<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
<HTML><HEAD>
<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=iso-8859-7">
<META content="MSHTML 6.00.2900.2769" name=GENERATOR>
<STYLE></STYLE>
</HEAD>
<BODY bgColor=#ffffff>
<DIV>
<DIV><FONT size=2>Hi,</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2>My name is George Papachristoudis, I am a student at 
Electrical and Computer Engineering Department of Aristotle University, 
Thessaloniki, Greece.</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2></FONT> </DIV>
<DIV><FONT size=2>I have a problem concerning the parsing of Gene Ontology which 
is a part of my undergraduate research.</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2></FONT> </DIV>
<DIV><FONT size=2>I am looking for a Java API Package (and its <!--StartFragment --></FONT><FONT size=3> </FONT><FONT 
size=2>accompanying help documentation) in order to parse and edit Gene Ontology 
.obo or flat files via Java commands.</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2></FONT> </DIV>
<DIV><FONT size=2>In other words, I would like to find all the paths of a GO 
term up to the root (one of the three ontologies) as shown in the interfaces 
DAG- and OBO-Editor. However, the problem is that I have to do this job via Java 
commands (not manually as is done to both editors).</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2>So, I have to find a corresponding Java API 
Package.</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2></FONT> </DIV>
<DIV><FONT size=2>Is there anyone who can shed a light upon my 
problem?</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2></FONT> </DIV>
<DIV><FONT size=2>Thank you in advance,</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2>George Papachristoudis</FONT></DIV></DIV></BODY></HTML>