<HTML>
<HEAD>
<TITLE>Question about map2slim</TITLE>
</HEAD>
<BODY>
<FONT FACE="Verdana"><SPAN STYLE='font-size:12.0px'>I have tried to run map2lim to map a collection of proteins  of interest to the generic go slim to make a pie chart.<BR>
<BR>
When running map2lim I get errors from parsing  the ontology file, here is an example<BR>
<error><BR>
    <message>missing namespace for ID: GO:0008291</message><BR>
    <file>gene_ontology.obo</file><BR>
    <parse_class>GO::Parsers::obo_text_parser</parse_class><BR>
  </error><BR>
<BR>
I used the –c  option to get a count, but I have noticed that some of the slim terms are repeated<BR>
Eg.<BR>
GO:0016049 cell growth (cell growth)    4       4               biological_process<BR>
GO:0009790 embryonic development (embryonic development)        3       3               biologic<BR>
al_process<BR>
GO:0040007 growth (growth)      1       5               biological_process<BR>
GO:0016049 cell growth (cell growth)    4       4               biological_process<BR>
GO:0009653 morphogenesis (morphogenesis)        21      24              biological_process<BR>
GO:0016049 cell growth (cell growth)    4       4               biological_process<BR>
<BR>
Am I doing something wrong?<BR>
<BR>
Andy<BR>
-- <BR>
</SPAN></FONT><SPAN STYLE='font-size:12.0px'><FONT FACE="Tahoma">Andrew Nunberg<BR>
Bioinformagician<BR>
Orion Genomics<BR>
(314)-615-6989<BR>
www.oriongenomics.com<BR>
</FONT><FONT FACE="Verdana"><BR>
</FONT></SPAN>
</BODY>
</HTML>