<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=iso-8859-1"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;"><div>Hi Rachael,</div>We use the UniProt file 9.C_elegans.goa at <a href="ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/GO/goa/proteomes/">ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/GO/goa/proteomes/</a>.  There will be some changes in pipeline/scripts that we will have to make on our side, if the format changes, but given sufficient advance notice we can be reay.  And of course, if there are ready scripts available for conversions, that will help.<div><br></div><div>Thanks</div><div>Ranjana </div><div>WormBase<br><div><div><div><br></div><div><br></div><div>On Apr 16, 2014, at 4:10 AM, Rachael Huntley <<a href="mailto:huntley@ebi.ac.uk">huntley@ebi.ac.uk</a>> wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite">
  

    <meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=ISO-8859-1">
  
  <div text="#000000" bgcolor="#FFFFFF">
    Hello,<br>
    <br>
    If you make use of the UniProt gene association files (GAF), please
    read on.<br>
    <br>
    As the GO Consortium now has an improved annotation file format
    (combining Gene Product Association Data, "GPAD" and Gene Product<br>
    Information, "GPI" files), which is designed to replace the Gene
    Association File format (GAF), UniProt are investigating the impact
    of<br>
    stopping the production of GAF format files and supplying only the
    GPAD and GPI format files.<br>
    <br>
    We encourage all users who retrieve UniProt GO annotations to obtain
    these annotations from the GPAD/GPI files (available from
    UniProt-GOA at<br>
    <a class="moz-txt-link-freetext" href="ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/GO/goa/">ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/GO/goa/</a>) rather than GAF files,
    but we would like to know who currently makes use of our GAF format
    files (Gene<br>
    Association Files) that are available from the following locations:<br>
    <br>
       - the UniProt-GOA ftp site
    (<a class="moz-txt-link-freetext" href="ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/GO/goa/">ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/GO/goa/</a>)<br>
       - the GO Consortium website<br>
    (<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.geneontology.org/GO.downloads.annotations.shtml">http://www.geneontology.org/GO.downloads.annotations.shtml</a>)<br>
       - the GO Consortium ftp site<br>
    (<a class="moz-txt-link-freetext" href="ftp://ftp.geneontology.org/pub/go/gene-associations/">ftp://ftp.geneontology.org/pub/go/gene-associations/</a>)<br>
    <br>
    In order for you to recognise if you are using GAF files, they are
    named according to the following convention:
    gene_association.goa_<species> or<br>
    gene_association.goa_ref_<species>.<br>
    <br>
    The data included in the Gene Association Files will still be
    available in a couple of different ways. Firstly, the GO Consortium
    will provide a<br>
    conversion script, that converts between GAF and GPAD and back
    again. Secondly, annotations can be downloaded manually<br>
    or programmatically in GAF format from the QuickGO browser
    (<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="http://www.ebi.ac.uk/QuickGO">www.ebi.ac.uk/QuickGO</a>). N.B. currently it is not possible to
    download<br>
    an equivalent to the gene_association.goa_ref_<species> file,
    which contain annotations to proteins in the UniProt reference
    proteomes,<br>
    however this will be possible when the new and improved QuickGO
    interface is released later this year.<br>
    <br>
    <b>If you make use of the UniProt GAF files</b><b>, please could you
      contact us with details of which files you use, how you access the
      files and whether you</b><b><br>
    </b><b>think the removal of these files might cause you problems.</b><br>
    <br>
    If we decide on any such change, it will be announced well ahead of
    time in order for users to make any updates to their working
    practices and it will only take effect once all equivalent files can
    be downloaded from the new QuickGO interface.<br>
    <br>
    Many thanks for your attention.<br>
    <br>
    Best wishes,<br>
    Rachael Huntley on behalf of the UniProt GO Annotation project.<br>
    ---------<br>
    <br>
    <br>
    <br>
    <br>
  </div>

_______________________________________________<br>go-friends mailing list<br><a href="mailto:go-friends@lists.stanford.edu">go-friends@lists.stanford.edu</a><br>https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/go-friends<br></blockquote></div><br></div></div></body></html>