<html>

<head>
<META HTTP-EQUIV="Content-Type" CONTENT="text/html; charset=us-ascii">


<meta name=Generator content="Microsoft Word 10 (filtered)">

<style>
<!--
 /* Style Definitions */
 p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0in;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:12.0pt;
        font-family:"Times New Roman";}
a:link, span.MsoHyperlink
        {color:blue;
        text-decoration:underline;}
a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed
        {color:purple;
        text-decoration:underline;}
span.EmailStyle17
        {font-family:Arial;
        color:windowtext;}
@page Section1
        {size:8.5in 11.0in;
        margin:1.0in 1.25in 1.0in 1.25in;}
div.Section1
        {page:Section1;}
-->
</style>

</head>

<body lang=EN-US link=blue vlink=purple>

<div class=Section1>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'> </span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>I have obtained Go annotations (and chosen broad terms, such
as cell communication, protein metabolism, nucleoside etc metabolism, transport
etc) ) for a list of genes I am analyzing under Biological Function.  My
goal is to try and detect differences in annotations between subsets of genes from
 this list.  Of course each gene may have multiple annotations. When
performing such an analysis is there a norm for dealing with this.  ie
Should the “differences in annotation analyses” be done using only
those genes with unique annotations, or is it appropriate to include genes with
multiple annotations.  Any input about the conventions other people use
would be greatly appreciated.</span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>Thank you,</span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>Wendy</span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span style='font-size:
12.0pt'> </span></font></p>

</div>

</body>

</html>