<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
<head>
  <title></title>
</head>
<body>
Dear David,<br>
<br>
Thanks for enquiring about the WormBase GO annotations.<br>
<br>
The gene association file from WormBase was last updated<br>
on April 5th, but Wormpep147 was just released a week or<br>
two ago.  Therefore, it is likely that the latest version of <br>
wormpep is not in sync with the annotation file that is <br>
available on the GO web site.  <br>
<br>
As is discussed in our README file, the current WormBase <br>
gene association file was submitted using wormpep140, so you <br>
will probably need to try your mappings with that version of <br>
wormpep. If you still find discrepancies using wormpep140, <br>
please email me directly and I'll look into it further.<br>
<br>
Regards,<br>
Kimberly Van Auken<br>
  <br>
<font size="-1">Kimberly Van Auken, PhD <br>
Database Curator <br>
Department of Biology, 156-29 <br>
California Institute of Technology <br>
Pasadena, CA 91125 <br>
PHONE: (626) 395-5836 <br>
FAX: (626) 395-8611 <br>
Website: <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.wormbase.org">http://www.wormbase.org</a> 
<br>
email: <a class="moz-txt-link-abbreviated"
 href="mailto:vanauken@its.caltech.edu">vanauken@its.caltech.edu</a><br>
</font><br>
<br>
David Martin wrote:<br>
<blockquote type="cite"
 cite="midBF39EBDF.13DDF%25david@compbio.dundee.ac.uk">
  <pre wrap="">I'm looking at enzymes in Worm, using the GO->EC numbers to get a population
of enzymes to work with.

The GO annotation file (dated April 5th) provides 3448 distinct protein ids
which map to EC numbers. In an attempt to map these to the gene names I used
the latest wormpep (wormpep147) and used the headers to do the mapping.

This results in only 2823 of the 3448 protein ids being found in wormpep147.

Is there a disjunction between the protein ids used in wormpep and those
used for the GO annotation? If so, which version of wormpep corresponds to
the GO annotations on teh GO web site?

.d



  </pre>
</blockquote>
<br>
<br>
</body>
</html>



--
This message is from the GOFriends moderated mailing list.  A list of public
announcements and discussion of the Gene Ontology (GO) project.
Problems with the list?           E-mail: owner-gofriends@geneontology.org
Subscribing   send   "subscribe"   to   gofriends-request@geneontology.org
Unsubscribing send   "unsubscribe"  to  gofriends-request@geneontology.org
Web:          http://www.geneontology.org/