<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; color: rgb(0, 0, 0); font-size: 16px; font-family: Calibri, sans-serif;">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 16px;">
The EC2GO mapping file is generated automatically from the GO ontology file using EC ids in term xrefs. This was implemented around 6-5-2014. </div>
<div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 16px;">
However, due to the ontology structure, if an xref had an EC id with a dash (a class term) , then that id would map to that go term and any of it’s children. </div>
<div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 16px;">
This resulted in some ec ids generating many superfluous GO term mappings . </div>
<div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 16px;">
An examples: </div>
<div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 16px;">
MGI: Heph: EC.1.-; this maps to "enzyme" and then we get hundreds annotations from descendants.</div>
<div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 16px;">
MGI: Pus1: had EC: 5.4.99.-, gave mappings to all of these enzyme activities (<a href="http://enzyme.expasy.org/EC/5.4.99">http://enzyme.expasy.org/EC/5.4.99</a>.-), assuming the GO term for them existed.</div>
<div>
<pre style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 16px;"><span style="font-family: Calibri, sans-serif;">So, the decision was made to by the ontology editors to remove an xref to EC that had a dash in it. </span>This is an intended change. </pre>
<pre><font face="Calibri,sans-serif" size="4">For mgi, this reduced the number of IEAs for EC2GO from over 17,000 to a little over 900, but we weren’t upset about them.</font></pre>
<pre style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 16px;"><font face="Calibri,sans-serif" size="4">If you use this file you may note a similar drop</font></pre>
</div>
<div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 16px;">
<div>
<div>-- </div>
<div>Harold J Drabkin, Ph.D.</div>
</div>
<div>Senior Scientific Curator</div>
<div>Mouse Genome Informatics</div>
<div>The Jackson Laboratory</div>
<div>600 Main Street</div>
<div>Bar Harbor, ME 04609</div>
<div>voice:207-288-6650</div>
<div>fax: 207-288-6830</div>
<div>Email: <a href="mailto:harold.drabkin@jax.org">harold.drabkin@jax.org</a></div>
</div>
---<br><br>The information in this email, including attachments, may be confidential and is intended solely for the addressee(s). If you believe you received this email by mistake, please notify the sender by return email as soon as possible.</body>
</html>