">I am guessing what changed 'after Friday' is that when you first made changes to your ontology on Friday, they had not been fully reflected in the Classes page display, which can be cached internally in BioPortal for some hours, or even in your
 browser cache. So you could have been seeing working data from a previous submission, which eventually went away after the cache expired in BioPortal and/or in your browser. I apologize that these delays sometimes happen, I know it is annoyingly confusing.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">** What you can try **</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Of course you can try eliminating all the spaces and providing the prefix expansion for that ExPaNDS notation, that might take care of it. Getting the file to pass the validator is probably an important step.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Or, if you go back to an ontology you know worked, you could resubmit it and see if (after an appropriate period of time, I'd say that's 2 hours followed by clearing your browser cache) BioPortal begins showing classes again.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">If you are unable to make the ontology work after addressing those issues, resubmit your question with the current symptoms and we'll see if there's anything we can add.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">John</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><span id="cid:085101EB-0DF0-4D82-BD29-9D264A187BCE"><Screen Shot 2021-02-08 at 4.04.46 PM.png></span><br class="">
<div class="">
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><span id="cid:B9ED41D0-2E20-4BF6-9BD8-3399FE02F457"><Screen Shot 2021-02-08 at 4.05.17 PM.png></span><br class="">
<div class=""><br class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On Feb 8, 2021, at 10:34 AM,<span class="Apple-converted-space"> </span><a href="mailto:support@bioontology.org" class="">support@bioontology.org</a><span class="Apple-converted-space"> </span>wrote:</div>
<br class="x_Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div class="">
<div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;" class="">Name: mriyayi<span class="Apple-converted-space"> </span></div>
<div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;" class=""><a href="mailto:mriyayi@hotmail.com" class="">Email: mriyayi@hotmail.com</a></div>
<div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;" class="">Location: https%3A%2F%<a href="http://2fbioportal.bioontology.org/" class="">2Fbioportal.bioontology.org</a>%2Fontologies%2FPANET</div>
<div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;" class=""><br class="">
<strong class="">Feedback:</strong></div>
<div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;" class="">Hi,<span class="Apple-converted-space"> </span></div>
<div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;" class="">Regarding<span class="Apple-converted-space"> </span><a href="https://bioportal.bioontology.org/ontologies/PANET" class="">https://bioportal.bioontology.org/ontologies/PANET</a>.</div>
<div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;" class="">The Classes tab is intermittently showing 'Problem retrieving classes'. The OWL file uploaded seems to be fine.</div>
<div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;" class="">Please can you investigate and let us know.</div>
<div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;" class="">Kind regards<span class="Apple-converted-space"> </span><br class="">
Dan</div>
<div class=""><br class="">
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
<div class=""><br class="">
</div>
<blockquote type="cite" class="">
<div class="" style="margin: 0px;"><span class=""><b class="">From: </b></span><span class="">DANIEL IYAYI <<a href="mailto:MRIYAYI@hotmail.com" class="">MRIYAYI@hotmail.com</a>><br class="">
</span></div>
<div class="" style="margin: 0px;"><span class=""><b class="">Subject: </b></span><span class=""><b class="">[bioontology-support] Error Message -<span class="Apple-converted-space"> </span><a href="https://bioportal.bioontology.org/ontologies/PANET" class="">https://bioportal.bioontology.org/ontologies/PANET</a></b><br class="">
</span></div>
<div class="" style="margin: 0px;"><span class=""><b class="">Date: </b></span><span class="">February 8, 2021 at 10:38:52 AM PST<br class="">
</span></div>
<div class="" style="margin: 0px;"><span class=""><b class="">To: </b></span><span class="">"<a href="mailto:support@bioontology.org" class="">support@bioontology.org</a>" <<a href="mailto:support@bioontology.org" class="">support@bioontology.org</a>>, "Collins,
 Steve (DLSLtd,RAL,SCI)" <<a href="mailto:steve.collins@diamond.ac.uk" class="">steve.collins@diamond.ac.uk</a>><br class="">
</span></div>
<br class="">
<div class="">
<div class="" style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;">
Hi,</div>
<div class="" style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;">
<br class="">
</div>
<div class="" style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;">
I have uploaded an OWL file to <a href="https://bioportal.bioontology.org/ontologies/PANET" id="LPlnk467174" class="">https://bioportal.bioontology.org/ontologies/PANET</a>.</div>
<div class="" style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;">
<br class="">
</div>
<div class="" style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;">
It is intermittently showing an error 'problem retrieving classes'.</div>
<div class="" style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;">
<br class="">
</div>
<div class="" style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;">
<span id="cid:9668f2a6-5c05-462c-9728-5aedd51af245"><image.png></span><br class="">
</div>
<div class="" style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;">
<br class="">
</div>
<div class="" style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;">
It worked last Friday and nothing has changed since then. <span class="" style="font-size: 12pt;">Please can you investigate </span></div>
<div class="" style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;">
<br class="">
</div>
<div class="" style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;">
Kind regards</div>
<div class="" style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;">
Dan</div>
</div>
</blockquote>
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">
<div class="">
<div class=""><br class="x_webkit-block-placeholder">
</div>
</div>
_______________________________________________<br class="">
bioontology-support mailing list<br class="">
<a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu" class="">bioontology-support@lists.stanford.edu</a><br class="">
<a href="https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support" class="">https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support</a><br class="">
</div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
<div class="">
<div class="" style="letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; word-wrap: break-word; line-break: after-white-space;">
<div class="" style="letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; word-wrap: break-word; line-break: after-white-space;">
<div class="" style="letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; word-wrap: break-word; line-break: after-white-space;">
<div class="" style="letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; word-wrap: break-word; line-break: after-white-space;">
<div class="" style="letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; word-wrap: break-word; line-break: after-white-space;">
<div class="" style="letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; word-wrap: break-word; line-break: after-white-space;">
<div class="" style="letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; word-wrap: break-word; line-break: after-white-space;">
========================
<div class="">John Graybeal</div>
<div class="">Technical Program Manager</div>
<div class="">Center for Expanded Data Annotation and Retrieval /+/ NCBO BioPortal</div>
<div class="">Stanford Center for Biomedical Informatics Research<br class="">
650-736-1632  | ORCID  0000-0001-6875-5360</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
<div class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
========================
<div class="">John Graybeal</div>
<div class="">Technical Program Manager</div>
<div class="">Center for Expanded Data Annotation and Retrieval /+/ NCBO BioPortal</div>
<div class="">Stanford Center for Biomedical Informatics Research<br class="">
650-736-1632  | ORCID  0000-0001-6875-5360</div>
<div class=""><br class="">
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
</div>
<br class="">
</div>
</div>
</body>
</html>