<div dir="ltr">Hi Mr.Graybeal,<div><br><div>Thank you for the quick response! I do appreciate it very much!</div><div>In addition to the issue, we tried some other concepts which are included in the RCIT_A1 ontology as well. </div><div>The problem is: </div><div>(1). For the classes ending with "L/min", 3 out of 6 are annotated out. Why half of them can be annotated, but the rest cannot?</div><div>(2). For concepts like: "3 days ago", "3 days later", "three days ago" ( which is the synonym of "3 days ago") are not successfully recognized, but wrongly annotated by another class "3 days".</div><div>      Since they are 3-character concepts, they should meet with the indexing rule you mentioned.</div><div><br></div><div>I apologize for disturbing you again, but our team needs to know the reason for such annotation results, then we can continue our research on the basis of that.   </div><div>Again, thank you very much for the help!</div><div><img src="cid:ii_kme6o7qt0" alt="Screen Shot 2021-03-17 at 9.14.18 PM.png" width="414" height="260"><br></div><div><img src="cid:ii_kme6qd3i4" alt="Screen Shot 2021-03-17 at 9.18.30 PM.png" width="493" height="553" style="margin-right:0px"><br></div><div><br></div></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Wed, Mar 17, 2021 at 8:25 PM John Graybeal <<a href="mailto:jgraybeal@stanford.edu" target="_blank">jgraybeal@stanford.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-style:solid;border-left-color:rgb(204,204,204);padding-left:1ex">



<div style="word-wrap:break-word;line-break:after-white-space">
hello Erica,
<div><br>
</div>
<div>I am not 100% sure of the source of the problem, but I have written up the ticket <a href="https://github.com/ncbo/bioportal-project/issues/206" target="_blank">https://github.com/ncbo/bioportal-project/issues/206</a> about it.</div>
<div><br>
</div>
<div>As the ticket suggests, I suspect this is a function of BioPortal not indexing words shorter than 3 characters, including numbers. (If this is true, then Segment 6 works only by accident, it's the first term beginning with 'segment' *and* it matches.)
 BioPortal won't index those shorter words because they are so likely to be matched elsewhere. Though certainly the full label should be indexed, that's something we could verify if we had resources.</div>
<div><br>
</div>
<div>Unfortunately we are unlikely to be able to fix it right now, as we have extraordinarily limited staff time. I am sorry I can't provide a more helpful answer at this point.</div>
<div><br>
</div>
<div>John<br>
<div><br>
<blockquote type="cite">
<div>On Mar 16, 2021, at 5:00 PM, Zhou, Shuxin <<a href="mailto:sz23@njit.edu" target="_blank">sz23@njit.edu</a>> wrote:</div>
<br>
<div>
<div dir="ltr">Dear BioPortal Technical Team,
<div>This is Erica Zhou, and I met some problems with using the BioPortal annotator page.</div>
<div>I uploaded a private ontology <b>RCIT_A1</b> a few days ago, and some concepts(classes) were not successfully referred to when I tried to annotate certain text. </div>
<div><br>
</div>
<div><b>For example, I have a text containing "segment 7", "segment 6", and "segment 4A", and they are all included in RCIT_A1.</b></div>
<div><span id="gmail-m_5431371062028043144gmail-m_7318593444941498136cid:ii_kmco8eq30"><Screen Shot 2021-03-16 at 7.52.28 PM.png></span><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div><b>But only "segment 6" is recognized as below, but "segment 7" and "segment 4A" are not correctly annotated out, instead, they are annotated partially to "Segment".</b></div>
<span id="gmail-m_5431371062028043144gmail-m_7318593444941498136cid:ii_kmcoc0ci2"><Screen Shot 2021-03-16 at 7.55.42 PM.png></span>
<div><br>
<div>So, could you help me fix this issue? I would appreciate it very much!</div>
<div><br>
</div>
<div>Best regards</div>
<div>Shuxin(Erica) Zhou<br>
<div>
<div><br>
</div>
-- <br>
<div dir="ltr">
<div dir="ltr">
<table style="font-size:16px;border-collapse:collapse;width:525px;border-spacing:0px;background-color:transparent;color:rgb(35,38,54);font-family:Poppins,sans-serif">
<tbody style="border:0px;padding:0px;font-size:0.9em">
<tr>
<td style="padding:5px;font-size:0.9em;font-stretch:normal;line-height:1.5;color:rgb(255,0,0);border-width:0px 3px 0px 0px;border-right-style:solid;border-right-color:rgb(204,0,0);width:180px;vertical-align:middle">
<a href="https://www.njit.edu/" style="background-color:transparent;text-decoration:none;color:rgb(51,122,183)" target="_blank"><img src="https://assets.njit.edu/uicomponents/NJIT-email-logo.png" alt="NJIT logo" style="border: 0px; display: block; vertical-align: middle; width: 150px; height: auto; max-width: 150px;"></a></td>
<td style="padding:5px 5px 5px 10px;font-size:12px;font-stretch:normal;line-height:16px;color:rgb(111,111,111);border:0px;font-family:Arial,Helvetica,sans-serif">
<strong style="font-size:13px">Shuxin Zhou</strong><br>
Phd Student of SABOC Lab<br>
<br>
<a href="mailto:sz23@njit.edu" style="background-color:transparent;text-decoration:none;color:rgb(204,0,0)" target="_blank">sz23@njit.edu</a> </td>
</tr>
</tbody>
</table>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
_______________________________________________<br>
bioontology-support mailing list<br>
<a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu" target="_blank">bioontology-support@lists.stanford.edu</a><br>
<a href="https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support" target="_blank">https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support</a><br>
</div>
</blockquote>
</div>
<br>
<div>
<div style="color:rgb(0,0,0);letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;word-wrap:break-word;line-break:after-white-space">
<div style="color:rgb(0,0,0);letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;word-wrap:break-word;line-break:after-white-space">
<div style="color:rgb(0,0,0);letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;word-wrap:break-word;line-break:after-white-space">
<div style="color:rgb(0,0,0);letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;word-wrap:break-word;line-break:after-white-space">
<div style="color:rgb(0,0,0);letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;word-wrap:break-word;line-break:after-white-space">
<div style="color:rgb(0,0,0);letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;word-wrap:break-word;line-break:after-white-space">
<div style="color:rgb(0,0,0);letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;word-wrap:break-word;line-break:after-white-space">
========================
<div>John Graybeal</div>
<div>Technical Program Manager</div>
<div>Center for Expanded Data Annotation and Retrieval /+/ NCBO BioPortal</div>
<div>Stanford Center for Biomedical Informatics Research<br>
650-736-1632  | ORCID  0000-0001-6875-5360</div>
<div><br>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<br>
</div>
<br>
</div>
</div>

</blockquote></div>