<span class="Apple-style-span" style="font-family: arial, sans-serif; font-size: 13px; border-collapse: collapse; "><span style="font-family: Verdana; font-size: 13px; "><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; ">Apologies for cross-posting .. deadline at end of the week</div>
<div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; "><br></div><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; ">*** NEW and Noteworthy<br><br><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; ">Recognizing the increasing synergy in medical and biological ontology research and development, biomedical Knowledge Representation Working Group (KR-WG) of the American Medical Informatics Association (AMIA) has chosen the Bio-Ontologies SIG <font><span style="background-color: rgb(255, 255, 255); ">as the venue of the KR-WG's biannual knowledge representation in medicine meetings (KR-MED, </span></font><a href="http://www.kr-med.org/" target="_blank" style="color: rgb(0, 0, 204); "><font><span style="background-color: rgb(255, 255, 255); ">www.kr-med.org</span></font></a><font><span style="background-color: rgb(255, 255, 255); ">). Bio-Ontologies 2010 will serve as host to KR-MED 2010 in the biannual meeting series. <span style="font-family: arial, sans-serif; border-collapse: collapse; ">In order to attend the biannual KR-MED meeting, please register for the Bio-Ontology SIG</span>.</span></font></div>
<div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; "><font><span style="background-color: rgb(255, 255, 255); "><br></span></font></div></div><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; ">*** Call for paper and posters</div>
<div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; "><br></div><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; ">We invite submissions for Bio-Ontologies 2010: Semantic Applications in Life Sciences at the 18th annual conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB) 2010, July 9-13, Boston, MA (<a href="http://www.iscb.org/ismb2010" target="_blank" style="color: rgb(85, 26, 139); ">http://www.iscb.org/ismb2010</a>).</div>
<br><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; ">*** Key Dates</div><br><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; "> - Submissions Due: April 16th (Friday)</div><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; ">
 - Notifications: May 7th (Friday)</div><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; "> - Final Version Due: May 14th (Friday)</div><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; "> - Workshop: July 9th-10th (Friday and Saturday)</div>
<br>*** Selected papers from Bio-Ontologies 2009 will be out soon in Journal of Biomedical Semantics. See table of contents below:</span><div><span style="font-family: Verdana; font-size: 13px; "><br><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; ">
<ol style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; "><li style="margin-left: 15px; margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; ">Phillip Lord: <i>An evolutionary approach to function.</i></li><li style="margin-left: 15px; margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; ">
Clement Jonquet, Mark A. Musen and Nigam H. Shah: <i>Building a Biomedical Ontology Recommender Web Service.</i></li><li style="margin-left: 15px; margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; ">The OBI Consortium: <i>Modeling biomedical experimental processes with OBI.</i></li>
<li style="margin-left: 15px; margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; ">David Shotton: <i>CiTO, the Citation Typing Ontology, and its use for annotation of reference lists and visualization of citation networks.</i></li><li style="margin-left: 15px; margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; ">
Allyson Lister, Phillip Lord, Matthew Pocock and Anil Wipat: <i>Annotation of SBML Models Through Rule-Based Semantic Integration.</i></li><li style="margin-left: 15px; margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; ">Jose Cruz-Toledo, Michel Dumontier, Marc Parisien and Francois Major: <i>RKB: A Semantic Web Knowledge Base for RNA.</i></li>
<li style="margin-left: 15px; margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; ">Matthias Samwald and Holger Stenzhorn: <i>Simple, Ontology-Based Representation of Biomedical Statements through Fine-Granular Entity Tagging and New Web Standards.</i></li>
</ol><br>URL: coming soon ...</div><br><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; ">*** Introduction</div><br><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; ">Bio-Ontologies: Knowledge in Biology provides a forum for discussion of the latest and most cutting-edge research in ontologies and more generally the organisation, presentation and dissemination of knowledge in biology and life sciences. It has existed as a SIG at ISMB (<a href="http://www.iscb.org/ismb2010" target="_blank" style="color: rgb(85, 26, 139); ">http://www.iscb.org/ismb2010</a>) for 12 years. </div>
<br><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; ">We are interested in approachs to organising, presenting and disseminating </div><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; ">knowledge in life sciences.</div><br>
<div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; ">We invite papers and poster submissions in traditional areas, such as the biological and medical applications of ontologies, newly developed biomedical ontologies, and the use of ontologies in data sharing standards. In addition, We invite submissions on a wide range of topics including, but not limited to:</div>
<br><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; "> - Semantic and/or Scientific Wikis.</div><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; "> - Collaborative curation platforms</div><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; ">
 - Collaborative ontology authoring and peer-review mechanisms</div><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; "> - Automated ontology learning</div><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; "> - Ontology design patterns and guidelines</div>
<div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; "> - Ontology evaluation</div><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; "> - Mapping between ontologies </div><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; "> - Biological and medical applications of ontologies</div>
<div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; "> - "Flash updates" on newly developed or existing ontologies</div><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; "> - Use of ontologies in data standards</div>
<div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; "> - Semantic Web enabled applications (such as for enhanced publishing and for capturing scientific discourse)</div><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; "> - Research in ontology languages and its effect on biomedical ontologies</div>
<br><br><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; ">*** Instructions to Authors</div><br><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; ">We are inviting three types of submissions.</div><br><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; ">
 - Short papers, up to 4 pages.</div><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; "> - Poster abstracts, up to 1 page.</div><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; "> - Flash updates, up to 1 page</div><br><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; ">
Following review, successful papers will be presented at the meeting. Posters will be exhibited</div><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; ">during the 2 days for at least one poster session. Flash updates are for short talks (5 min)</div>
<div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; ">giving the salient new developments on existing public ontologies (e.g. the Foundational Model of Anatomy). </div><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; ">Posters authors can also indicate a desire to provide a flash update.</div>
<br><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; ">Unsuccessful papers will automatically be considered for poster presentation;</div><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; ">there is no need to submit both on the same topic.</div>
<div><span style="font-family: Verdana; font-size: 13px; "><br></span></div><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; ">*** Submissions</div><br><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; ">Submissions are now open and can be submitted through easychair</div>
<div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; ">(<a href="http://www.easychair.org/conferences/?conf=bioontologies2010" target="_blank" style="color: rgb(0, 0, 204); ">http://www.easychair.org/conferences/?conf=bioontologies2010</a>).</div>
<div><br></div><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; ">** Programme</div><br><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; ">The SIG will run for two days this year<font face="verdana, sans-serif"><font size="2">. On each day, the morning session will have an invited keynote and selected papers; while the afternoon session will have a panel session and selected talks. One of the talks session will have "flash updates" from groups developing bio-ontologies as part of large international, collaborative consortia and from selected poster presenters.</font></font></div>
<font size="2"><br></font><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; "><p style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; background-color: white; text-align: justify; "><font face="verdana, sans-serif"><font color="#000000"><font size="2">09:00-10:00 Keynote</font></font></font></p>
<p style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; background-color: white; text-align: justify; "><font face="verdana, sans-serif"><font color="#000000"><font size="2">10:00-12:00 Research Talks (with coffee break)</font></font></font></p>
<p style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; background-color: white; text-align: justify; "><font face="verdana, sans-serif"><font color="#000000"><font size="2">12:00-13:30 Lunch and Poster Session</font></font></font></p>
<p style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; background-color: white; text-align: justify; "><font face="verdana, sans-serif"><font color="#000000"><font size="2">13:30-16:00 Research Talks (with coffee break)</font></font></font></p>
<p style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; background-color: white; text-align: justify; "><font face="verdana, sans-serif"><font color="#000000"><font size="2">16:00-17:30 Panel Session</font></font></font></p>
<font face="verdana, sans-serif"><font color="#000000"><font size="2">17:30-close and Poster Session</font></font></font></div><font size="2"><br></font><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; "><font face="verdana"><font size="2">This year's keynote speakers will by Andrew Rzhetsky (July 10th) and Tim Clark (July 9th)</font></font></div>
<font size="2"><br></font><br><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; ">*** Organisers</div><br><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; ">Nigam Shah, Stanford University</div><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; ">
Larisa Soldatova, University of Wales, Aberystwyth</div><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; ">Susanna-Assunta Sansone, EBI</div><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; ">Susie Stephens, Johnson & Johnson</div>
<br><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; ">*** Templates</div><br><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; ">Submission templates are available from the website</div><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; ">
(<a href="http://www.bio-ontologies.org.uk/submissions" target="_blank" style="color: rgb(0, 0, 204); ">http://www.bio-ontologies.org.uk/submissions</a>).</div><br><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; "><br></div>
<div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; ">*** Programme Committee</div><br><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; ">The programme committee is confirmed. See: <a href="http://www.bio-ontologies.org.uk/reviewers" target="_blank" style="color: rgb(85, 26, 139); ">http://www.bio-ontologies.org.uk/reviewers</a></div>
</span></div></span>