Hello, <div>with Blast2GO you can simply upload your GO term assignments (a table with ID <tab> GO, one per row, extension: .annot) and than perform a enrichment analysis (Menu -> Analysis -> Enrichment) providing a test and reference set (list of your IDs, plain txt file, one id per row). Start Blast2GO from here: <a href="http://www.blast2go.com/b2glaunch">http://www.blast2go.com/b2glaunch</a> (you need Java installed).</div>

<div>Best regards, </div><div>Stefan</div><div><br><div class="gmail_quote">On 28 June 2012 17:48, Paola Roncaglia <span dir="ltr"><<a href="mailto:paola@ebi.ac.uk" target="_blank">paola@ebi.ac.uk</a>></span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hello,<br>
<br>
We have a GO user (cc'd on this email) who would like to perform GO term enrichment analysis on a newly sequenced species, from in-house microarray results. The genomic data is public (released by DOE-JGI), but not available from a public database yet, therefore the gene product IDs are not recognized by e.g. AmiGO's enrichment tool. The user has a list of IDs of differentially expressed transcript, and a table provided by the sequencing lab that contains all transcript IDs and automatically-generated GO term assignments. Could anyone please recommend a tool?<br>


<br>
The latest email on this subject (containing most of the pertaining GO-help correspondence, bottom to top) is here:<br>
<a href="https://mailman.stanford.edu/pipermail/go-helpdesk/2012-June/005212.html" target="_blank">https://mailman.stanford.edu/<u></u>pipermail/go-helpdesk/2012-<u></u>June/005212.html</a><br>
<br>
Many thanks,<br>
Paola Roncaglia<br>
<br>
-- <br>
Dr Paola Roncaglia<br>
GO Editorial Office<br>
EMBL-EBI<br>
Wellcome Trust Genome Campus<br>
Hinxton<br>
Cambridgeshire, UK<br>
CB10 1SD<br>
p: <a href="tel:%2B44%201223%20492600" value="+441223492600" target="_blank">+44 1223 492600</a><br>
f: <a href="tel:%2B44%201223%20494468" value="+441223494468" target="_blank">+44 1223 494468</a><br>
<br>
______________________________<u></u>_________________<br>
go-friends mailing list<br>
<a href="mailto:go-friends@lists.stanford.edu" target="_blank">go-friends@lists.stanford.edu</a><br>
<a href="https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/go-friends" target="_blank">https://mailman.stanford.edu/<u></u>mailman/listinfo/go-friends</a><br>
<br>
</blockquote></div><br></div>