<HTML><BODY style="word-wrap: break-word; -khtml-nbsp-mode: space; -khtml-line-break: after-white-space; ">Hi All,<DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><DIV>See comments below.<SPAN class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-align: auto; -khtml-text-decorations-in-effect: none; text-indent: 0px; -apple-text-size-adjust: auto; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; "><SPAN class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-align: auto; -khtml-text-decorations-in-effect: none; text-indent: 0px; -apple-text-size-adjust: auto; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; "><B><BR class="Apple-interchange-newline"></B></SPAN></SPAN> </DIV><DIV><DIV></DIV><BR><DIV><DIV>On Mar 23, 2006, at 1:02 PM, Doug howe wrote:</DIV><BR class="Apple-interchange-newline"><BLOCKQUOTE type="cite"><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Erika,</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><SPAN class="Apple-converted-space"> </SPAN>You are correct that LTP (Long Term Potentiation) and LTD (Long Term Depression) both reflect changes in synaptic activity (at the level of individual synapses) over the long term (at least hours...ranging up to weeks or more).<SPAN class="Apple-converted-space">  </SPAN>So a GO term like GO:0048172 (regulation of short-term neuronal synaptic plasticity) will not be useful for LTD or LTP.<SPAN class="Apple-converted-space">  </SPAN>Further, LTP and LTD are the results of synaptic plasticity...they are not the plasticity itself, so terms like "positive regulation of synaptic plasticity" will not be useful either I don't think.</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; min-height: 14px; "><BR></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">It looks to me like new terms would be needed to represent LTP and LTD specifically.</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; min-height: 14px; "><BR></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">I propose the following...open for discussion...</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; min-height: 14px; "><BR></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">positive regulation of synaptic transmission (GO:0050806)</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">---[i]long term potentiation (GO:new)</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; min-height: 14px; "><BR></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">negative regulation of synaptic transmission (GO:0050805)</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">---[i]long term depression (GO:new)</DIV></BLOCKQUOTE><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><DIV>I am not sure I understand. Are these terms describing:</DIV><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><DIV>1) a specific type of regulation encompassed by (children of)  "GO:0048169 regulation of long-term neuronal synaptic plasticity" </DIV><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><DIV>or</DIV><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><DIV>2) are they meant to describe something other than plasticity?</DIV><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><DIV>I am ok with 1, but disagree with 2. I would not want to classify LTP and LTD without implying plasticity. Seems like plasticity is to amorphous a term, though I did like "neuroadaptation". Though I probably like it not because it is any-less amorphous, but rather it carries less historical baggage.</DIV><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><DIV>Marc</DIV><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><DIV><B>Marc Gillespie</B></DIV><DIV><FONT class="Apple-style-span" color="#0080FF"><B></B></FONT></DIV><DIV>Cold Spring Harbor Laboratory</DIV><DIV>Stein Lab</DIV><DIV>1 Bungtown Road</DIV><DIV>Cold Spring Harbor, NY 11724</DIV><DIV><BR></DIV><DIV>email: <A href="mailto:gillespm@cshl.edu">gillespm@cshl.edu</A></DIV><DIV>telephone: (718) 990-5249</DIV><DIV><BR></DIV><DIV><A href="http://www.reactome.org">http://www.reactome.org</A></DIV><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><BR><BLOCKQUOTE type="cite"><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; min-height: 14px; "><BR></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; min-height: 14px; "><BR></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; min-height: 14px; "><BR></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Thoughts from anyone else?</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; min-height: 14px; "><BR></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">-Doug</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; min-height: 14px; "><BR></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; min-height: 14px; "><BR></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">erika wrote:</DIV> <BLOCKQUOTE type="cite"><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Dear all,</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">I am annotating ionotropic gluatamate receptor and I would like to insert terms about long term potentiation (LTP) and long term depression (LTD).</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">I know that there are these two terms that described two form of synaptic plasticity.</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><SPAN class="Apple-converted-space"> </SPAN>GO:0048169 regulation of long-term neuronal synaptic plasticity: A process that modulates long-term neuronal synaptic plasticity, the ability of neuronal synapses to change long-term as circumstances require. Long-term neuronal synaptic plasticity generally involves increase or decrease in actual synapse numbers.</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; min-height: 14px; "><BR></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">GO:0048172 regulation of short-term neuronal synaptic plasticity: A process that modulates short-term neuronal synaptic plasticity, the ability of neuronal synapses to change in the short-term as circumstances require. Short-term neuronal synaptic plasticity generally involves increasing or decreasing synaptic sensitivity.</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; min-height: 14px; "><BR></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">So I can not understand if we should add new terms about LTP and LTD or we could use GO:0048172 (regulation of short-term neuronal synaptic plasticity) and GO:0048169 (regulation of long-term neuronal synaptic plasticity) for LTP and for LTD</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">This is a new topic for me so any help will be appreciated.</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">I have read that LTD is a weakening of a synapse that lasts from hours to days. So I am not sure that short term plasticity could be the correct term for LTD because GO:0048172 (regulation of short-term neuronal synaptic plasticity) describes changes in the short time. LTD results from either strong synaptic stimulation (as occurs in the cerebellum Purkinje cells) to persistent weak synaptic stimulation (as in the hippocampus).</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">In addiction, LTD refers only to a weakening of a synapse and not to an increasing of it.</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">LTD is thought to result from changes in postsynaptic receptor density, although changes in presynaptic release may also play a role. Slow, weak stimulation of CA1 neurons also brings about long-term changes in the synapses, in this case, a reduction in the sensitivity. It involves Glu binding to a different type of NMDA receptor.</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Instead, long-term potentiation (LTP) is the long-lasting strengthening of the connection between two nerve cells. Experimentally, a series of short, high-frequency electric stimulations to a nerve cell synapse can strengthen, or potentiate, that synapse for minutes to hours. In living cells, LTP occurs naturally and can last from hours to days, months, and years. The biological mechanisms of LTP, largely via the interplay of protein kinases, phosphatases, and gene expression, give rise to synaptic plasticity and provide the foundation for a highly adaptable nervous system.</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Researches in Geneva, Switzerland have demonstrated that formation of LTP in rat brains coincides with the formation of additional synapses (at least one more) between the presynaptic axon terminal and the dendrite it synapses with. (Report by Toni, N., et al, Nature, 25 Nov 99). Presumably this, too, increases the efficiency of synaptic transmission.</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">I am confused because both LTP and LTD refer to changes in the long term.</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">So are they part of process of regulation of ONLY long term synaptic plasticity regulation GO:0048169?</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><SPAN class="Apple-converted-space"> </SPAN>Thanks very much</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Erika<SPAN class="Apple-converted-space"> </SPAN></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Erika Feltrin, PhD student</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; min-height: 14px; "><BR></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Bioinformatics Lab-CRIBI</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; min-height: 14px; "><BR></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Padua University</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; min-height: 14px; "><BR></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">erika@cribi.unipd.it <<A href="mailto:erika@cribi.unipd.it">mailto:erika@cribi.unipd.it</A>></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; min-height: 14px; "><BR></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; min-height: 14px; "><BR></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">c/o EMBL-European Bioinformatics Institute</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; min-height: 14px; "><BR></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Wellcome Trust Genome Campus</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; min-height: 14px; "><BR></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Cambridge CB10 1SD</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; min-height: 14px; "><BR></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">United Kingdom</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; min-height: 14px; "><BR></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; min-height: 14px; "><BR></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><SPAN class="Apple-converted-space"> </SPAN>erika@ebi.ac.uk <<A href="mailto:erika@ebi.ac.uk">mailto:erika@ebi.ac.uk</A>></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; min-height: 14px; "><BR></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">+44 (0) 1223 492600 (work)</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; min-height: 14px; "><BR></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; min-height: 14px; "><BR></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; min-height: 14px; "><BR></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; min-height: 14px; "><BR></DIV> </BLOCKQUOTE></BLOCKQUOTE></DIV><BR></DIV></BODY></HTML>