<HTML>
<HEAD>
<TITLE>Dual-Taxon annotations in GO gene association files</TITLE>
</HEAD>
<BODY>
<FONT FACE="Times, Times New Roman"><SPAN STYLE='font-size:14.0px'><BR>
<BR>
<BR>
</SPAN><FONT SIZE="4"><SPAN STYLE='font-size:18.0px'>Dear GO Friends,<BR>
<BR>
Symbiotic interactions include a wide range of relationships between organisms, some are beneficial (e.g. mutualism) and some are not (e.g. parasitism).   During symbiotic interactions many gene products are required to carry out the functions and processes required for initiating and maintaining the interaction.  It is often the case that one organism may be able to interact with many different species and that specific gene products in that organism are required for interactions with one symbiotic partner, but not others.  In order to fully capture the complexities of the interactions between species, it is desirable to be able to store not only the taxon id of the organism the gene product comes from but also the taxon id of the organism the gene product interacts with.  Therefore, the GO adopted "Dual-Taxon" annotations for annotating interactions between organisms.<BR>
<BR>
In a Dual-Taxon annotation, two taxon ids are placed in the taxon column of the gene association file and separated by a pipe.  The first id represents the organism encoding the gene product and the second id represents the organism with which the gene product interacts.<BR>
<BR>
Although the ability to make such annotations has existed in the GO for several years, it is only in the last 6 months that dual-taxon annotations have begun to appear in GO gene association files.  There are now 3 association files which contain dual-taxon annotations:  Magnoporthe grisea, Oomycetes, and Pseudomonas syringae.  These annotations are the result of efforts by the PAMGO (Plant-Associated Microbe Gene Ontology) Project.  <BR>
<BR>
More inforamtion on Dual-Taxon annotations can be found here:<BR>
<FONT COLOR="#0000FF"><U><a href="http://www.geneontology.org/GO.annotation.conventions.shtml#interactions">http://www.geneontology.org/GO.annotation.conventions.shtml#interactions</a><BR>
</U></FONT><BR>
More information on the PAMGO project can be found here:<BR>
<FONT COLOR="#0000FF"><U><a href="http://pamgo.vbi.vt.edu">http://pamgo.vbi.vt.edu</a><BR>
</U></FONT><BR>
The dual-taxon annotations are not yet visible in the GO database or AmiGO, but they will be arriving soon.<BR>
<BR>
Please let us know if you have any questions,<BR>
<BR>
Michelle</SPAN></FONT><SPAN STYLE='font-size:14.0px'><BR>
</SPAN></FONT>
</BODY>
</HTML>