<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#ffffff" text="#000000">
    Dear Alfons,<br>
    <br>
    Thank you for your email. If I understand correctly, the identifiers
    in the column labeled "#proteinID" have been arbitrarily assigned by
    your sequencing lab? Are these identifiers already included in any
    public database? Because if so, I might point you to a way to
    convert your gene product IDs into something that the enrichment
    tool will recognize.<br>
    <br>
    You might still be able to use the AmiGO enrichment tool as follows
    - I'm not entirely sure this will work as I've never used it with a
    newly sequenced species, but it's worth a try, and I'm cc-ing the GO
    Software group on this email in case they have any comments:<br>
    <br>
    In the field labeled "Input your gene products", enter the list of
    identifiers for your induced/repressed genes. These identifiers
    should be in the same format as the ones in the column labeled
    "#proteinID" in your example (they should be a subset of those
    proteinIDs). You may simply write the IDs in the box (separated by a
    whitespace), or upload a text file with the IDs separated by a
    newline or a whitespace. <br>
    <br>
    Then, in the field labeled "Input your background set", upload the
    full dataset you received from the genome sequencing project. You
    may not need a full GAF file; the information you have in your
    example might suffice. If this does not work, we might have to
    explore other solutions. <br>
    <br>
    In the field labeled "Select the database filter", click on "No
    selection".<br>
    <br>
    In the field labeled "IEA annotations", "use IEAs in calculation" -
    select "yes". Because your fungal species is newly sequenced, most
    of the annotations are likely to be IEAs (inferred from electronic
    annotation); please review the manual page for the AmiGO enrichment
    tool, if you haven't already done so:<br>
    <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://wiki.geneontology.org/index.php/AmiGO_Manual:_Term_Enrichment">http://wiki.geneontology.org/index.php/AmiGO_Manual:_Term_Enrichment</a><br>
     <br>
    I presume your microarray is not a commercial one. If it were
    commercial, there may be other publicly available enrichment tools
    you could use - feel free to let us know in that case.<br>
    <br>
    As for your AmiGO BLAST questions:<br>
    A manual page for the tool is available here:
    <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://wiki.geneontology.org/index.php/AmiGO_Manual:_BLAST">http://wiki.geneontology.org/index.php/AmiGO_Manual:_BLAST</a><br>
    In particular, see the section "Entering sequences". You may use
    more than one gene, but the format to use depends, again, on whether
    your gene products are included in any public database or not. If
    not, you may use FASTA sequences. Please refer to the manual for
    full details. You probably would not want to use BLAST results to do
    an enrichment analysis, as those results will be from species that
    may be quite different from your fungal one.<br>
    <br>
    I hope this answers your queries. If the AmiGO term enrichment
    doesn't work, please let us know and we'll look into other
    solutions.<br>
    <br>
    With best regards,<br>
    <br>
    Paola Roncaglia, for GO help.<br>
    <br>
    On 6/26/12 3:08 PM, Alfons Weig wrote:
    <blockquote
      cite="mid:003f01cd53a5$291d7cc0$7b587640$@weig@uni-bayreuth.de"
      type="cite">
      <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;
        charset=ISO-8859-1">
      <meta name="Generator" content="Microsoft Word 12 (filtered
        medium)">
      <!--[if !mso]><style>v\:* {behavior:url(#default#VML);}
o\:* {behavior:url(#default#VML);}
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.shape {behavior:url(#default#VML);}
</style><![endif]-->
      <style><!--
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        {font-family:Calibri;
        panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}
@font-face
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      <div class="WordSection1">
        <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; font-family:
            "Arial","sans-serif"; color: rgb(31, 73,
            125);">Dear Paola, <o:p></o:p></span></p>
        <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; font-family:
            "Arial","sans-serif"; color: rgb(31, 73,
            125);"><o:p> </o:p></span></p>
        <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; font-family:
            "Arial","sans-serif"; color: rgb(31, 73,
            125);" lang="EN-US">thank you for your fast reply. <o:p></o:p></span></p>
        <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; font-family:
            "Arial","sans-serif"; color: rgb(31, 73,
            125);" lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
        <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; font-family:
            "Arial","sans-serif"; color: rgb(31, 73,
            125);" lang="EN-US">Unfortunately, I do not have a full gene
            association file. I have already looked at you GAF1.0 and
            GAF2.0 specifications, but there are too much columns in
            there, which I cannot fill with my data. The only dataset I
            received from the genome sequencing project have the
            following content (4 lines as an example). It is probably to
            less to create a valid GAF background file. <o:p></o:p></span></p>
        <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; font-family:
            "Arial","sans-serif"; color: rgb(31, 73,
            125);" lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
        <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; font-family:
            "Arial","sans-serif"; color: rgb(31, 73,
            125);" lang="EN-US">#proteinId        gotermId        
            goName          gotermType    goAcc<o:p></o:p></span></p>
        <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; font-family:
            "Arial","sans-serif"; color: rgb(31, 73,
            125);" lang="EN-US">12647  815      rhodopsin-like receptor
            activity         molecular_function    GO:0001584<o:p></o:p></span></p>
        <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; font-family:
            "Arial","sans-serif"; color: rgb(31, 73,
            125);" lang="EN-US">12647  5270    G-protein coupled
            receptor protein signaling pathway        
            biological_process      GO:0007186<o:p></o:p></span></p>
        <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; font-family:
            "Arial","sans-serif"; color: rgb(31, 73,
            125);" lang="EN-US">12647  9321    integral to membrane
            cellular_component    GO:0016021<o:p></o:p></span></p>
        <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; font-family:
            "Arial","sans-serif"; color: rgb(31, 73,
            125);" lang="EN-US">13104  162      nucleotide binding     
            molecular_function    GO:0000166<o:p></o:p></span></p>
        <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; font-family:
            "Arial","sans-serif"; color: rgb(31, 73,
            125);" lang="EN-US">etc.<o:p></o:p></span></p>
        <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; font-family:
            "Arial","sans-serif"; color: rgb(31, 73,
            125);" lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
        <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; font-family:
            "Arial","sans-serif"; color: rgb(31, 73,
            125);" lang="EN-US">I have also tried to figure out what
            exactly a “list containing gene products” as the background
            set would mean (see screenshot below taken from the GO Term
            Enrichment page) , but I could not find any example for that
            type of file.. <o:p></o:p></span></p>
        <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; font-family:
            "Arial","sans-serif"; color: rgb(31, 73,
            125);"><img id="Bild_x0020_1"
              src="cid:part1.06000703.01000708@ebi.ac.uk" height="216"
              width="515"></span><span style="font-size: 11pt;
            font-family: "Arial","sans-serif";
            color: rgb(31, 73, 125);" lang="EN-US"><o:p></o:p></span></p>
        <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; font-family:
            "Arial","sans-serif"; color: rgb(31, 73,
            125);" lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
        <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; font-family:
            "Arial","sans-serif"; color: rgb(31, 73,
            125);" lang="EN-US">So, I was looking for a tool which would
            allow me to enter GO terms directly (taken from
            induced/repressed genes) and to overlay it to a GO graph.<o:p></o:p></span></p>
        <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; font-family:
            "Arial","sans-serif"; color: rgb(31, 73,
            125);" lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
        <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; font-family:
            "Arial","sans-serif"; color: rgb(31, 73,
            125);" lang="EN-US">I have also seen the BLAST tool at
            AMIGO, but I could not figure out how I can combine Blast
            results from more than one gene to initiate a subsequent GO
            Term enrichment analysis; I can only use the results of one
            single gene, right?<o:p></o:p></span></p>
        <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; font-family:
            "Arial","sans-serif"; color: rgb(31, 73,
            125);" lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
        <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; font-family:
            "Arial","sans-serif"; color: rgb(31, 73,
            125);" lang="EN-US">Thanks for your help!<o:p></o:p></span></p>
        <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; font-family:
            "Arial","sans-serif"; color: rgb(31, 73,
            125);" lang="EN-US">Best regards<o:p></o:p></span></p>
        <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; font-family:
            "Arial","sans-serif"; color: rgb(31, 73,
            125);" lang="EN-US">Alfons<o:p></o:p></span></p>
        <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; font-family:
            "Arial","sans-serif"; color: rgb(31, 73,
            125);" lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
        <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; font-family:
            "Arial","sans-serif"; color: rgb(31, 73,
            125);" lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
        <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; font-family:
            "Arial","sans-serif"; color: rgb(31, 73,
            125);" lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
        <div>
          <p class="MsoNormal"><b><span style="font-size: 11pt;
                font-family: "Arial","sans-serif";
                color: rgb(31, 73, 125);">Dr. Alfons Weig<o:p></o:p></span></b></p>
          <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
              font-family: "Arial","sans-serif";
              color: rgb(31, 73, 125);">DNA-Analytik & Ökoinformatik
              - Univ. Bayreuth<o:p></o:p></span></p>
          <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
              font-family: "Arial","sans-serif";
              color: rgb(31, 73, 125);">Universitätsstrasse 30<o:p></o:p></span></p>
          <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
              font-family: "Arial","sans-serif";
              color: rgb(31, 73, 125);">95447 Bayreuth - Germany<o:p></o:p></span></p>
          <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
              font-family: "Arial","sans-serif";
              color: rgb(31, 73, 125);">Tel. +49 (0)921-552457<o:p></o:p></span></p>
          <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
              font-family: "Arial","sans-serif";
              color: rgb(31, 73, 125);"><a class="moz-txt-link-abbreviated" href="http://www.daneco.uni-bayreuth.de">www.daneco.uni-bayreuth.de</a><o:p></o:p></span></p>
        </div>
        <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; font-family:
            "Arial","sans-serif"; color: rgb(31, 73,
            125);"><o:p> </o:p></span></p>
        <div style="border-width: medium medium medium 1.5pt;
          border-style: none none none solid; border-color:
          -moz-use-text-color -moz-use-text-color -moz-use-text-color
          blue; padding: 0cm 0cm 0cm 4pt;">
          <div>
            <div style="border-right: medium none; border-width: 1pt
              medium medium; border-style: solid none none;
              border-color: rgb(181, 196, 223) -moz-use-text-color
              -moz-use-text-color; padding: 3pt 0cm 0cm;">
              <p class="MsoNormal"><b><span style="font-size: 10pt;
                    font-family:
                    "Tahoma","sans-serif"; color:
                    windowtext;">Von:</span></b><span style="font-size:
                  10pt; font-family:
                  "Tahoma","sans-serif"; color:
                  windowtext;"> Paola Roncaglia [<a class="moz-txt-link-freetext" href="mailto:paola@ebi.ac.uk">mailto:paola@ebi.ac.uk</a>]
                  <br>
                  <b>Gesendet:</b> Dienstag, 26. Juni 2012 15:46<br>
                  <b>An:</b> <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:a.weig@uni-bayreuth.de">a.weig@uni-bayreuth.de</a><br>
                  <b>Cc:</b> <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:go-helpdesk@mailman.stanford.edu">go-helpdesk@mailman.stanford.edu</a><br>
                  <b>Betreff:</b> Re: Enrichment GO Help query<o:p></o:p></span></p>
            </div>
          </div>
          <p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
          <p class="MsoNormal">Dear Alfons,<br>
            <br>
            Thank you for writing to GO.<br>
            <br>
            I have a few questions so I may provide you with better
            indications. Do you have a gene association file for the
            fungal species you're working on? That is, a file that
            includes both the full list of genes in your fungus' genome
            (and/or the genes on the microarray) and the GO terms
            associated to each gene. Is the microarray you're using a
            commercial one?<br>
            <br>
            For your reference, a list of GO tools for enrichment
            analysis is available here:<br>
            <a moz-do-not-send="true"
href="http://www.geneontology.org/GO.tools_by_type.term_enrichment.shtml">http://www.geneontology.org/GO.tools_by_type.term_enrichment.shtml</a>
            <br>
            <br>
            With best regards,<br>
            <br>
            Paola Roncaglia, for GO help.<br>
            <br>
            <br>
            <br>
            <o:p></o:p></p>
          <table class="MsoNormalTable" style="width: 100%;" border="0"
            cellpadding="0" cellspacing="0" width="100%">
            <tbody>
              <tr>
                <td style="padding: 0cm;">
                  <div>
                    <p class="MsoNormal">Subject: <o:p></o:p></p>
                  </div>
                  <p class="MsoNormal">GO Help query (from website)<o:p></o:p></p>
                </td>
              </tr>
              <tr>
                <td style="padding: 0cm;">
                  <div>
                    <p class="MsoNormal">From: <o:p></o:p></p>
                  </div>
                  <p class="MsoNormal"><a moz-do-not-send="true"
                      href="mailto:a.weig@uni-bayreuth.de">a.weig@uni-bayreuth.de</a><o:p></o:p></p>
                </td>
              </tr>
              <tr>
                <td style="padding: 0cm;">
                  <div>
                    <p class="MsoNormal">Date: <o:p></o:p></p>
                  </div>
                  <p class="MsoNormal">Tue, 26 Jun 2012 00:14:36 -0700<o:p></o:p></p>
                </td>
              </tr>
            </tbody>
          </table>
          <p class="MsoNormal"><span style="display: none;"><o:p> </o:p></span></p>
          <table class="MsoNormalTable" style="width: 100%;" border="0"
            cellpadding="0" cellspacing="0" width="100%">
            <tbody>
              <tr>
                <td style="padding: 0cm;">
                  <div>
                    <p class="MsoNormal">To: <o:p></o:p></p>
                  </div>
                  <p class="MsoNormal"><a moz-do-not-send="true"
                      href="mailto:go-helpdesk@mailman.stanford.edu">go-helpdesk@mailman.stanford.edu</a><o:p></o:p></p>
                </td>
              </tr>
            </tbody>
          </table>
          <p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
          <div>
            <pre>Email: <a moz-do-not-send="true" href="mailto:a.weig@uni-bayreuth.de">a.weig@uni-bayreuth.de</a><o:p></o:p></pre>
            <pre>Name: Ontology (from Alfons Weig)<o:p></o:p></pre>
            <pre>Text: Hello, <o:p></o:p></pre>
            <pre>I have identified induced/repressed genes by microarray analysis from a fully sequenced fungus. Most of these genes were already annotated with GO terms during the sequencing and annotation project. However, this organims is not included in the reference organisms in AMIGO's GO Term enrichment. <o:p></o:p></pre>
            <pre>I am looking for a tool where I can enter GO terms directly to see whether some term are enriched. My hope was to use GO Slimmer using the fungal or Aspergillus slims, but - again - genes are required for input. <o:p></o:p></pre>
            <pre><o:p> </o:p></pre>
            <pre>Is there any tool where I can analyse a subset of GO terms for enrichment/slim analyses. <o:p></o:p></pre>
            <pre><o:p> </o:p></pre>
            <pre>Best regards<o:p></o:p></pre>
            <pre>Alfons Weig<o:p></o:p></pre>
          </div>
          <p class="MsoNormal"><br>
            <br>
            <o:p></o:p></p>
          <pre>-- <o:p></o:p></pre>
          <pre>Dr Paola Roncaglia<o:p></o:p></pre>
          <pre>GO Editorial Office<o:p></o:p></pre>
          <pre>EMBL-EBI<o:p></o:p></pre>
          <pre>Wellcome Trust Genome Campus<o:p></o:p></pre>
          <pre>Hinxton<o:p></o:p></pre>
          <pre>Cambridgeshire, UK<o:p></o:p></pre>
          <pre>CB10 1SD <o:p></o:p></pre>
          <pre>p: +44 1223 492600<o:p></o:p></pre>
          <pre>f: +44 1223 494468 <o:p></o:p></pre>
        </div>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
    <pre class="moz-signature" cols="72">-- 
Dr Paola Roncaglia
GO Editorial Office
EMBL-EBI
Wellcome Trust Genome Campus
Hinxton
Cambridgeshire, UK
CB10 1SD 
p: +44 1223 492600
f: +44 1223 494468 </pre>
  </body>
</html>