<html><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div>Dear GO friends,</div><div><br class="webkit-block-placeholder"></div><div>For some species, the info given in the dbxref table includes IDs from multiple databases, which raises the possibility of "cryptic redundancies", i.e. associations distinct because they are assigned IDs from different databases that in fact refer to the same underlying gene product.  For example, if I compare the sets of rat dbxref's that have database names RGD and ENSEMBL respectiely, I find that the overlap (redundancy) of these two sets of IDs consists of about 1000 IDs, which is over 5% all the possible rat gene products.  (To compute this overlap, I first mapped the RGD IDs to ENSEMBL IDs using the mappings provided by Ensembl version 49.)</div><div><br class="webkit-block-placeholder"></div><div>Would it help to avoid these "cryptic redundancies" if a single database (Ensembl, RGD, whatever) was used for each species?</div><div><br class="webkit-block-placeholder"></div><div>Thanks for your comments,</div><div><br class="webkit-block-placeholder"></div><div>Gabriel Berriz</div><div><br class="webkit-block-placeholder"></div><br><br><div> <span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-align: auto; -khtml-text-decorations-in-effect: none; text-indent: 0px; -apple-text-size-adjust: auto; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; "><div style="word-wrap: break-word; -khtml-nbsp-mode: space; -khtml-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-align: auto; -khtml-text-decorations-in-effect: none; text-indent: 0px; -apple-text-size-adjust: auto; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; "><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font class="Apple-style-span" color="#540000"><span class="Apple-style-span" style="color: rgb(84, 0, 0); "><span class="Apple-style-span" style="color: rgb(84, 0, 0); ">=============================================================</span></span></font><font class="Apple-style-span" color="#540000"></font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font class="Apple-style-span" color="#540000"><span class="Apple-style-span" style="color: rgb(84, 0, 0); "><span class="Apple-style-span" style="color: rgb(84, 0, 0); ">Gabriel F. Berriz, PhD</span></span></font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font class="Apple-style-span" color="#540000"><span class="Apple-style-span" style="color: rgb(84, 0, 0); "><span class="Apple-style-span" style="color: rgb(84, 0, 0); ">Bioinformatics Developer</span></span></font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font class="Apple-style-span" color="#540000"><span class="Apple-style-span" style="color: rgb(84, 0, 0); "><span class="Apple-style-span" style="color: rgb(84, 0, 0); ">Roth Lab</span></span></font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font class="Apple-style-span" color="#540000"><span class="Apple-style-span" style="color: rgb(84, 0, 0); "><span class="Apple-style-span" style="color: rgb(84, 0, 0); ">Biological Chemistry and Molecular Pharmacology -- Harvard Medical School</span></span></font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font class="Apple-style-span" color="#540000"><span class="Apple-style-span" style="color: rgb(84, 0, 0); "><span class="Apple-style-span" style="color: rgb(84, 0, 0); ">Seeley G. Mudd Building 322B</span></span></font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font class="Apple-style-span" color="#540000"><span class="Apple-style-span" style="color: rgb(84, 0, 0); "><span class="Apple-style-span" style="color: rgb(84, 0, 0); ">Boston, MA 02115-5701</span></span></font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font class="Apple-style-span" color="#540000"><span class="Apple-style-span" style="color: rgb(84, 0, 0); "><span class="Apple-style-span" style="color: rgb(84, 0, 0); ">Telephone: 617.432.3555</span></span></font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font class="Apple-style-span" color="#540000"><span class="Apple-style-span" style="color: rgb(84, 0, 0); "><span class="Apple-style-span" style="color: rgb(84, 0, 0); ">Fax: 617.432.3557</span></span></font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><br class="khtml-block-placeholder"></div><br class="Apple-interchange-newline"></span></div></span> </div><br></body></html>