<html><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Hi Colleen,<div><br></div><div><br></div><div><br><div><div>On 14 May 2010, at 04:00, Colleen E Crangle, Phd wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: medium; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><div bgcolor="#ffffff"><div><font size="2" face="Calibri">Dear GO friends,</font></div><div><font size="2" face="Calibri"></font> </div><div><font size="2" face="Calibri">I'm doing a linguistic analysis of biological process terms in GO and, as a non-biologist, have encountered a puzzle in some terms related to pigmentation.</font></div><div><div style="line-height: normal; margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0pt; margin-left: 1in; "><font face="Calibri"><font size="2"><span><img alt="is_a relationship" src="" width="15" height="15" v:shapes="Picture_x0020_4"></span><span> </span><u>GO:0043473 :</u><span class="Apple-converted-space"> </span><u>pigmentation:</u><span class="Apple-converted-space"> </span>The deposition or aggregation of coloring matter in an organism, tissue or cell</font></font></div><div style="line-height: normal; margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0pt; margin-left: 1.5in; "><span><font face="Calibri"><font size="2"><img alt="is_a relationship" src="" width="15" height="15" v:shapes="Picture_x0020_8"><span> </span></font></font></span><a title="View details of developmental pigmentation" href=""><font color="#0000ff" size="2" face="Calibri">GO:0048066 : developmental pigmentation</font></a><font size="2" face="Calibri">: The developmental process that results in the deposition of coloring matter in an organism, tissue or cell. </font><a title="View gene products associated with this term" href=""></a><font face="Calibri"><font size="2"><span> </span><span> </span></font></font></div><span><div style="line-height: normal; margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0pt; margin-left: 1.5in; "><font face="Calibri"><font size="2"><span><img alt="is_a relationship" src="" width="15" height="15" v:shapes="Picture_x0020_12"><span> </span></span><u><a title="View details of pigment accumulation" href=""><font color="#0000ff">GO:0043476 : pigment accumulation</font></a></u>: The aggregation of coloring matter in a particular location in an organism, tissue or cell, occurring in response to some external stimulus.<span class="Apple-converted-space"> </span></font></font><a title="View gene products associated with this term" href=""></a><font face="Calibri"><font size="2"><span> </span><span> </span></font></font></div></span></div><div><font size="2" face="Calibri"></font> </div><div><font size="2"><span lang="EN-GB" style="line-height: 17px; font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 11pt; ">Pigment accumulation, a process that is in response to some external stimulus, is differentiated from developmental pigmentation, driven presumably by internal cues. These processes, however, are further differentiated by<span class="Apple-converted-space"> </span></span><span style="line-height: 17px; font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 11pt; ">coloring matter being aggregated in the first and deposited, not aggregated, in the second. <span> Depositing and aggregating coloring matter differ in their verbal aspect--this is what interests me here.</span></span></font></div><div><span style="line-height: 17px; font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 11pt; "><span><font size="2" face="Calibri"></font></span></span> </div><div><span style="line-height: 17px; font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 11pt; "><span><font size="2">So my question is: Is it really not possible for<span class="Apple-converted-space"> </span><span lang="EN-GB" style="line-height: 17px; font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 11pt; ">pigment aggregation to play any role in developmental pigmentation or for pigment deposition to play any role in response to external stimuli? Is this distinction intended?</span></font></span></span></div></div></span></blockquote><div><br></div>Is the distinction being made?  One important thing to note about ontologies (certainly those expressed in OBO and OWL) is that they follow an open world assumption.  One result of this is that classes that are not declared to be disjoint (non overlapping) should not be assumed to be.   Note - I doubt you will be able figure out whether two classes are disjoint by linguistic analysis.  This would require analyzing the structure of the ontology itself.</div><div><br></div><div>- David</div><div><br></div><div><blockquote type="cite"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: medium; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><div bgcolor="#ffffff"><div><span style="line-height: 17px; font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 11pt; "><span><span lang="EN-GB" style="line-height: 17px; font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 11pt; "><font size="2" face="Calibri"></font></span></span></span> </div><div><span style="line-height: 17px; font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 11pt; "><span><span lang="EN-GB" style="line-height: 17px; font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 11pt; "><font size="2">The subtype processes under developmental pigmentation (cuticle, eye, and sex-specific pigmentation) give no clue and have their own aspectual problems.</font></span></span></span></div><div><span style="line-height: 17px; font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 11pt; "><span><span lang="EN-GB" style="line-height: 17px; font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 11pt; "><font size="2" face="Calibri"></font></span></span></span> </div><div><span style="line-height: 17px; font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 11pt; "><span><span lang="EN-GB" style="line-height: 17px; font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 11pt; "><font size="2">I'd appreciate any thoughts.</font></span></span></span></div><div><span style="line-height: 17px; font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 11pt; "><span><span lang="EN-GB" style="line-height: 17px; font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 11pt; "><font size="2" face="Calibri"></font></span></span></span> </div><div><span style="line-height: 17px; font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 11pt; "><span><span lang="EN-GB" style="line-height: 17px; font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 11pt; "><font size="2">Colleen</font></span></span></span></div>_______________________________________________<br>Gofriends mailing list<br><a href="mailto:Gofriends@geneontology.org">Gofriends@geneontology.org</a><br><a href="http://fafner.stanford.edu/mailman/listinfo/gofriends">http://fafner.stanford.edu/mailman/listinfo/gofriends</a></div></span></blockquote></div><br><div> <span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div><div>David Osumi-Sutherland, PhD</div><div>Ontologist / Curator</div><div>Virtual Fly Brain / FlyBase</div><div>Department of Genetics</div><div>University of Cambridge</div><div>Downing Street</div><div>Cambridge, CB2 3EH</div><div>UK</div><div>+44 (0)1223 333 963</div></div><div><br></div></div></span><br class="Apple-interchange-newline"> </div><br></div></body></html>