<h3><span class="il">Announcing</span> <span class="il">CAFA</span>: Critical Assessment of protein Function Annotations</h3>

<p style="margin-bottom: 0.0001pt;"><a href="http://biofunctionprediction.org/" target="_blank">http://biofunctionprediction.org</a></p>

<p>Genome sequencing and structural genomics projects have generated a wealth
of data. However, extracting meaningful information from genomic data is
becoming increasingly difficult. Both the number and the diversity of
discovered genes is increasing. This increase means that established annotation
methods, such as homology transfer, are annotating less data. In addition, there
is a need for annotation which is standardized so that it could be incorporated
into function annotation on a large scale. Finally, there is a need to assess
the quality of the function prediction software. We probably know the sequence
of the target for next generation antibiotics or cancer treatment. We just did
not recognize that target for what it is: it is currently annotated as a
"domain of unknown function". </p><div class="im">

<p>The mission of the Automated Function Prediction Special Interest Group
(AFP-SIG) is to bring together computational biologists who are dealing with
the important problem of gene and gene product function prediction, to share
ideas and create collaborations. </p>

<h3>About the <span class="il">CAFA</span> experiment</h3>

<p><b>The problem</b>: There are far too many proteins in the database for
which the sequence is known, but the function is not. The gap between what we
know and what we do not know is growing. A major challenge in the field of
bioinformatics is to predict the function of a protein from its sequence or
structure. At the same time, how can we judge how well these function
prediction algorithms are preforming? <br>
<b>The solution</b>: The Critical Assessment of protein Function Annotation
algorithms (<span class="il">CAFA</span>) is an experiment designed to provide a large-scale assessment
of computational methods dedicated to predicting protein function. We will
evaluate methods in predicting the Gene Ontology (GO) terms in the categories
of Molecular Function and Biological Process. A set of protein sequences is
provided by the organizers. Participants are expected to submit their
predictions by the submission deadline. The predictions will be evaluated
during the Automated Function Prediction (AFP) meeting, which has been approved
as a Special Interest Group (SIG) meeting, at ISMB 2011 conference (Vienna,
Austria). </p>

<h3>How to participate in <span class="il">CAFA</span>?</h3>

<p style="margin-right: 0cm; margin-left: 36pt; margin-bottom: 0.0001pt;"><span>1.<span style="font: 7pt "Times New Roman";">
</span></span>Register for the experiment at <a href="http://biofunctionprediciton.org/" target="_blank">http://biofunctionprediction.org</a></p>

</div><p style="margin-right: 0cm; margin-left: 36pt; margin-bottom: 0.0001pt;"><span>2.<span style="font: 7pt "Times New Roman";">
</span></span>(Recommended) Subscribe to the low-traffic announcement
list <a href="http://groups.google.com/group/afp2011-announce" target="_blank">http://groups.google.com/group/afp2011-announce</a>
</p>

<p style="margin-right: 0cm; margin-left: 36pt; margin-bottom: 0.0001pt;"><span>3.<span style="font: 7pt "Times New Roman";">
</span></span>Download target proteins, available September 15, 2010</p>

<p style="margin-left: 36pt;"><span>4.<span style="font: 7pt "Times New Roman";">
</span></span>Submit predictions before January 15, 2011</p>

<p style="margin-left: 36pt;"><span>5.<span style="font: 7pt "Times New Roman";">
</span></span>Join us at the AFP-SIG at Vienna July 15-16, 2011 for
the fifth protein function prediction meeting to hear the <span class="il">CAFA</span> results,
and about the latest research in computational protein function prediction</p><div class="im">

<p>More details at: <a href="http://biofunctionprediction.org">http://biofunctionprediction.org</a></p>

</div><h3>Confirmed keynote speakers</h3><div class="im">

<p style="margin-left: 36pt;"><span style="font-size: 10pt; font-family: Symbol;"><span><span style="font: 7pt "Times New Roman";">
</span></span></span>Amos Bairoch Swiss Institute for Bioinformatics,
Switzerland</p>

<p style="margin-left: 36pt;"><span style="font-size: 10pt; font-family: Symbol;"><span><span style="font: 7pt "Times New Roman";">
</span></span></span>Olga Troyansaka Princeton University, USA</p>

<p>Looking forward to hearing from you!</p>

<p>The <span class="il">CAFA</span> organizing Team: Predrag Radivojac, Michal Linial and Iddo
Friedberg</p>

</div><font color="#888888"><br clear="all">
</font><br clear="all"><br>-- <br>Iddo Friedberg<br><a href="http://iddo-friedberg.net/contact.html">http://iddo-friedberg.net/contact.html</a><br>