<div dir="ltr">Hi,<br><br>does it mean that the gene_ontology_ext.obo will include in its header something like:<br><br>  import: RO <br><br>Why don't you follow the "current strategy": add the new relationship (as it happened with "regulates" --  which was already in RO) with an xref to its counterpart in RO:<br>
<br>[Typedef]<br>id: regulates<br>name: regulates<br>xref: RO:0002211<br>holds_over_chain: results_in regulates<br>transitive_over: part_of ! part_of<br><br>then, we could have for instance:<br><br>[Typedef]<br>id: happens_during<br>
name: happens_during<br>comment: X happens_during Y iff: (start(Y) before_or_simultaneous_with start(X)) AND (end(X) before_or_simultaneous_with end(Y))<br>xref: RO:0002092<br>property_value: IAO:0000118 "d" xsd:string<br>
property_value: IAO:0000118 "during" xsd:string<br>is_transitive: true<br>is_a: part_of ! part_of<br>is_a: ends_during ! ends_during<br><br>instead of:<br><br>[Typedef]<br>id: RO:0002092<br>name: happens_during<br>
comment: X happens_during Y iff: (start(Y) before_or_simultaneous_with start(X)) AND (end(X) before_or_simultaneous_with end(Y))<br>property_value: IAO:0000118 "d" xsd:string<br>property_value: IAO:0000118 "during" xsd:string<br>
is_transitive: true<br>is_a: BFO:0000050 ! part of<br>is_a: RO:0002093 ! ends_during<br><br><br>I think some consistency is needed here...<br><br>cheers,<br>Erick<br><br><br><br>On 7 May 2013 18:14, Alan Ruttenberg <<a href="mailto:alanruttenberg@gmail.com">alanruttenberg@gmail.com</a>> wrote:<br>
><br>> How does happens_during differ from part_of?<br>><br>> Thanks,<br>> Alan<br>><br>><br>> On Tue, May 7, 2013 at 8:50 AM, Jane Lomax <<a href="mailto:jane@ebi.ac.uk">jane@ebi.ac.uk</a>> wrote:<br>
>><br>>> Dear GO friends - we will be adding three new relationships to this core GO file:<br>>><br>>> go.obo     <a href="http://purl.obolibrary.org/obo/go.obo">http://purl.obolibrary.org/obo/go.obo</a>         <br>
>> go.owl     <a href="http://purl.obolibrary.org/obo/go.owl">http://purl.obolibrary.org/obo/go.owl</a><br>>><br>>> For more information about the content of these and other files, please see our beta ontology downloads page:<br>
>><br>>> <a href="http://beta.geneontology.org/page/download-ontology">http://beta.geneontology.org/page/download-ontology</a><br>>><br>>> Note that this file is equivalent to these legacy files:<br>
>><br>>> <a href="ftp://ftp.geneontology.org/pub/go/ontology/obo_format_1_2/gene_ontology.1_2.obo">ftp://ftp.geneontology.org/pub/go/ontology/obo_format_1_2/gene_ontology.1_2.obo</a><br>>> <a href="ftp://ftp.geneontology.org/pub/go/ontology/gene_ontology_edit.obo">ftp://ftp.geneontology.org/pub/go/ontology/gene_ontology_edit.obo</a><br>
>><br>>> so these files will be affected too.<br>>><br>>> The relationships are starts_with, ends_with and happens_during. Their definitions from the OBO relations ontology are listed below.<br>>><br>
>> We'll start adding these to the file in 2 weeks, 21 May 2013. Let us know if you have any questions.<br>>><br>>> many thanks,<br>>><br>>> GO ontology editors<br>>><br>>><br>
>><br>>> From: <a href="http://code.google.com/p/obo-relations/">http://code.google.com/p/obo-relations/</a><br>>><br>>> [Typedef]<br>>> id: RO:0002224<br>>> name: starts with<br>>> def: "x starts with y if and only if x has part y and the time point at which x starts is equivalent to the time point at which y starts. Formally: <br>
>> ?(y) = ?(x) ? ?(y) < ?(x), where ? is a function that maps a process to a start point, and ? is a function that maps a process to an end point." []<br>>> property_value: IAO:0000112 "Every insulin receptor signaling pathway starts with the binding of a ligand to the insulin receptor" xsd:string<br>
>> property_value: IAO:0000114 IAO:0000125<br>>> property_value: IAO:0000118 "started by" xsd:string<br>>> is_transitive: true<br>>> is_a: BFO:0000051 ! has part<br>>> is_a: RO:0002222 ! temporally related to<br>
>> inverse_of: RO:0002223 ! starts<br>>><br>>> [Typedef]<br>>> id: RO:0002230<br>>> name: ends with<br>>> def: "x ends with y if and only if x has part y and the time point at which x ends is equivalent to the time point at which y ends. Formally: ?(y) > ?(x) ? ?(y) = ?(x), where ? is a function that maps a process to a start point, and ? is a function that maps a process to an end point." []<br>
>> property_value: IAO:0000114 IAO:0000125<br>>> property_value: IAO:0000118 "finished by" xsd:string<br>>> is_transitive: true<br>>> is_a: BFO:0000051 ! has part<br>>> is_a: RO:0002222 ! temporally related to<br>
>><br>>> [Typedef]<br>>> id: RO:0002092<br>>> name: happens_during<br>>> comment: X happens_during Y iff: (start(Y) before_or_simultaneous_with start(X)) AND (end(X) before_or_simultaneous_with end(Y))<br>
>> property_value: IAO:0000118 "d" xsd:string<br>>> property_value: IAO:0000118 "during" xsd:string<br>>> is_transitive: true<br>>> is_a: BFO:0000050 ! part of<br>>> is_a: RO:0002093 ! ends_during<br>
>><br>>><br>>><br>>><br>>><br>>> _______________________________________________<br>>> go-discuss mailing list<br>>> <a href="mailto:go-discuss@lists.stanford.edu">go-discuss@lists.stanford.edu</a><br>
>> <a href="https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/go-discuss">https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/go-discuss</a><br>>><br>><br>><br>> _______________________________________________<br>
> go-discuss mailing list<br>> <a href="mailto:go-discuss@lists.stanford.edu">go-discuss@lists.stanford.edu</a><br>> <a href="https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/go-discuss">https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/go-discuss</a><br>
><br></div>