<div dir="ltr">Well, as you can see Chris Mungall supplied some information (thanks Chris!), and the reason for under-documentation is usage is not currently encouraged and indeed they do not exist in GO-Basic.<div><br></div><div>These ¬†relations are used in QuickGO, which is why I asked in the first place.¬†</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, Feb 23, 2016 at 8:14 AM, Robert Rentzsch <span dir="ltr"><<a href="mailto:robertrentzsch.work@gmail.com" target="_blank">robertrentzsch.work@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div><div><div><div>Hi Iddo,<br><br></div>This seems to be highly under/undocumented indeed, at least within GO itself. For this reason I'd have thought it's not being used in any official GO annotation files thus far? Yet, I spose you asking suggests the opposite. Probably it's best to contact the GO people directly. All I could find is the following:<br><br></div>This describes what annotation extensions to GO are and how they are (now) / may be used (in the future): <a href="http://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/1471-2105-15-155" target="_blank">http://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/1471-2105-15-155</a><br><br></div>Since those 'extra' (non-standard GO) relations are defined in an extra ontology, the relation ontology or RO, the reasoning is probably to have it documented there: <a href="https://github.com/oborel/obo-relations" target="_blank">https://github.com/oborel/obo-relations</a><br><br></div>And indeed there, under 'Shortcut Relations', of which 'capable of' is one, you find a link to it's definition (viewed with OntoBee): <a href="http://www.ontobee.org/ontology/RO?iri=http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0002215" target="_blank">http://www.ontobee.org/ontology/RO?iri=http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0002215</a><br><br>"Definition: A relation between a material entity (such as a cell) and a process, in which the material entity has the ability to carry out the process."<br><br></div><div>Maybe that helps somehow,<br></div><div>All the best,<br></div><div>Rob<br></div><div><br><br><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote"><div><div class="h5">On 22 February 2016 at 18:38, Iddo Friedberg <span dir="ltr"><<a href="mailto:idoerg@gmail.com" target="_blank">idoerg@gmail.com</a>></span> wrote:<br></div></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div><div class="h5"><div dir="ltr">Hi,<div><br></div><div>I hope I am emailing the correct list... sorry of not. Where can I find information on GO relations including "Capable of" and "Capable part of"? Couldn't find anything here:¬†<a href="http://geneontology.org/page/ontology-relations" target="_blank">http://geneontology.org/page/ontology-relations</a></div><div>Googling didn't help either.<br></div><div><br></div><div>Thanks,</div><div><br></div><div>Iddo<span><font color="#888888"><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div>Iddo Friedberg<br><a href="http://iddo-friedberg.net/contact.html" target="_blank">http://iddo-friedberg.net/contact.html</a><br>++++++++++[>+++>++++++>++++++++>++++++++++>+++++++++++<<<<<-]>>>>++++.><br>++++++..----.<<<<++++++++++++++++++++++++++++.-----------..>>>+.-----.<br>.>-.<<<<--.>>>++.>+++.<+++.----.-.<++++++++++++++++++.>+.>.<++.<<<+.>><br>>>----.<--.>++++++.<<<<------------------------------------.<br></div>
</font></span></div></div>
<br></div></div><span class="">_______________________________________________<br>
go-friends mailing list<br>
<a href="mailto:go-friends@lists.stanford.edu" target="_blank">go-friends@lists.stanford.edu</a><br>
<a href="https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/go-friends" rel="noreferrer" target="_blank">https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/go-friends</a><br>
<br></span></blockquote></div><br></div>
</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature">Iddo Friedberg<br><a href="http://iddo-friedberg.net/contact.html" target="_blank">http://iddo-friedberg.net/contact.html</a><br>++++++++++[>+++>++++++>++++++++>++++++++++>+++++++++++<<<<<-]>>>>++++.><br>++++++..----.<<<<++++++++++++++++++++++++++++.-----------..>>>+.-----.<br>.>-.<<<<--.>>>++.>+++.<+++.----.-.<++++++++++++++++++.>+.>.<++.<<<+.>><br>>>----.<--.>++++++.<<<<------------------------------------.<br></div>
</div>