<html>
<body>
<font size=3><br>
I am in favor of annotating to 'unknown' because if a user wants to get
everything containing a protein kinase domain they can just look at
everything containing particular InterPro domains.<br><br>
It took me a while to realize this with the protein kinases, but at the
end of the day it's impossible to make everything "perfect" so
I used the GO annotation that I'm most comfortable with.  (We
attempted to annotate all protein kinases with the same GO terms but
non-kinase gene products can be annotated using
'contributes_to.')<br><br>
To attempt to correct for this, we've included 'protein kinase' or some
variation of 'protein kinase' in the gene product, making it searchable
in our database.  We write something in the description field
explaining the residue problem.  See this gene, for
example:<br><br>
<a href="http://dictybase.org/db/cgi-bin/gene_page.pl?gene_name=gdt6" eudora="autourl">http://dictybase.org/db/cgi-bin/gene_page.pl?gene_name=gdt6<br><br>
</a>In addition to the Wnk and NRBP kinases Sandra described, there's
also the Slob and Scy1 families, which have horrible kinase domains but
have been shown to possess kinase function and are pretty well conserved
across species.  There's also the "atypical" protein
kinases, most of which don't have the "typical" eukaryotic
protein kinase domain.<br><br>
Karen<br><br>
<br>
At 09:38 AM 3/8/2006, Valerie Wood wrote:<br><br>
<blockquote type=cite class=cite cite>> it is also possible that they
use a modified<br>
> catalytic mechanism that does not require these<br>
> residues. This has been shown for the Wnk<br>
> family, where Lys13 is thought to replace Lys30<br>
> in adenosine triphosphate (ATP) binding (25)."<br>
> <br>
> In other words, nobody knows what they do, so we annotated to<br>
> 'unknown' since we were uncomfortable with 'protein kinase
activity.'<br>
> <br><br>
<br>
In that case, because it is impossible for a curator to know 
whether<br>
some family members have evolved to use alternative catalytic
residues<br>
to the ones they are familiar with, probably means it is best 
to<br>
reserve NOT for experimental codes......<br><br>
I am quite happy to see protein kinase family members annotated to<br>
protein kinase activity 'with' ISS, even if they lack residues which
are<br>
presumed to be required (providing these fulfill other criteria for<br>
family membership when clustered), because, presumably anybody doing
an<br>
experiment would test this, and the NOT would be added if this was
shown<br>
not to be the case.... <br><br>
Although Karen, I can see your reasoning for annotating to function<br>
unknown, but if somebody wanted to retrieve all proteins which were<br>
likely to be kinases, based on sequence similarity wouldn't they
also<br>
want to retrieve these gene products? After all this is a 
reasonable<br>
inference.....Sometimes using 'unknown' means these will not come to
the<br>
attention of people who may be interested in them as potential
protein<br>
kinases.<br><br>
Val<br><br>
> Karen<br>
> <br>
> At 07:54 AM 3/8/2006, Alexander D. Diehl wrote:<br>
> <br>
> > Hi,<br>
> ><br>
> > Sorry to be so late on this discussion, but I would like
suggest<br>
> > that perhaps the annotation is inappropriate on the grounds
that NOT<br>
> > annotations in general are very tricky assertions, and are
best<br>
> > based on actual experimental evidence, which itself is
very<br>
> > dependent on the experimental conditions used.  There's a
universe<br>
> > of proteins that I could provide NOT kinase activity for, but
of<br>
> > course most people would not confuse them with kinases. 
The<br>
> > question here is more whether the original algorithms for
predicting<br>
> > kinase activity need to be refined so that proteins lacking
the<br>
> > correct residues in the active site are not flagged as kinases
in<br>
> > the first place.  Such refinement, of course, ought best
to be based<br>
> > on experimental evidence (wet science) that feeds the
computational<br>
> > algorithm development, and that's where expert input is
needed.<br>
> ><br>
> > I thus vote against any annotation at all in this case.<br>
> ><br>
> > -- Alex<br>
> ><br>
> ><br>
> > Evelyn Camon wrote:<br>
> ><br>
> >> > what were the objections to a GO_REF, this would be
unambiguous<br>
> >><br>
> >><br>
> >> Hi,<br>
> >><br>
> >> The issue of using the GO_REF vs extension of the evidence
codes<br>
> >> is on<br>
> >> the GO Consortium meeting agenda.<br>
> >><br>
> >> Arguments against GO_REF include:<br>
> >><br>
> >> I don't think the users will read about GO_REF (is that
our<br>
> >> problem?)<br>
> >> I don't think the users will even see GO_REF in most
tools,<br>
> >> microarray, we are also limited in UniProt ffl to 4 fields
of GO<br>
> >> information<br>
> >> Users can filter on GO_REF plus evidence code but are we
simply<br>
> >> avoiding extending the number of useful GO evidence codes,
for<br>
> >> manual codes I can see that extending the codes might slow
down<br>
> >> curation but for more granular IEA codes, they are
created<br>
> >> electronically so no extra effort from curator
required.<br>
> >> Biology is complex. Although I don't like to see
information lost<br>
> >> I think we further complicate what was a simple annotation
process<br>
> >> and output.<br>
> >><br>
> >> Arguments in favour GO_REF include:<br>
> >><br>
> >> many different techniques not practical (or is it) to
create ne<br>
> >> evidence codes, helps to disambiguate annotations<br>
> >><br>
> >> I am really not wishing to start a new thread here...can we
leave<br>
> >> GO_REF and codes to Consortium meeting, I am still
collecting<br>
> >> ideas..you could reply to me directly if you wish me to
collect<br>
> >> further 'for' and 'aganist' examples for discussion.<br>
> >><br>
> >> cheers<br>
> >> Evelyn<br>
> >><br>
> >><br>
> >> ><br>
> >> ><br>
> >> > So all annotations which use<br>
> >> ><br>
> >> > NOT with the ISS evidence code and GO_REF:xxx and a
dbxref to an<br>
> >> > alignment<br>
> >> > mean that:<br>
> >> ><br>
> >> > The curator or an expert have looked at  the
alignment of this<br>
> >> > sequence<br>
> >> > to the associated database entry, protein family or
hmm, and on<br>
> >> > the<br>
> >> > basis of the absence of critical residues have
inferred that this<br>
> >> > family<br>
> >> > member is unlikely possess the associated
activity.<br>
> >> ><br>
> >> > Or words to that effect.<br>
> >> ><br>
> >> ><br>
> >> ><br>
> >> > David Hill wrote:<br>
> >> ><br>
> >> >>  I can see your point, but that would mean
that every database<br>
> >> >>  should<br>
> >> >>  have an internal ISS reference. We have one,
but it is only for<br>
> >> >>  orthology and subsequent inheritence of GO
terms. Our's doesn't<br>
> >> >>  address<br>
> >> >>  this issue of a NOT. I think in either case,
a User might be<br>
> >> >>  confused.<br>
> >> >>  If I were a naive User and I saw the
annotation as you<br>
> >> >>  describe, I might<br>
> >> >>  think the NOT was a mistake becasue the
proteins were so<br>
> >> >>  similar. If the<br>
> >> >>  protein in the with field is taken from the
paper that<br>
> >> >>  discusses the<br>
> >> >>  critical residues, then maybe it would be
less confusing. I'm<br>
> >> >>  not sure.<br>
> >> >>  I think we could generate confusion both
ways.<br>
> >> >><br>
> >> >>  David<br>
> >> >><br>
> >> >>  Pascale Gaudet wrote:<br>
> >> >><br>
> >> >><br>
> >> >> > Hi,<br>
> >> >> ><br>
> >> >> > Is this allowed? I thought that the reference
had to directly<br>
> >> >> > relate<br>
> >> >> > to the annotation. In this case I would have
used our<br>
> >> >> > standard<br>
> >> >> > 'dictybase curators ISS' reference, because
that's how the<br>
> >> >> > annotation<br>
> >> >> > was made.<br>
> >> >> ><br>
> >> >> > If I was to see the annotation as you
describe it, I might be<br>
> >> >> > tempted<br>
> >> >> > to go and look at the reference, and I would
be very confused<br>
> >> >> > because<br>
> >> >> > it doesn't talk about the protein at
all.<br>
> >> >> ><br>
> >> >> > Pascale<br>
> >> >> ><br>
> >> >> ><br>
> >> >> > At 07:49 AM 3/8/2006 -0500, David Hill
wrote:<br>
> >> >> ><br>
> >> >> ><br>
> >> >> >>  This is a bit out of the ordinary,
but what about an ISS<br>
> >> >> >>  evidence<br>
> >> >> >>  code with an active kinase and then
a reference to a paper<br>
> >> >> >>  that<br>
> >> >> >>  identifies the critical residues
for kinase activity?<br>
> >> >> >><br>
> >> >> >>  David<br>
> >> >> >><br>
> >> >> >>  Midori Harris wrote:<br>
> >> >> >><br>
> >> >> >><br>
> >> >> >> > Seems to me it would be a valuable
part of the story, but<br>
> >> >> >> > not<br>
> >> >> >> > necessarily the whole thing. It
would tell you what the<br>
> >> >> >> > important<br>
> >> >> >> > residues are, but would miss out the
part about observing<br>
> >> >> >> > that those<br>
> >> >> >> > residues are altered/absent in this
particular protein.<br>
> >> >> >> > Also, citing<br>
> >> >> >> > only the important-residue reference
could give the<br>
> >> >> >> > impression that<br>
> >> >> >> > that paper (or whatever it is)
actually states that<br>
> >> >> >> > protein XYZ<br>
> >> >> >> > doesn't have the activity -- which I
assume is not the<br>
> >> >> >> > case.<br>
> >> >> >> ><br>
> >> >> >> > m<br>
> >> >> >> ><br>
> >> >> >> > On Wed, 8 Mar 2006, jyoti khadake
wrote:<br>
> >> >> >> ><br>
> >> >> >> ><br>
> >> >> >> ><br>
> >> >> >> ><br>
> >> >> >> > > Hi,<br>
> >> >> >> > ><br>
> >> >> >> > > In this particular instance
would the reference which<br>
> >> >> >> > > identifies<br>
> >> >> >> > > residues important for the
kinase activity in members of<br>
> >> >> >> > > the family<br>
> >> >> >> > > be the appropriate
reference?<br>
> >> >> >> > ><br>
> >> >> >> > > JK<br>
> >> >> >> > ><br>
> >> >> >> > > Midori Harris wrote:<br>
> >> >> >> > ><br>
> >> >> >> > ><br>
> >> >> >> > ><br>
> >> >> >> > ><br>
> >> >> >> > >>  The reference has to
identify the source of the<br>
> >> >> >> > >>  information. In<br>
> >> >> >> > >>  this case,<br>
> >> >> >> > >>  it comes from what
the curator knows, and from the work<br>
> >> >> >> > >>  she did<br>
> >> >> >> > >>  examining<br>
> >> >> >> > >>  the protein sequence.
So I don't think the protein ID<br>
> >> >> >> > >>  would suffice,<br>
> >> >> >> > >>  because it would
capture nothing of the curator's<br>
> >> >> >> > >>  involvement. 
The<br>
> >> >> >> > >>  advantage of a GO_REF
is that we could include<br>
> >> >> >> > >>  everything the<br>
> >> >> >> > >>  curator did,<br>
> >> >> >> > >>  and make it
unambiguous ... but it's not for me to<br>
> >> >> >> > >>  decide whether<br>
> >> >> >> > >>  that<br>
> >> >> >> > >>  advantage outweighs
the problems (btw, what are the<br>
> >> >> >> > >>  arguments<br>
> >> >> >> > >>  against a<br>
> >> >> >> > >>  GO_REF?)<br>
> >> >> >> > >><br>
> >> >> >> > >>  m<br>
> >> >> >> > >><br>
> >> >> >> > >>  On Wed, 8 Mar 2006,
Emily Dimmer wrote:<br>
> >> >> >> > >><br>
> >> >> >> > >><br>
> >> >> >> > >><br>
> >> >> >> > >><br>
> >> >> >> > >><br>
> >> >> >> > >> > So if using the ISS
code with these kinds of<br>
> >> >> >> > >> > annotations, 
what<br>
> >> >> >> > >> > reference information
should be provided? Should the<br>
> >> >> >> > >> > reference<br>
> >> >> >> > >> > field refer back to
the protein's identifier? Or to a<br>
> >> >> >> > >> > specific<br>
> >> >> >> > >> > GO_REF (which isn't
ideal)<br>
> >> >> >> > >> > e.g.<br>
> >> >> >> > >> >
UniProt     P12345     
GO:0004672<br>
> >> >> >> > >> > UniProt:P12345<br>
> >> >> >> > >> > ISS   
F<br>
> >> >> >> > >> >
protein    taxon:9606
20060308       UniProt<br>
> >> >> >> > >> ><br>
> >> >> >> > >> > Midori Harris
wrote:<br>
> >> >> >> > >> ><br>
> >> >> >> > >> ><br>
> >> >> >> > >> ><br>
> >> >> >> > >> ><br>
> >> >> >> > >> ><br>
> >> >> >> > >> ><br>
> >> >> >> > >> > > The documentation
for ISS says that it can be used<br>
> >> >> >> > >> > > for
predicted<br>
> >> >> >> > >> > > or observed
sequence features, and that in such<br>
> >> >> >> > >> > > cases the
'with'<br>
> >> >> >> > >> > > field can be left
blank. If we choose to regard<br>
> >> >> >> > >> > > altered
'active'<br>
> >> >> >> > >> > > site residues as
features -- which seems reasonable<br>
> >> >> >> > >> > > -- ISS will<br>
> >> >> >> > >> > > work.<br>
> >> >> >> > >> > ><br>
> >> >> >> > >> > > Also, using IC
would not solve the reference<br>
> >> >> >> > >> > > problem, so
you<br>
> >> >> >> > >> > > would still have
to either (a) make a GO_REF entry<br>
> >> >> >> > >> > > or (b) 
think<br>
> >> >> >> > >> > > of something else
to use as the reference.<br>
> >> >> >> > >> > ><br>
> >> >> >> > >> > > m<br>
> >> >> >> > >> > ><br>
> >> >> >> > >> > > On Wed, 8 Mar
2006, Evelyn Camon wrote:<br>
> >> >> >> > >> > ><br>
> >> >> >> > >> > ><br>
> >> >> >> > >> > ><br>
> >> >> >> > >> > ><br>
> >> >> >> > >> > ><br>
> >> >> >> > >> > ><br>
> >> >> >> > >> > ><br>
> >> >> >> > >> > ><br>
> >> >> >> > >> > >>  ok..so
sequence similar to what?? the<br>
> >> >> >> > >> > >> 
sequence/domain for the<br>
> >> >> >> > >> > >>  active
kinase??? or could we have Inferred by<br>
> >> >> >> > >> > >>  Curator
from<br>
> >> >> >> > >> > >> 
Sequence (ICS??)..hmmm<br>
> >> >> >> > >> > >><br>
> >> >> >> > >> > >>  
Ev<br>
> >> >> >> > >> > >><br>
> >> >> >> > >> > >>  Valerie
Wood wrote:<br>
> >> >> >> > >> > >><br>
> >> >> >> > >> > >><br>
> >> >> >> > >> > >><br>
> >> >> >> > >> > >><br>
> >> >> >> > >> > >><br>
> >> >> >> > >> > >><br>
> >> >> >> > >> > >><br>
> >> >> >> > >> > >> > I think
I prefer ISS, because this is<br>
> >> >> >> > >> > >> >
essentially a judgement<br>
> >> >> >> > >> > >> > which
has<br>
> >> >> >> > >> > >> > been
made by assessing the sequence.....<br>
> >> >> >> > >> > >> ><br>
> >> >> >> > >> > >> > Evelyn
Camon wrote:<br>
> >> >> >> > >> > >> ><br>
> >> >> >> > >> > >> ><br>
> >> >> >> > >> > >> ><br>
> >> >> >> > >> > >> ><br>
> >> >> >> > >> > >> ><br>
> >> >> >> > >> > >> ><br>
> >> >> >> > >> > >> ><br>
> >> >> >> > >> > >> ><br>
> >> >> >> > >> > >>
>>  Hi,<br>
> >> >> >> > >> > >> 
>><br>
> >> >> >> > >> > >>
>>  I'm not keen on the GO_REF idea I'm<br>
> >> >> >> > >> > >>
>>  afraid...could we propose<br>
> >> >> >> > >> > >>
>>  that IC<br>
> >> >> >> > >> > >>
>>  could be used without GO ID on these odd<br>
> >> >> >> > >> > >>
>>  occasions...not sure<br>
> >> >> >> > >> > >>
>>  what<br>
> >> >> >> > >> > >>
>>  publication you would use though...<br>
> >> >> >> > >> > >> 
>><br>
> >> >> >> > >> > >>
>>  Ev<br>
> >> >> >> > >> > >> 
>><br>
> >> >> >> > >> > >>
>>  Sandra Orchard wrote:<br>
> >> >> >> > >> > >> 
>><br>
> >> >> >> > >> > >> 
>><br>
> >> >> >> > >> > >> 
>><br>
> >> >> >> > >> > >> 
>><br>
> >> >> >> > >> > >> 
>><br>
> >> >> >> > >> > >> 
>><br>
> >> >> >> > >> > >> 
>><br>
> >> >> >> > >> > >> 
>><br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
Most kinase recognition patterns are HMMs<br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
which can only<br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
predict a<br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
domain but will not tell you if it is active<br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
or not. The<br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
kinases in<br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
these examples were hit by the HMMs. The only<br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
method which<br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
will give any<br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
indication of activity are ProSite patterns<br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
which<br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
specifically say a<br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
particular residue needs to be in a particulr<br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
position. The<br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
HMMs are<br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
correct in that these are part of the kinase<br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
family, but are<br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
inactive<br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
members of it, they are not false positives<br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
in that sense.<br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
This is true<br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
for many different classes of enzyme.<br>
> >> >> >> > >> > >> >>
><br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
And I do not remove enzyme InterPro2GO<br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
annotation just<br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
because a family<br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
contains a few inactive members - all the big<br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
enzyme<br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
families do and<br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
they can only really be recognised by manual<br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
annotation.<br>
> >> >> >> > >> > >> >>
><br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
Sandra<br>
> >> >> >> > >> > >> >>
><br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
Valerie Wood wrote:<br>
> >> >> >> > >> > >> >>
><br>
> >> >> >> > >> > >> >>
><br>
> >> >> >> > >> > >> >>
><br>
> >> >> >> > >> > >> >>
><br>
> >> >> >> > >> > >> >>
><br>
> >> >> >> > >> > >> >>
><br>
> >> >> >> > >> > >> >>
><br>
> >> >> >> > >> > >> >>
><br>
> >> >> >> > >> > >> >>
><br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
> Hi Emily,<br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
><br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
> A few comments which may be relevant:<br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
><br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
> Out of interest, which protein kinase family<br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
> is this (i.e.<br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
> which<br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
> Interpro domain). Is it a family where some<br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
> (but not all)<br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
> members are<br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
> protein kinases, in<br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
> which case the mapping should be removed?<br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
><br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
> Alternatively, if this appears to be a<br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
> spurious hit,<br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
> instead of adding a<br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
> NOT annotation, you can get spurious matches<br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
> suppressed by<br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
> Interpro as<br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
> false positives (I often do this for S.<br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
> pombe).<br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
><br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
> Or, could it be a sequencing or gene<br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
> predicition error?<br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
><br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
><br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
><br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
> Val<br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
><br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
><br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
> Midori Harris wrote:<br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
><br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
><br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
><br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
><br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
><br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
><br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
><br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
><br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
><br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
><br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
>>  Hi,<br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
>><br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
>>  I think there's no doubt whatsoever that<br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
>>  this information<br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
>>  should be<br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
>>  captured. The question is what to put for<br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
>>  reference and<br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
>>  evidence. The<br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
>>  best<br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
>>  evidence code is probably TAS, although<br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
>>  one could possibly<br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
>>  also make a<br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
>>  case for ISS (note that IC is restricted<br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
>>  to inferences<br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
>>  from other GO<br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
>>  annotations, so isn't suitable).<br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
>><br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
>>  For a reference, one possibility is to add<br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
>>  an item to the<br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
>>  GO_REF<br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
>>  collection; then there would be an ID to<br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
>>  plug into the file.<br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
>><br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
>>  m<br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
>><br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
>>  On Wed, 8 Mar 2006, Emily Dimmer wrote:<br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
>><br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
>><br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
>><br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
>><br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
>><br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
>><br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
>><br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
>><br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
>><br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
>><br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
>><br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
>> > Hi,<br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
>> ><br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
>> > One of our annotators, who is an expert<br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
>> > on protein<br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
>> > kinases, has looked<br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
>> > at the sequence of a putative protein<br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
>> > kinase and from<br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
>> > noticing a couple<br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
>> > of amino acids changes at its active<br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
>> > site, has predicted<br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
>> > that it does<br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
>> > not possess any kinase activity - she<br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
>> > did not use any<br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
>> > software and<br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
>> > there<br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
>> > is no published work on this protein.<br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
>> > Do you think this type of annotation<br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
>> > should be<br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
>> > represented in GO (we<br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
>> > feel this annotation is of high quality<br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
>> > and adds valuable<br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
>> > information to<br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
>> > a protein which has not yet been<br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
>> > characterized), and if<br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
>> > so how should<br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
>> > this annotation be shown?<br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
>> ><br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
>> > Thanks,<br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
>> > Emily<br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
>> ><br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
>> ><br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
>> ><br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
>> ><br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
>> ><br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
>> ><br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
><br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
><br>
> >> >> >> > >> > >> >> >
><br>
> >> >> >> > >> > >>
>>  --<br>
> >> >> >> > >> > >>
>>  Evelyn Camon<br>
> >> >> >> > >> > >>
>>  GOA Coordinator<br>
> >> >> >> > >> > >>
>>  Senior Scientific Curator<br>
> >> >> >> > >> > >>
>>  European Bioinformatics Institute<br>
> >> >> >> > >> > >>
>>  Tel:01223-494465<br>
> >> >> >> > >> > >>
>>  Fax:01223-494468<br>
> >> >> >> > >> > >>
>>  E-mail: camon@ebi.ac.uk<br>
> >> >> >> > >> > >>
>>  URL:
<a href="http://www.ebi.ac.uk/goa" eudora="autourl">http://www.ebi.ac.uk/goa</a><br>
> >> >> >> > >> > >> 
>><br>
> >> >> >> > >> > >> 
>><br>
> >> >> >> > >> > >> 
>><br>
> >> >> >> > >> > >> 
>><br>
> >> >> >> > >> > >> ><br>
> >> >> >> > >> > >> ><br>
> >> >> >> > >> > >> ><br>
> >> >> >> > >> > >> ><br>
> >> >> >> > >> > >>  --
Evelyn Camon<br>
> >> >> >> > >> > >>  GOA
Coordinator<br>
> >> >> >> > >> > >>  Senior
Scientific Curator<br>
> >> >> >> > >> > >> 
European Bioinformatics Institute<br>
> >> >> >> > >> > >> 
Tel:01223-494465<br>
> >> >> >> > >> > >> 
Fax:01223-494468<br>
> >> >> >> > >> > >>  E-mail:
camon@ebi.ac.uk<br>
> >> >> >> > >> > >>  URL:
<a href="http://www.ebi.ac.uk/goa" eudora="autourl">http://www.ebi.ac.uk/goa</a><br>
> >> >> >> > >> > >><br>
> >> >> >> > >> > >><br>
> >> >> >> > >> > >><br>
> >> >> >> > >> > >><br>
> >> >> >> > >> > >><br>
> >> >> >> > >> > >><br>
> >> >> >> > >> > ><br>
> >> >> >> > >> > ><br>
> >> >> >> > >> ><br>
> >> >> >><br>
> >> >> >>  --<br>
> >> >> >>  David P. Hill, Ph.D.<br>
> >> >> >>  Senior Scientific Curator<br>
> >> >> >>  Mouse Genome Informatics<br>
> >> >> >>  Gene Ontology Consortium<br>
> >> >> >>  The Jackson Laboratory<br>
> >> >> >>  600 Main Street<br>
> >> >> >>  Bar Harbor, ME 04609-1500<br>
> >> >> >>  tel:207-288-6430<br>
> >> >> >>  
htpp://www.informatics.jax.org<br>
> >> >> >> 
<a href="http://www.geneontology.org/" eudora="autourl">http://www.geneontology.org</a><br>
> >> >> ><br>
> >> >> ><br>
> >> >> ><br>
> >> >>  --<br>
> >> >>  David P. Hill, Ph.D.<br>
> >> >>  Senior Scientific Curator<br>
> >> >>  Mouse Genome Informatics<br>
> >> >>  Gene Ontology Consortium<br>
> >> >>  The Jackson Laboratory<br>
> >> >>  600 Main Street<br>
> >> >>  Bar Harbor, ME 04609-1500<br>
> >> >>  tel:207-288-6430<br>
> >> >>  htpp://www.informatics.jax.org<br>
> >> >> 
<a href="http://www.geneontology.org/" eudora="autourl">http://www.geneontology.org</a><br>
> >> ><br>
> >> ><br>
> >><br>
> ><br>
> ><br>
> > --<br>
> > Alexander Diehl, Ph.D.<br>
> > Scientific Curator<br>
> > Mouse Genome Informatics<br>
> > The Jackson Laboratory<br>
> > 600 Main Street<br>
> > Bar Harbor, ME  04609<br>
> ><br>
> > email:  adiehl@informatics.jax.org<br>
> > work:  +1 (207) 288-6427<br>
> > fax:  +1 (207) 288-6131<br>
> ><br><br>
-- <br>
----------------------------------------------------------------------------------<br>
Valerie
Wood<x-tab>    </x-tab><x-tab>        </x-tab>      
Tel: 01223 494954<br>
S. pombe Genome
Project<x-tab> </x-tab>       Fax:
01223 494919
<x-tab>       </x-tab><x-tab>        </x-tab>      
<br>
The Sanger
Institute          
email: val@sanger.ac.uk<br>
Wellcome Trust Genome Campus  
<a href="http://www.sanger.ac.uk/Projects/S_pombe" eudora="autourl">http://www.sanger.ac.uk/Projects/S_pombe</a>
<br>
Cambridge                      <br>
CB10 1SA</font></blockquote></body>
</html>