<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
<head>
  <meta content="text/html;charset=ISO-8859-1" http-equiv="Content-Type">
</head>
<body bgcolor="#ffffff" text="#000000">
Hi Colleen - David is absolutely right - no such distinction is being
made. I would say developmental pigmentation almost certainly involves
some pigment aggregation, although this isn't stated in the ontology.<br>
<br>
Jane<br>
<br>
Colleen E Crangle, Phd wrote:
<blockquote cite="mid:1459667B21C748529E3C187B8CACD5D7@ColleenPC"
 type="cite">
  <meta content="text/html; charset=iso-8859-1"
 http-equiv="Content-Type">
  <meta name="GENERATOR" content="MSHTML 8.00.6001.18904">
  <style></style>
  <div><font face="Calibri" size="2">Dear GO friends,</font></div>
  <div> </div>
  <div><font face="Calibri" size="2">I'm doing a linguistic analysis of
biological process terms in GO and, as a non-biologist, have
encountered a puzzle in some terms related to pigmentation.</font></div>
  <div>
  <p style="margin: 0in 0in 0pt 1in; line-height: normal;"
 class="MsoNormal"><font face="Calibri"><font size="2"><span style=""><img
 moz-do-not-send="true" alt="is_a relationship" src=""
 v:shapes="Picture_x0020_4" height="15" width="15"></span><span style=""> </span><u>GO:0043473
:</u> <u>pigmentation:</u> The deposition or aggregation of coloring
matter in an organism, tissue or cell </font></font></p>
  <p style="margin: 0in 0in 0pt 1.5in; line-height: normal;"
 class="MsoNormal"><span style=""><font face="Calibri"><font size="2"><img
 moz-do-not-send="true" alt="is_a relationship" src=""
 v:shapes="Picture_x0020_8" height="15" width="15"><span style=""> </span></font></font></span><a
 moz-do-not-send="true"
 title="View details of developmental pigmentation" href=""><font
 color="#0000ff" face="Calibri" size="2">GO:0048066 : developmental
pigmentation</font></a><font face="Calibri" size="2">: The
developmental process that results in the deposition of coloring matter
in an organism, tissue or cell. </font><font face="Calibri"><font
 size="2"><span style=""> </span><span style=""> </span></font></font></p>
  <span style="">
  <p style="margin: 0in 0in 0pt 1.5in; line-height: normal;"
 class="MsoNormal"><font face="Calibri"><font size="2"><span style=""><img
 moz-do-not-send="true" alt="is_a relationship" src=""
 v:shapes="Picture_x0020_12" height="15" width="15"><span style=""> </span></span><u><a
 moz-do-not-send="true" title="View details of pigment accumulation"
 href=""><font color="#0000ff">GO:0043476 : pigment accumulation</font></a></u>:
The aggregation of coloring matter in a particular location in an
organism, tissue or cell, occurring in response to some external
stimulus. </font></font><font face="Calibri"><font size="2"><span
 style=""> </span><span style=""> </span></font></font></p>
  </span></div>
  <div> </div>
  <div><font size="2"><span
 style="line-height: 115%; font-family: 'Calibri','sans-serif'; font-size: 11pt;"
 lang="EN-GB">Pigment accumulation, a process that is in response to
some external stimulus, is differentiated from developmental
pigmentation, driven presumably by internal cues. These processes,
however, are further differentiated by </span><span
 style="line-height: 115%; font-family: 'Calibri','sans-serif'; font-size: 11pt;">coloring
matter being aggregated in the first and deposited, not aggregated, in
the second. <span style=""> Depositing and aggregating coloring matter
differ in their verbal aspect--this is what interests me here.</span></span></font></div>
  <div><span
 style="line-height: 115%; font-family: 'Calibri','sans-serif'; font-size: 11pt;"><span
 style=""></span></span> </div>
  <div><span
 style="line-height: 115%; font-family: 'Calibri','sans-serif'; font-size: 11pt;"><span
 style=""><font size="2">So my question is: Is it really not possible
for <span
 style="line-height: 115%; font-family: 'Calibri','sans-serif'; font-size: 11pt;"
 lang="EN-GB">pigment aggregation to play any role in developmental
pigmentation or for pigment deposition to play any role in response to
external stimuli? Is this distinction intended?</span></font></span></span></div>
  <div><span
 style="line-height: 115%; font-family: 'Calibri','sans-serif'; font-size: 11pt;"><span
 style=""><span
 style="line-height: 115%; font-family: 'Calibri','sans-serif'; font-size: 11pt;"
 lang="EN-GB"></span></span></span> </div>
  <div><span
 style="line-height: 115%; font-family: 'Calibri','sans-serif'; font-size: 11pt;"><span
 style=""><span
 style="line-height: 115%; font-family: 'Calibri','sans-serif'; font-size: 11pt;"
 lang="EN-GB"><font size="2">The subtype processes under developmental
pigmentation (cuticle, eye, and sex-specific pigmentation) give no clue
and have their own aspectual problems.</font></span></span></span></div>
  <div><span
 style="line-height: 115%; font-family: 'Calibri','sans-serif'; font-size: 11pt;"><span
 style=""><span
 style="line-height: 115%; font-family: 'Calibri','sans-serif'; font-size: 11pt;"
 lang="EN-GB"></span></span></span> </div>
  <div><span
 style="line-height: 115%; font-family: 'Calibri','sans-serif'; font-size: 11pt;"><span
 style=""><span
 style="line-height: 115%; font-family: 'Calibri','sans-serif'; font-size: 11pt;"
 lang="EN-GB"><font size="2">I'd appreciate any thoughts.</font></span></span></span></div>
  <div><span
 style="line-height: 115%; font-family: 'Calibri','sans-serif'; font-size: 11pt;"><span
 style=""><span
 style="line-height: 115%; font-family: 'Calibri','sans-serif'; font-size: 11pt;"
 lang="EN-GB"></span></span></span> </div>
  <div><span
 style="line-height: 115%; font-family: 'Calibri','sans-serif'; font-size: 11pt;"><span
 style=""><span
 style="line-height: 115%; font-family: 'Calibri','sans-serif'; font-size: 11pt;"
 lang="EN-GB"><font size="2">Colleen</font></span></span></span></div>
  <pre wrap="">
<hr size="4" width="90%">
_______________________________________________
Gofriends mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:Gofriends@geneontology.org">Gofriends@geneontology.org</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://fafner.stanford.edu/mailman/listinfo/gofriends">http://fafner.stanford.edu/mailman/listinfo/gofriends</a></pre>
</blockquote>
<br>
<br>
<pre class="moz-signature" cols="72">-- 
Dr Jane Lomax
GO Editorial Office
EMBL-EBI
Wellcome Trust Genome Campus
Hinxton
Cambridgeshire, UK
CB10 1SD

p: +44 1223 492516
f: +44 1223 494468</pre>
</body>
</html>