<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
<HTML><HEAD>
<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=iso-8859-1">
<META content="MSHTML 6.00.2712.300" name=GENERATOR>
<STYLE></STYLE>
</HEAD>
<BODY bgColor=#ffffff>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Hello GO freinds,</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT> </DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>We at Cognia are developing biological databases. 
After a long effort to make sure that the Java/SQL structure is up, stable in 
Windows NT, and can readily accept curated proteins, complexes, interactions, 
genes, and compounds live over the web from remote literature-reading curators, 
we have reached a point where the apparently difficult task of incorporating GO 
terms into our offerings has to be addressed. Previously I had tried to 
digest the terms from the huge list, by hand, and actually made good progress in 
producing 700 ubiquitin-specific terms. BUT,</FONT></DIV>
<DIV> </DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>This has its problems:</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>1    Does not address the 
terminology for the substrates of Ubiquitylation (80% of the 
cell?!)</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>2    List is static and does not 
evolve</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>3    List must be hard coded into a 
JSP page or as table values in SQL</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>4    Modifying the list is 
ridiculously cumbersome.</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT> </DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Question:</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT> </DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Does anyone have a strong method for incorporating 
terms? </FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT> </DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>such that:</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>1    The evolution of GO is coupled 
to the database "live"</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>2    The huge number of terms is 
navigable to a curator when inputting data</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>3    Terms changes can be back 
corrected, after the curator has used a term that becomes known as antiquated 
(aliasing?)</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT> </DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>We also might like to have, or know whether to 
generate if it hasnt been done, a live converter from EC to GO (to Cognia) 
numbers. (Biojava module?)</FONT></DIV>
<DIV>   </DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>If theres any help to be had here, please let me 
know. If we could automate this fully, that would be great, but our solutions 
right now are not up to large scale curation standards.  I suspect the 
right answer will be painfully simple and elegant, and in fact that's probably 
the one we want.</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT> </DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Thanks,</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT> </DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Chris</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT> </DIV>
<DIV> </DIV>
<DIV><FONT face=Arial 
size=2>----------------------------------------------<BR>Christopher Larsen, 
Ph.D.<BR>Product Manager<BR>Cognia Corporation<BR>117 E 55th St.<BR>New York, NY 
10022</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT> </DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2><A 
href="http://www.cognia.com">http://www.cognia.com</A><BR>e: <A 
href="mailto:clarsen@cognia.com">clarsen@cognia.com</A><BR>w: 
212-331-7840<BR>h:  718-777-6558 <BR>c:  
347-837-0727      <BR>f:   
801-459-8850</FONT></DIV></BODY></HTML>