<HTML><BODY style="word-wrap: break-word; -khtml-nbsp-mode: space; -khtml-line-break: after-white-space; "><DIV class="MsoNormal"><SPAN lang="EN-US" style=""><FONT class="Apple-style-span" face="Times New Roman" size="3"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 13px;">Dear all, </SPAN></FONT><FONT class="Apple-style-span" face="Times New Roman" size="3"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 13px;"><O:P></O:P></SPAN></FONT></SPAN></DIV><DIV class="MsoNormal"><SPAN lang="EN-US" style=""><FONT class="Apple-style-span" face="Times New Roman" size="3"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 13px;">I am annotating ionotropic gluatamate receptor and I would like to insert terms about long term potentiation (LTP) and long term depression (LTD).</SPAN></FONT><FONT class="Apple-style-span" face="Times New Roman" size="3"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 13px;"><O:P></O:P></SPAN></FONT></SPAN></DIV><DIV class="MsoNormal"><SPAN lang="EN-US" style=""><FONT class="Apple-style-span" face="Times New Roman" size="3"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 13px;">I know that there are these two terms that described two form of synaptic plasticity.</SPAN></FONT><FONT class="Apple-style-span" face="Times New Roman" size="3"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 13px;"><O:P></O:P></SPAN></FONT></SPAN></DIV><DIV class="MsoNormal"><SPAN lang="EN-US" style=""><FONT class="Apple-style-span" face="Times New Roman" size="3"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 13px;"> </SPAN></FONT><FONT class="Apple-style-span" face="Times New Roman" size="3"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 13px;"><O:P></O:P></SPAN></FONT></SPAN></DIV><DIV class="MsoNormal"><SPAN lang="EN-US" style=""><FONT class="Apple-style-span" face="Times New Roman" size="3"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 13px;">GO:0048169</SPAN></FONT></SPAN><SPAN lang="EN-US" style=""><SPAN style="mso-tab-count:1"><FONT class="Apple-style-span" face="Times New Roman" size="3"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 13px;"> </SPAN></FONT></SPAN><FONT class="Apple-style-span" face="Times New Roman" size="3"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 13px;">regulation of l</SPAN></FONT><SPAN style=""><FONT class="Apple-style-span" face="Times New Roman" size="3"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 13px;">ong-term neuronal synaptic plasticity: A process that modulates long-term neuronal synaptic plasticity, the ability of neuronal synapses to change long-term as circumstances require. Long-term neuronal synaptic plasticity generally involves increase or decrease in actual synapse numbers.</SPAN></FONT><FONT class="Apple-style-span" face="Times New Roman" size="3"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 13px;"><O:P></O:P></SPAN></FONT></SPAN></SPAN></DIV><DIV class="MsoNormal"><FONT class="Apple-style-span" face="Times New Roman" size="3"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 13px;"><BR class="khtml-block-placeholder"></SPAN></FONT></DIV><DIV class="MsoNormal"><SPAN lang="EN-US" style=""><FONT class="Apple-style-span" face="Times New Roman" size="3"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 13px;">GO:0048172</SPAN></FONT><SPAN style="mso-tab-count:1"><FONT class="Apple-style-span" face="Times New Roman" size="3"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 13px;"> </SPAN></FONT></SPAN></SPAN><SPAN lang="EN-US" style=""><FONT class="Apple-style-span" face="Times New Roman" size="3"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 13px;">regulation of short</SPAN></FONT><SPAN style=""><FONT class="Apple-style-span" face="Times New Roman" size="3"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 13px;">-term neuronal synaptic plasticity: A process that modulates short-term neuronal synaptic plasticity, the ability of neuronal synapses to change in the short-term as circumstances require. Short-term neuronal synaptic plasticity generally involves increasing or decreasing synaptic sensitivity.</SPAN></FONT><FONT class="Apple-style-span" face="Times New Roman" size="3"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 13px;"><O:P></O:P></SPAN></FONT></SPAN></SPAN></DIV><DIV class="MsoNormal"><FONT class="Apple-style-span" face="Times New Roman" size="3"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 13px;"><BR class="khtml-block-placeholder"></SPAN></FONT></DIV><DIV class="MsoNormal"><SPAN lang="EN-US"><FONT class="Apple-style-span" face="Times New Roman" size="3"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 13px;">So I can not understand if we should add new terms about LTP and LTD or we could use </SPAN></FONT></SPAN><SPAN lang="EN-US" style=""><FONT class="Apple-style-span" face="Times New Roman" size="3"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 13px;">GO:0048172 (</SPAN></FONT></SPAN><SPAN lang="EN-US" style=""><FONT class="Apple-style-span" face="Times New Roman" size="3"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 13px;">regulation of short</SPAN></FONT><SPAN style=""><FONT class="Apple-style-span" face="Times New Roman" size="3"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 13px;">-term neuronal synaptic plasticity) and GO:0048169 (</SPAN></FONT></SPAN><FONT class="Apple-style-span" face="Times New Roman" size="3"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 13px;">regulation of long</SPAN></FONT><SPAN style=""><FONT class="Apple-style-span" face="Times New Roman" size="3"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 13px;">-term neuronal synaptic plasticity) for LTP and for LTD</SPAN></FONT></SPAN></SPAN></DIV><DIV class="MsoNormal"><FONT class="Apple-style-span" face="Times New Roman" size="3"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 13px;"></SPAN></FONT></DIV><DIV class="MsoNormal"><SPAN lang="EN-US" style=""><FONT class="Apple-style-span" face="Times New Roman" size="3"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 13px;">This is a new topic for me so any help will be appreciated.</SPAN></FONT></SPAN></DIV><DIV class="MsoNormal"><FONT class="Apple-style-span" face="Times New Roman" size="3"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 13px;"></SPAN></FONT></DIV><DIV class="MsoNormal"><SPAN lang="EN-US" style=""><FONT class="Apple-style-span" face="Times New Roman" size="3"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 13px;">I have read that LTD is a weakening of a synapse that lasts from hours to days. So I am not sure that short term plasticity could be the correct term for LTD because GO:0048172 (</SPAN></FONT></SPAN><SPAN lang="EN-US" style=""><FONT class="Apple-style-span" face="Times New Roman" size="3"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 13px;">regulation of short</SPAN></FONT><SPAN style=""><FONT class="Apple-style-span" face="Times New Roman" size="3"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 13px;">-term neuronal synaptic plasticity) describes changes in the short time. LTD results from either strong synaptic stimulation (as occurs in the cerebellum Purkinje cells) to persistent weak synaptic stimulation (as in the hippocampus). </SPAN></FONT><FONT class="Apple-style-span" face="Times New Roman" size="3"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 13px;"><O:P></O:P></SPAN></FONT></SPAN></SPAN></DIV><DIV class="MsoNormal"><SPAN lang="EN-US" style=""><FONT class="Apple-style-span" face="Times New Roman" size="3"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 13px;">In addiction, LTD refers only to a weakening of a synapse and not to an increasing of it.</SPAN></FONT><FONT class="Apple-style-span" face="Times New Roman" size="3"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 13px;"><O:P></O:P></SPAN></FONT></SPAN></DIV><DIV class="MsoNormal"><SPAN lang="EN-US" style=""><FONT class="Apple-style-span" face="Times New Roman" size="3"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 13px;">LTD is thought to result from changes in postsynaptic receptor density, although changes in presynaptic release may also play a role. Slow, weak stimulation of CA1 neurons also brings about long-term changes in the synapses, in this case, a reduction in the sensitivity. It involves Glu binding to a different type of NMDA receptor.</SPAN></FONT><FONT class="Apple-style-span" face="Times New Roman" size="3"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 13px;"><O:P></O:P></SPAN></FONT></SPAN></DIV><DIV class="MsoNormal"><SPAN lang="EN-US" style=""><FONT class="Apple-style-span" face="Times New Roman" size="3"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 13px;">Instead, </SPAN></FONT></SPAN><SPAN lang="EN-US"><FONT class="Apple-style-span" face="Times New Roman" size="3"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 13px;">long-term potentiation (LTP) is the long-lasting strengthening of the connection between two nerve cells. Experimentally, a series of short, high-frequency electric stimulations to a nerve cell synapse can strengthen, or potentiate, that synapse for minutes to hours. In living cells, LTP occurs naturally and can last from hours to days, months, and years. The biological mechanisms of LTP, largely via the interplay of protein kinases, phosphatases, and gene expression, give rise to synaptic plasticity and provide the foundation for a highly adaptable nervous system. </SPAN></FONT><FONT class="Apple-style-span" face="Times New Roman" size="3"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 13px;"><O:P></O:P></SPAN></FONT></SPAN></DIV><DIV class="MsoNormal"><SPAN lang="EN-US" style=""><FONT class="Apple-style-span" face="Times New Roman" size="3"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 13px;">Researches in Geneva, Switzerland have demonstrated that formation of LTP in rat brains coincides with the formation of additional synapses (at least one more) between the presynaptic axon terminal and the dendrite it synapses with. (Report by Toni, N., et al, Nature, 25 Nov 99). Presumably this, too, increases the efficiency of synaptic transmission.</SPAN></FONT><FONT class="Apple-style-span" face="Times New Roman" size="3"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 13px;"><O:P></O:P></SPAN></FONT></SPAN></DIV><DIV class="MsoNormal"><SPAN lang="EN-US" style=""><FONT class="Apple-style-span" face="Times New Roman" size="3"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 13px;">I am confused because both LTP and LTD refer to changes in the long term.</SPAN></FONT><FONT class="Apple-style-span" face="Times New Roman" size="3"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 13px;"><O:P></O:P></SPAN></FONT></SPAN></DIV><DIV class="MsoNormal"><SPAN lang="EN-US" style=""><FONT class="Apple-style-span" face="Times New Roman" size="3"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 13px;">So are they part of process of regulation of ONLY long term synaptic plasticity regulation </SPAN></FONT><SPAN style=""><FONT class="Apple-style-span" face="Times New Roman" size="3"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 13px;">GO:0048169</SPAN></FONT></SPAN><FONT class="Apple-style-span" face="Times New Roman" size="3"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 13px;">?</SPAN></FONT><FONT class="Apple-style-span" face="Times New Roman" size="3"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 13px;"><O:P></O:P></SPAN></FONT></SPAN></DIV><DIV class="MsoNormal"><SPAN lang="EN-US" style=""><FONT class="Apple-style-span" face="Times New Roman" size="3"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 13px;"> </SPAN></FONT><FONT class="Apple-style-span" face="Times New Roman" size="3"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 13px;"><O:P></O:P></SPAN></FONT></SPAN></DIV><DIV class="MsoNormal"><SPAN lang="EN-US" style=""><FONT class="Apple-style-span" face="Times New Roman" size="3"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 13px;">Thanks very much</SPAN></FONT><FONT class="Apple-style-span" face="Times New Roman" size="3"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 13px;"><O:P></O:P></SPAN></FONT></SPAN></DIV><SPAN lang="EN-US" style=""><FONT class="Apple-style-span" face="Times New Roman" size="3"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 13px;">Erika</SPAN></FONT></SPAN><FONT class="Apple-style-span" face="Times New Roman" size="3"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 13px;"> </SPAN></FONT> <FONT class="Apple-style-span" face="Helvetica"></FONT><DIV><FONT class="Apple-style-span" face="Helvetica"><BR class="khtml-block-placeholder"></FONT></DIV><DIV><FONT class="Apple-style-span" face="Helvetica">Erika Feltrin, PhD student</FONT><DIV><P style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font: 12.0px Helvetica">Bioinformatics Lab-CRIBI</P><P style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font: 12.0px Helvetica">Padua University</P><P style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font: 12.0px Helvetica"><A href="mailto:erika@cribi.unipd.it">erika@cribi.unipd.it</A></P><P style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font: 12.0px Helvetica"><BR class="khtml-block-placeholder"></P><P style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font: 12.0px Helvetica">c/o EMBL-European Bioinformatics Institute</P><P style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font: 12.0px Helvetica">Wellcome Trust Genome Campus</P><P style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font: 12.0px Helvetica">Cambridge CB10 1SD</P><P style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font: 12.0px Helvetica">United Kingdom</P><P style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font: 12.0px Helvetica; min-height: 14.0px"><BR></P><P style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font: 12.0px Helvetica"> <FONT class="Apple-style-span" color="#0000EE"><SPAN class="Apple-style-span" style="text-decoration: underline;"><A href="mailto:erika@ebi.ac.uk">erika@ebi.ac.uk</A></SPAN></FONT></P><P style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font: 12.0px Helvetica">+44 (0) 1223 492600 (work)</P><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV> </DIV><BR></DIV></BODY></HTML>