<html>
Paul,<br><br>
At 15:19 15/05/2002 -0700, you wrote:<br>
<blockquote type=cite class=cite cite>On the recommendation of Midori
Harris, I wish to ask <br>
a couple of questions:<br><br>
First:  I have seen some mention of presenting the GO
ontologies<br>
in DAML+OIL.  Has this been done?  If so, are you pleased
with<br>
the expressiveness of this approach, and would you recommend
it?</blockquote><br><br>
I'm involved in the Gene Ontology Next Generation (GONG) Project whose
major aim is to evaluate whether the expressiveness and reasoning
capabilities of DAML+OIL will support the future development, maintenance
and use of GO.<br>
 <br>
There is a minimal web page at
<a href="http://img.cs.man.ac.uk/gong" eudora="autourl">http://img.cs.man.ac.uk/gong</a><br><br>
We have translated GO RDF to DAML+OIL but this is purely a syntactic
transformation.<br>
The next step is to 'dissect' the definitions of a sample of the GO terms
into a property based DAML+OIL description.<br><br>
So for example: <br><br>
GO:0004054 arginine kinase may be (for sake of argument) be described
as<br>
<x-tab>        </x-tab>enzyme
which [<i>catalyses and only catalyses] </i>(phosphorylation which
[<i>acts_on and only acts_on] </i>L-arginine)<br><br>
GO:0019202 amino acid kinase defined as<br>
<x-tab>        </x-tab>enzyme
which [<i>catalyses and only catalyses] </i>(phosphorylation which
[<i>acts_on and only acts_on] </i>amino acid)<br><br>
(These aren't complete definitions as they don't talk about the other
substrate and product but anyway I can send you the DAML+OIL for this
example.)<br><br>
When we have a classification of small molecules including amino acids
the DAML+OIL reasoner will be able to infer arginine kinase is-a amino
acid kinase. It will flag as inconsistent an attempt to manually assert
fructokinase is-a amino acid kinase. Finally, it opens up the possibility
of  dynamically composing concepts as required (analogous to GO
cross products) formally constraining what is reasonable to assemble
together.<br><br>
It is early days in the GONG project. DAML+OIL does limit its
expressiveness to allow decidable reasoning. However, as long as you
limit the use of DAML+OIL to terminological information (for which it was
intended) then it is fine. I am actually used to using a less expressive
DL based ontology language (GRAIL). <br><br>
Actually the biggest barrier to the use of DAML+OIL and similar DL based
ontologies is the added complexity they introduce. A major focus of the
GONG project is to build an environment to make migration to the added
expressiveness of DAML+OIL as simple as possible and to simplify the
deployment of the resulting DAML+OIL ontology.<br><br>
Chris<br><br>
<br>
<blockquote type=cite class=cite cite>Second: Do you know of any attempt
to map between (or even<br>
unify) the GO ontologies, and the 'orthology' used by KEGG?<br>
Here at the Institute of Systems Biology, our biologists are<br>
very fond of KEGG; I -- as a programmer -- am naturally<br>
drawn to clean design of GO, which I have used for the last year. 
<br><br>
I want to make both KEGG and GO functional classifications<br>
available here, and I want to use data structures and<br>
ontology representations which make the most sense.  If you<br>
have any advice for me, I'd love to hear it.<br><br>
Many thanks,<br><br>
  - Paul Shannon<br><br>
--<br>
This message is from the GOFriends moderated mailing list.  A list
of public<br>
announcements and discussion of the Gene Ontology (GO) project.<br>
Problems with the
list?           E-mail:
owner-gofriends@geneontology.org<br>
Subscribing   send  
"subscribe"   to  
gofriends-request@geneontology.org<br>
Unsubscribing send   "unsubscribe"  to 
gofriends-request@geneontology.org<br>
Web:         
<a href="http://www.geneontology.org/" eudora="autourl">http://www.geneontology.org/</a>
</blockquote>
<x-sigsep><p></x-sigsep>
Dr Chris Wroe<br>
Clinical Research Fellow<br>
Department of Computer Science<br>
University of Manchester</html>