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<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt">Hello again, <o:p>
</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt">Here's the list of EXP annotations:
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt"><a href="https://docs.google.com/spreadsheets/d/1vdei_8YbKKbgHHlPF-9LNQw10CKHwjbdE-09__-RasY/edit#gid=0">https://docs.google.com/spreadsheets/d/1vdei_8YbKKbgHHlPF-9LNQw10CKHwjbdE-09__-RasY/edit#gid=0</a><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt"><o:p> </o:p></span></p>
<table class="MsoNormalTable" border="0" cellspacing="0" cellpadding="0" width="180" style="width:135.05pt;border-collapse:collapse">
<tbody>
<tr style="height:16.0pt">
<td width="180" nowrap="" colspan="2" valign="bottom" style="width:135.05pt;padding:0cm 5.4pt 0cm 5.4pt;height:16.0pt">
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:10.0pt;font-family:Arial;color:black;mso-fareast-language:EN-GB">Contributor (Assigned by)<o:p></o:p></span></b></p>
</td>
</tr>
<tr style="height:16.0pt">
<td width="150" nowrap="" valign="bottom" style="width:112.25pt;padding:0cm 5.4pt 0cm 5.4pt;height:16.0pt">
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:Arial;color:black;mso-fareast-language:EN-GB">BHF-all<o:p></o:p></span></p>
</td>
<td width="30" nowrap="" valign="bottom" style="width:22.8pt;padding:0cm 5.4pt 0cm 5.4pt;height:16.0pt">
<p class="MsoNormal" align="right" style="text-align:right"><span style="color:black;mso-fareast-language:EN-GB">46<o:p></o:p></span></p>
</td>
</tr>
<tr style="height:28.0pt">
<td width="150" nowrap="" valign="bottom" style="width:112.25pt;padding:0cm 5.4pt 0cm 5.4pt;height:28.0pt">
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:Arial;color:black;mso-fareast-language:EN-GB">CACAO<o:p></o:p></span></p>
</td>
<td width="30" nowrap="" valign="bottom" style="width:22.8pt;padding:0cm 5.4pt 0cm 5.4pt;height:28.0pt">
<p class="MsoNormal" align="right" style="text-align:right"><span style="color:black;mso-fareast-language:EN-GB">7<o:p></o:p></span></p>
</td>
</tr>
<tr style="height:16.0pt">
<td width="150" nowrap="" valign="bottom" style="width:112.25pt;padding:0cm 5.4pt 0cm 5.4pt;height:16.0pt">
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:Arial;color:black;mso-fareast-language:EN-GB">CAFA<o:p></o:p></span></p>
</td>
<td width="30" nowrap="" valign="bottom" style="width:22.8pt;padding:0cm 5.4pt 0cm 5.4pt;height:16.0pt">
<p class="MsoNormal" align="right" style="text-align:right"><span style="color:black;mso-fareast-language:EN-GB">4<o:p></o:p></span></p>
</td>
</tr>
<tr style="height:16.0pt">
<td width="150" nowrap="" valign="bottom" style="width:112.25pt;padding:0cm 5.4pt 0cm 5.4pt;height:16.0pt">
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:Arial;color:black;mso-fareast-language:EN-GB">ComplexPortal<o:p></o:p></span></p>
</td>
<td width="30" nowrap="" valign="bottom" style="width:22.8pt;padding:0cm 5.4pt 0cm 5.4pt;height:16.0pt">
<p class="MsoNormal" align="right" style="text-align:right"><span style="color:black;mso-fareast-language:EN-GB">1<o:p></o:p></span></p>
</td>
</tr>
<tr style="height:16.0pt">
<td width="150" nowrap="" valign="bottom" style="width:112.25pt;padding:0cm 5.4pt 0cm 5.4pt;height:16.0pt">
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:Arial;color:black;mso-fareast-language:EN-GB">FlyBase<o:p></o:p></span></p>
</td>
<td width="30" nowrap="" valign="bottom" style="width:22.8pt;padding:0cm 5.4pt 0cm 5.4pt;height:16.0pt">
<p class="MsoNormal" align="right" style="text-align:right"><span style="color:black;mso-fareast-language:EN-GB">3<o:p></o:p></span></p>
</td>
</tr>
<tr style="height:16.0pt">
<td width="150" nowrap="" valign="bottom" style="width:112.25pt;padding:0cm 5.4pt 0cm 5.4pt;height:16.0pt">
</td>
<td width="30" nowrap="" valign="bottom" style="width:22.8pt;padding:0cm 5.4pt 0cm 5.4pt;height:16.0pt">
<p class="MsoNormal" align="right" style="text-align:right"><span style="color:black;mso-fareast-language:EN-GB">5<o:p></o:p></span></p>
</td>
</tr>
<tr style="height:16.0pt">
<td width="150" nowrap="" valign="bottom" style="width:112.25pt;padding:0cm 5.4pt 0cm 5.4pt;height:16.0pt">
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:Arial;color:black;mso-fareast-language:EN-GB">MGI<o:p></o:p></span></p>
</td>
<td width="30" nowrap="" valign="bottom" style="width:22.8pt;padding:0cm 5.4pt 0cm 5.4pt;height:16.0pt">
<p class="MsoNormal" align="right" style="text-align:right"><span style="color:black;mso-fareast-language:EN-GB">26<o:p></o:p></span></p>
</td>
</tr>
<tr style="height:16.0pt">
<td width="150" nowrap="" valign="bottom" style="width:112.25pt;padding:0cm 5.4pt 0cm 5.4pt;height:16.0pt">
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:Arial;color:black;mso-fareast-language:EN-GB">ParkinsonsUK-UCL<o:p></o:p></span></p>
</td>
<td width="30" nowrap="" valign="bottom" style="width:22.8pt;padding:0cm 5.4pt 0cm 5.4pt;height:16.0pt">
<p class="MsoNormal" align="right" style="text-align:right"><span style="color:black;mso-fareast-language:EN-GB">3<o:p></o:p></span></p>
</td>
</tr>
<tr style="height:16.0pt">
<td width="150" nowrap="" valign="bottom" style="width:112.25pt;padding:0cm 5.4pt 0cm 5.4pt;height:16.0pt">
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:Arial;color:black;mso-fareast-language:EN-GB">RGD<o:p></o:p></span></p>
</td>
<td width="30" nowrap="" valign="bottom" style="width:22.8pt;padding:0cm 5.4pt 0cm 5.4pt;height:16.0pt">
<p class="MsoNormal" align="right" style="text-align:right"><span style="color:black;mso-fareast-language:EN-GB">6<o:p></o:p></span></p>
</td>
</tr>
<tr style="height:16.0pt">
<td width="150" nowrap="" valign="bottom" style="width:112.25pt;padding:0cm 5.4pt 0cm 5.4pt;height:16.0pt">
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:Arial;color:black;mso-fareast-language:EN-GB">SGD<o:p></o:p></span></p>
</td>
<td width="30" nowrap="" valign="bottom" style="width:22.8pt;padding:0cm 5.4pt 0cm 5.4pt;height:16.0pt">
<p class="MsoNormal" align="right" style="text-align:right"><span style="color:black;mso-fareast-language:EN-GB">2<o:p></o:p></span></p>
</td>
</tr>
<tr style="height:16.0pt">
<td width="150" nowrap="" valign="bottom" style="width:112.25pt;padding:0cm 5.4pt 0cm 5.4pt;height:16.0pt">
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:Arial;color:black;mso-fareast-language:EN-GB">TAIR<o:p></o:p></span></p>
</td>
<td width="30" nowrap="" valign="bottom" style="width:22.8pt;padding:0cm 5.4pt 0cm 5.4pt;height:16.0pt">
<p class="MsoNormal" align="right" style="text-align:right"><span style="color:black;mso-fareast-language:EN-GB">2<o:p></o:p></span></p>
</td>
</tr>
<tr style="height:16.0pt">
<td width="150" nowrap="" valign="bottom" style="width:112.25pt;padding:0cm 5.4pt 0cm 5.4pt;height:16.0pt">
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:Arial;color:black;mso-fareast-language:EN-GB">UniProt<o:p></o:p></span></p>
</td>
<td width="30" nowrap="" valign="bottom" style="width:22.8pt;padding:0cm 5.4pt 0cm 5.4pt;height:16.0pt">
<p class="MsoNormal" align="right" style="text-align:right"><span style="color:black;mso-fareast-language:EN-GB">72<o:p></o:p></span></p>
</td>
</tr>
<tr style="height:16.0pt">
<td width="150" nowrap="" valign="bottom" style="width:112.25pt;padding:0cm 5.4pt 0cm 5.4pt;height:16.0pt">
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:Arial;color:black;mso-fareast-language:EN-GB">WB<o:p></o:p></span></p>
</td>
<td width="30" nowrap="" valign="bottom" style="width:22.8pt;padding:0cm 5.4pt 0cm 5.4pt;height:16.0pt">
<p class="MsoNormal" align="right" style="text-align:right"><span style="color:black;mso-fareast-language:EN-GB">12<o:p></o:p></span></p>
</td>
</tr>
<tr style="height:16.0pt">
<td width="150" nowrap="" valign="bottom" style="width:112.25pt;padding:0cm 5.4pt 0cm 5.4pt;height:16.0pt">
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:Arial;color:black;mso-fareast-language:EN-GB">ZFIN<o:p></o:p></span></p>
</td>
<td width="30" nowrap="" valign="bottom" style="width:22.8pt;padding:0cm 5.4pt 0cm 5.4pt;height:16.0pt">
<p class="MsoNormal" align="right" style="text-align:right"><span style="color:black;mso-fareast-language:EN-GB">1<o:p></o:p></span></p>
</td>
</tr>
</tbody>
</table>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt">Thanks, Pascale<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt"><o:p> </o:p></span></p>
<div style="border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0cm 0cm 0cm">
<p class="MsoNormal"><b><span style="color:black">From: </span></b><span style="color:black">Pascale Gaudet <Pascale.Gaudet@sib.swiss><br>
<b>Date: </b>Wednesday, 3 March 2021 at 10:56<br>
<b>To: </b>"go-friends@lists.stanford.edu" <go-friends@mailman.stanford.edu><br>
<b>Subject: </b>Merge 'GO:0007050 cell cycle arrest' and children</span><span style="color:black;mso-fareast-language:EN-GB"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-family:"Times New Roman""><o:p> </o:p></span></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt">Dear all, </span>
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt"> </span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt">The following terms will be merged into 'GO:0051726 regulation of cell cycle'.</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt"> </span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt">GO:0007050 cell cycle arrest</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt">GO:0071850 mitotic cell cycle arrest</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt">GO:0071156 regulation of cell cycle arrest</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt">GO:0071157 negative regulation of cell cycle arrest</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt">GO:0071158 positive regulation of cell cycle arrest</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt"> </span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt">The reason for this change is that 'cell cycle arrest' is a measure of the cell cycle status, not a process in itself. In several instances, the genes annotated to cell cycle arrest are causing
 a pathological situation in the cell resulting activation of a cell cycle checkpoint; this does not mean that the genes are involved in cell cycle signaling in a normal situation. We have noticed several examples where cell cycle arrest is a phenotype, and
 the paper lack evidence that the gene is involved in cell cycle regulation. </span>
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt"> </span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt">There are 186 EXP annotations to the 5 terms mentioned above.
</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt">When reviewing annotations, if there is sufficient evidence for a role in cell cycle progression or exit from the cell cycle (G0), these terms can be considered for replacement:
</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt"> </span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt">GO:0000075 cell cycle checkpoint signaling or a descendant</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt">GO:0070314 G1 to G0 transition</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt">GO:0070315 G1 to G0 transition involved in cell differentiation
</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt"> </span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt">An 'easier' option would be to use the relation 'causally upstream of or within'.
</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt"> </span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt">Thanks, Pascale & Val</span><o:p></o:p></p>
</div>
</body>
</html>