<html>
<body>
I see you point too. <br><br>
Maybe we should use a different reference. Our ISS is called
"dictyBase 'Inferred from Sequence or structural Similarity'
Unpublished", and describes what we do (like everyone else's).
<br><br>
We could add another reference that explains that this NOT annotation was
made because critical residues (or whatever) were missing. Something
like  "dictyBase 'Inferred from Sequence or structural
<b>DIS</b>Similarity' Unpublished", or, <br>
dictyBase 'NOT annotations' Unpublished (not sure what we could call
this...)<br><br>
?<br>
Pascale<br><br>
<br><br>
At 08:10 AM 3/8/2006 -0500, David Hill wrote:<br>
<blockquote type=cite class=cite cite>I can see your point, but that
would mean that every database should have an internal ISS reference. We
have one, but it is only for orthology and subsequent inheritence of GO
terms. Our's doesn't address this issue of a NOT. I think in either case,
a User might be confused. If I were a naive User and I saw the annotation
as you describe, I might think the NOT was a mistake becasue the proteins
were so similar. If the protein in the with field is taken from the paper
that discusses the critical residues, then maybe it would be less
confusing. I'm not sure. I think we could generate confusion both
ways.<br><br>
<br>
David<br><br>
Pascale Gaudet wrote:<br><br>
<blockquote type=cite class=cite cite>Hi,<br><br>
Is this allowed? I thought that the reference had to directly relate to
the annotation. In this case I would have used our standard 'dictybase
curators ISS' reference, because that's how the annotation was
made.<br><br>
If I was to see the annotation as you describe it, I might be tempted to
go and look at the reference, and I would be very confused because it
doesn't talk about the protein at all.<br><br>
Pascale<br><br>
<br>
At 07:49 AM 3/8/2006 -0500, David Hill wrote:<br><br>
<blockquote type=cite class=cite cite>This is a bit out of the ordinary,
but what about an ISS evidence code with an active kinase and then a
reference to a paper that identifies the critical residues for kinase
activity?<br><br>
David<br><br>
Midori Harris wrote:<br><br>
<blockquote type=cite class=cite cite>Seems to me it would be a valuable
part of the story, but not necessarily the whole thing. It would tell you
what the important residues are, but would miss out the part about
observing that those residues are altered/absent in this particular
protein. Also, citing only the important-residue reference could give the
impression that that paper (or whatever it is) actually states that
protein XYZ doesn't have the activity -- which I assume is not the
case.<br><br>
m<br><br>
On Wed, 8 Mar 2006, jyoti khadake wrote:<br><br>
<br><br>
<blockquote type=cite class=cite cite>Hi,<br><br>
In this particular instance would the reference which identifies residues
important for the kinase activity in members of the family be the
appropriate reference?<br><br>
JK<br><br>
Midori Harris wrote:<br><br>
<br><br>
<blockquote type=cite class=cite cite>The reference has to identify the
source of the information. In this case,<br>
it comes from what the curator knows, and from the work she did
examining<br>
the protein sequence. So I don't think the protein ID would 
suffice,<br>
because it would capture nothing of the curator's involvement. The<br>
advantage of a GO_REF is that we could include everything the curator
did,<br>
and make it unambiguous ... but it's not for me to decide whether
that<br>
advantage outweighs the problems (btw, what are the arguments against
a<br>
GO_REF?)<br><br>
m<br><br>
On Wed, 8 Mar 2006, Emily Dimmer wrote:<br><br>
<br><br>
<br>
<blockquote type=cite class=cite cite>So if using the ISS code with these
kinds of annotations, what reference information should be provided?
Should the reference field refer back to the protein's identifier? Or to
a specific GO_REF (which isn't ideal)<br>
e.g.<br>
UniProt     P12345     
GO:0004672     
UniProt:P12345     ISS   F<br>
protein    taxon:9606
20060308       UniProt<br><br>
Midori Harris wrote:<br><br>
<br><br>
<br><br>
<blockquote type=cite class=cite cite>The documentation for ISS says that
it can be used for predicted or observed sequence features, and that in
such cases the 'with' field can be left blank. If we choose to regard
altered 'active' site residues as features -- which seems reasonable --
ISS will work.<br><br>
Also, using IC would not solve the reference problem, so you would still
have to either (a) make a GO_REF entry or (b) think of something else to
use as the reference.<br><br>
m<br><br>
On Wed, 8 Mar 2006, Evelyn Camon wrote:<br><br>
<br><br>
<br><br>
<br><br>
<blockquote type=cite class=cite cite>ok..so sequence similar to what??
the sequence/domain for the active kinase??? or could we have Inferred by
Curator from Sequence (ICS??)..hmmm<br><br>
Ev<br><br>
Valerie Wood wrote:<br><br>
<br><br>
<br><br>
<br>
<blockquote type=cite class=cite cite>I think I prefer ISS, because this
is essentially a judgement which has<br>
been made by assessing the sequence.....<br><br>
Evelyn Camon wrote:<br><br>
<br><br>
<br><br>
<br><br>
<blockquote type=cite class=cite cite>Hi,<br><br>
I'm not keen on the GO_REF idea I'm afraid...could we propose that
IC<br>
could be used without GO ID on these odd occasions...not sure what<br>
publication you would use though...<br><br>
Ev<br><br>
Sandra Orchard wrote:<br><br>
<br><br>
<br><br>
<br><br>
<blockquote type=cite class=cite cite>Most kinase recognition patterns
are HMMs which can only predict a<br>
domain but will not tell you if it is active or not. The kinases in<br>
these examples were hit by the HMMs. The only method which will give
any<br>
indication of activity are ProSite patterns which specifically say 
a<br>
particular residue needs to be in a particulr position. The HMMs 
are<br>
correct in that these are part of the kinase family, but are
inactive<br>
members of it, they are not false positives in that sense. This is
true<br>
for many different classes of enzyme.<br><br>
And I do not remove enzyme InterPro2GO annotation just because a
family<br>
contains a few inactive members - all the big enzyme families do 
and<br>
they can only really be recognised by manual annotation.<br><br>
Sandra<br><br>
Valerie Wood wrote:<br><br>
<br><br>
<br><br>
<br><br>
<br>
<blockquote type=cite class=cite cite>Hi Emily,<br><br>
A few comments which may be relevant:<br><br>
Out of interest, which protein kinase family is this (i.e. which<br>
Interpro domain). Is it a family where some (but not all) members
are<br>
protein kinases, in<br>
which case the mapping should be removed?<br><br>
Alternatively, if this appears to be a spurious hit, instead of adding
a<br>
NOT annotation, you can get spurious matches suppressed by Interpro
as<br>
false positives (I often do this for S. pombe).<br><br>
Or, could it be a sequencing or gene predicition error?<br><br>
<br><br>
Val<br><br>
<br>
Midori Harris wrote:<br><br>
<br><br>
<br><br>
<br><br>
<br><br>
<blockquote type=cite class=cite cite>Hi,<br><br>
I think there's no doubt whatsoever that this information should be<br>
captured. The question is what to put for reference and evidence.
The<br>
best<br>
evidence code is probably TAS, although one could possibly also make
a<br>
case for ISS (note that IC is restricted to inferences from other 
GO<br>
annotations, so isn't suitable).<br><br>
For a reference, one possibility is to add an item to the GO_REF<br>
collection; then there would be an ID to plug into the file.<br><br>
m<br><br>
On Wed, 8 Mar 2006, Emily Dimmer wrote:<br><br>
<br><br>
<br><br>
<br><br>
<br><br>
<br>
<blockquote type=cite class=cite cite>Hi,<br><br>
One of our annotators, who is an expert on protein kinases, has
looked<br>
at the sequence of a putative protein kinase and from noticing a
couple<br>
of amino acids changes at its active site, has predicted that it
does<br>
not possess any kinase activity - she did not use any software and<br>
there<br>
is no published work on this protein.<br>
Do you think this type of annotation should be represented in GO 
(we<br>
feel this annotation is of high quality and adds valuable<br>
information to<br>
a protein which has not yet been characterized), and if so how
should<br>
this annotation be shown?<br><br>
Thanks,<br>
Emily<br><br>
<br><br>
<br><br>
<br>
</blockquote></blockquote><br><br>
<br><br>
</blockquote></blockquote>-- <br>
Evelyn Camon<br>
GOA Coordinator<br>
Senior Scientific Curator<br>
European Bioinformatics Institute<br>
Tel:01223-494465<br>
Fax:01223-494468<br>
E-mail: camon@ebi.ac.uk<br>
URL:
<a href="http://www.ebi.ac.uk/goa" eudora="autourl">http://www.ebi.ac.uk/goa</a><br><br>
<br><br>
<br>
</blockquote><br><br>
<br><br>
</blockquote>-- Evelyn Camon<br>
GOA Coordinator<br>
Senior Scientific Curator<br>
European Bioinformatics Institute<br>
Tel:01223-494465<br>
Fax:01223-494468<br>
E-mail: camon@ebi.ac.uk<br>
URL:
<a href="http://www.ebi.ac.uk/goa" eudora="autourl">http://www.ebi.ac.uk/goa</a><br><br>
<br><br>
<br><br>
<br>
</blockquote><br><br>
</blockquote><br><br>
</blockquote><br>
</blockquote></blockquote><br>
</blockquote><br><br>
-- <br>
David P. Hill, Ph.D.<br>
Senior Scientific Curator<br>
Mouse Genome Informatics<br>
Gene Ontology Consortium<br>
The Jackson Laboratory<br>
600 Main Street<br>
Bar Harbor, ME 04609-1500<br>
tel:207-288-6430<br>
htpp://www.informatics.jax.org<br>
<a href="http://www.geneontology.org/" eudora="autourl">http://www.geneontology.org</a></blockquote><br><br>
</blockquote><br><br>
-- <br>
David P. Hill, Ph.D.<br>
Senior Scientific Curator<br>
Mouse Genome Informatics<br>
Gene Ontology Consortium<br>
The Jackson Laboratory<br>
600 Main Street<br>
Bar Harbor, ME 04609-1500<br>
tel:207-288-6430<br>
htpp://www.informatics.jax.org<br>
<a href="http://www.geneontology.org/" eudora="autourl">http://www.geneontology.org</a><br>
</blockquote></body>
</html>