<html>
Dear GO friends, <br>
<br>
I would like to announce the release of MAPPFinder, a new application for
microarray data analysis using the annotations of the GO. MAPPFinder
carries out an automated analysis of the entire GO, identifying those GO
terms that are showing correlated gene expression changes in a microarray
experiment. Using a user-defined criterion for a "significant"
gene expression change, the percentage of genes meeting this criterion
and a statistical score are calculated for each GO term. MAPPFinder uses
the DAG structure to count the nested number of genes in a term and any
child terms below it in the hierarchy. Using the nested numbers, rather
than the number of genes associated with the individual nodes of the GO
provides a more accurate measurement of the number of genes involved in a
particular process, component, or function. The resulting gene expression
profile is displayed as both a ranked list of GO terms and a GO browser
painted with the MAPPFinder results, allowing the user to quickly
identify those GO terms whose genes are showing interesting changes in
their dataset. Once the interesting GO terms have been identified,
selecting a GO term in the MAPPFinder browser builds the corresponding
GenMAPP MAPP file. This MAPP file contains all of the genes associated
with the selected term and all of its children. The MAPP is color-coded
with the same criterion used in MAPPFinder, allowing the user to move
from a global gene expression profile across the entire GO to the
specific genes involved. <br>
<br>
MAPPFinder and GenMAPP are available for download free of charge to the
entire scientific community from
<a href="http://www.genmapp.org/" eudora="autourl"><font color="#0000FF"><u>www.GenMAPP.</a><a href="http://www.genmapp.org/" eudora="autourl">org</a></u></font>.
The program release is a beta version, but is has been extensively
tested. An comprehensive help file can be found at
<a href="http://www.genmapp.org/MAPPFinder_Help.html" eudora="autourl"><font color="#0000FF"><u>http://www.GenMAPP.org/MAPPFinder_Help.</a><a href="http://www.genmapp.org/MAPPFinder_Help.html" eudora="autourl">html</a></u></font>.
A manuscript describing this work in more detail is in preparation.<br>
<br>
Please direct any questions/comments to GenMAPP@gladstone.ucsf.edu.<br>
<br>
Thank you, <br>
Scott Doniger<br>
<br>
<br>
<x-sigsep><p></x-sigsep>
================================================== <br>
Scott Doniger <br>
GenMAPP Development Team <br>
Bruce Conklin Lab <br>
Gladstone Institute of Cardiovascular Disease/UCSF <br>
Tel: (415) 695-3736<br>
Fax: (415) 285-5632 <br>
Email: sdoniger@gladstone.ucsf.edu<br>
<br>
Mailing Address <br>
Gladstone Institutes <br>
P.O. Box 419100 <br>
San Francisco, CA 94141-9100<br>
<br>
Shipping Address <br>
Gladstone Institutes <br>
365 Vermont Street <br>
San Francisco, CA 94103<br>
</html>