<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#ffffff" text="#000000">
    Dear Alfons,<br>
    <br>
    Thanks for your reply. Could you please indicate what the fungal
    species is? That might help to answer your questions.<br>
    <br>
    Thanks and regards,<br>
    Paola<br>
    <br>
    On 6/27/12 1:27 PM, Alfons Weig wrote:
    <blockquote
      cite="mid:005401cd5460$48023430$d8069c90$@weig@uni-bayreuth.de"
      type="cite">
      <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;
        charset=ISO-8859-1">
      <meta name="Generator" content="Microsoft Word 12 (filtered
        medium)">
      <!--[if !mso]><style>v\:* {behavior:url(#default#VML);}
o\:* {behavior:url(#default#VML);}
w\:* {behavior:url(#default#VML);}
.shape {behavior:url(#default#VML);}
</style><![endif]-->
      <style><!--
/* Font Definitions */
@font-face
        {font-family:Calibri;
        panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:Tahoma;
        panose-1:2 11 6 4 3 5 4 4 2 4;}
@font-face
        {font-family:Consolas;
        panose-1:2 11 6 9 2 2 4 3 2 4;}
/* Style Definitions */
p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0cm;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:12.0pt;
        font-family:"Times New Roman","serif";
        color:black;}
a:link, span.MsoHyperlink
        {mso-style-priority:99;
        color:blue;
        text-decoration:underline;}
a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed
        {mso-style-priority:99;
        color:purple;
        text-decoration:underline;}
pre
        {mso-style-priority:99;
        mso-style-link:"HTML Vorformatiert Zchn";
        margin:0cm;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:10.0pt;
        font-family:"Courier New";
        color:black;}
p.MsoAcetate, li.MsoAcetate, div.MsoAcetate
        {mso-style-priority:99;
        mso-style-link:"Sprechblasentext Zchn";
        margin:0cm;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:8.0pt;
        font-family:"Tahoma","sans-serif";
        color:black;}
span.HTMLVorformatiertZchn
        {mso-style-name:"HTML Vorformatiert Zchn";
        mso-style-priority:99;
        mso-style-link:"HTML Vorformatiert";
        font-family:Consolas;
        color:black;}
span.SprechblasentextZchn
        {mso-style-name:"Sprechblasentext Zchn";
        mso-style-priority:99;
        mso-style-link:Sprechblasentext;
        font-family:"Tahoma","sans-serif";
        color:black;}
span.E-MailFormatvorlage21
        {mso-style-type:personal;
        font-family:"Arial","sans-serif";
        color:#1F497D;}
span.E-MailFormatvorlage22
        {mso-style-type:personal;
        font-family:"Arial","sans-serif";
        color:#1F497D;}
span.E-MailFormatvorlage23
        {mso-style-type:personal-reply;
        font-family:"Arial","sans-serif";
        color:#1F497D;}
.MsoChpDefault
        {mso-style-type:export-only;
        font-size:10.0pt;}
@page WordSection1
        {size:612.0pt 792.0pt;
        margin:70.85pt 70.85pt 2.0cm 70.85pt;}
div.WordSection1
        {page:WordSection1;}
--></style><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapedefaults v:ext="edit" spidmax="1026" />
</xml><![endif]--><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapelayout v:ext="edit">
<o:idmap v:ext="edit" data="1" />
</o:shapelayout></xml><![endif]-->
      <div class="WordSection1">
        <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; font-family:
            "Arial","sans-serif"; color: rgb(31, 73,
            125);">Dear Paola, <o:p></o:p></span></p>
        <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; font-family:
            "Arial","sans-serif"; color: rgb(31, 73,
            125);"><o:p> </o:p></span></p>
        <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; font-family:
            "Arial","sans-serif"; color: rgb(31, 73,
            125);" lang="EN-US">the data are probably not yet included
            in public databases, although the genome data and the
            annotations are already available from the DOE JGI. Let’s
            wait and hear what the west coast will suggest! <o:p></o:p></span></p>
        <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; font-family:
            "Arial","sans-serif"; color: rgb(31, 73,
            125);" lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
        <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; font-family:
            "Arial","sans-serif"; color: rgb(31, 73,
            125);" lang="EN-US">I have also tried to use the Blast tool
            at AMIGO. If I understood it correctly, it could be used to
            blast protein sequences against annotated proteins and the
            associated GO terms of the blast hits could be used to
            subsequently look for GO term enrichments. <o:p></o:p></span></p>
        <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; font-family:
            "Arial","sans-serif"; color: rgb(31, 73,
            125);" lang="EN-US">I think the Aspergillus background could
            be used as a background, but I was not able to combine more
            than one blast results in subsequent analyses. Would this
            approach be an alternative?<o:p></o:p></span></p>
        <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; font-family:
            "Arial","sans-serif"; color: rgb(31, 73,
            125);" lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
        <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; font-family:
            "Arial","sans-serif"; color: rgb(31, 73,
            125);" lang="EN-US">Best regards<o:p></o:p></span></p>
        <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; font-family:
            "Arial","sans-serif"; color: rgb(31, 73,
            125);" lang="EN-US">Alfons<o:p></o:p></span></p>
        <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; font-family:
            "Arial","sans-serif"; color: rgb(31, 73,
            125);" lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
        <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; font-family:
            "Arial","sans-serif"; color: rgb(31, 73,
            125);" lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
        <div>
          <p class="MsoNormal"><b><span style="font-size: 11pt;
                font-family: "Arial","sans-serif";
                color: rgb(31, 73, 125);">Dr. Alfons Weig<o:p></o:p></span></b></p>
          <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
              font-family: "Arial","sans-serif";
              color: rgb(31, 73, 125);">DNA-Analytik & Ökoinformatik
              - Univ. Bayreuth<o:p></o:p></span></p>
          <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
              font-family: "Arial","sans-serif";
              color: rgb(31, 73, 125);">Universitätsstrasse 30<o:p></o:p></span></p>
          <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
              font-family: "Arial","sans-serif";
              color: rgb(31, 73, 125);">95447 Bayreuth - Germany<o:p></o:p></span></p>
          <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
              font-family: "Arial","sans-serif";
              color: rgb(31, 73, 125);">Tel. +49 (0)921-552457<o:p></o:p></span></p>
          <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
              font-family: "Arial","sans-serif";
              color: rgb(31, 73, 125);"><a class="moz-txt-link-abbreviated" href="http://www.daneco.uni-bayreuth.de">www.daneco.uni-bayreuth.de</a><o:p></o:p></span></p>
        </div>
        <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; font-family:
            "Arial","sans-serif"; color: rgb(31, 73,
            125);"><o:p> </o:p></span></p>
        <div style="border-width: medium medium medium 1.5pt;
          border-style: none none none solid; border-color:
          -moz-use-text-color -moz-use-text-color -moz-use-text-color
          blue; padding: 0cm 0cm 0cm 4pt;">
          <div>
            <div style="border-right: medium none; border-width: 1pt
              medium medium; border-style: solid none none;
              border-color: rgb(181, 196, 223) -moz-use-text-color
              -moz-use-text-color; padding: 3pt 0cm 0cm;">
              <p class="MsoNormal"><b><span style="font-size: 10pt;
                    font-family:
                    "Tahoma","sans-serif"; color:
                    windowtext;">Von:</span></b><span style="font-size:
                  10pt; font-family:
                  "Tahoma","sans-serif"; color:
                  windowtext;"> Paola Roncaglia [<a class="moz-txt-link-freetext" href="mailto:paola@ebi.ac.uk">mailto:paola@ebi.ac.uk</a>]
                  <br>
                  <b>Gesendet:</b> Mittwoch, 27. Juni 2012 14:15<br>
                  <b>An:</b> Alfons Weig<br>
                  <b>Cc:</b> <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:go-helpdesk@mailman.stanford.edu">go-helpdesk@mailman.stanford.edu</a>;
                  <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:go-software@mailman.stanford.edu">go-software@mailman.stanford.edu</a><br>
                  <b>Betreff:</b> Re: AW: AW: Enrichment GO Help query<o:p></o:p></span></p>
            </div>
          </div>
          <p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
          <p class="MsoNormal">Dear Alfons,<br>
            <br>
            The error message shown below suggests that the AmiGO
            enrichment tool may not be able to process unrecognized IDs
            even if you provide a background set containing GO
            annotations for all those IDs. Before suggesting other
            solutions, I'd wait to hear back from the GO Software group
            if they have any comments, as AmiGO is maintained by them.
            They're located on the West Coast of the US, so it may be a
            few hours before they're able to get back to you.<br>
            <br>
            As for the GAF file format, you may find details here:<br>
            <a moz-do-not-send="true"
              href="http://www.geneontology.org/GO.format.gaf-2_0.shtml">http://www.geneontology.org/GO.format.gaf-2_0.shtml</a><br>
            Since it seems that the data you have have not been
            submitted and included in any public database, if this is
            the case you wouldn't be able to create a properly formatted
            GAF file, as column 1 would have to indicate the database. I
            was hoping that a simple tab-delimited text file, containing
            the information you do have, would be sufficient for the
            tool, but this may not be the case if AmiGO can't relate
            your IDs to any database.<br>
            In your example below, if you did have a database that you
            could indicate, that would have to be column 1 (not "GO" )
            if you wanted to make a GAF file. And yes, the gene product
            IDs should go in column 2.<br>
            <br>
            I'm sorry I don't have any more suggestions at this time but
            please bear with us while we wait to hear from the GO
            Software group. <br>
            Thank you and best regards,<br>
            <br>
            Paola Roncaglia, for GO help.<br>
            <br>
            On 6/27/12 11:48 AM, Alfons Weig wrote: <o:p></o:p></p>
          <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
              font-family: "Arial","sans-serif";">Hello
              Paola, </span><o:p></o:p></p>
          <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
              font-family: "Arial","sans-serif";"> </span><o:p></o:p></p>
          <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
              font-family: "Arial","sans-serif";"
              lang="EN-US">I have tried to follow your instructions but
              was not able to overcome the error shown below. I am not
              sure, in which colum of a GAF file the id should sho up,
              but I assume it is column 2. </span><o:p></o:p></p>
          <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
              font-family: "Arial","sans-serif";"
              lang="EN-US"> </span><o:p></o:p></p>
          <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
              font-family: "Arial","sans-serif";"><img
                id="Bild_x0020_7"
                src="cid:part1.09060306.02010406@ebi.ac.uk" border="0"
                height="164" width="1664"></span><o:p></o:p></p>
          <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
              font-family: "Arial","sans-serif";"
              lang="EN-US"> </span><o:p></o:p></p>
          <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
              font-family: "Arial","sans-serif";"
              lang="EN-US"> </span><o:p></o:p></p>
          <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
              font-family: "Arial","sans-serif";"
              lang="EN-US">I prepared two files </span><o:p></o:p></p>
          <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
              font-family: "Arial","sans-serif";"
              lang="EN-US"> </span><o:p></o:p></p>
          <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
              font-family: "Arial","sans-serif";"
              lang="EN-US">Ex. 1, without col 1 filled in: </span><o:p></o:p></p>
          <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
              font-family: "Arial","sans-serif";"
              lang="EN-US">            100258           
              jgi|Eurhe1|100258|CE89580_18773 0          GO:0006468  
              0          ND                  biological_process     
              protein amino acid phosphorylation              protein
              taxon:41413    20120627        GO            0          </span><o:p></o:p></p>
          <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
              font-family: "Arial","sans-serif";"
              lang="EN-US">            100258           
              jgi|Eurhe1|100258|CE89580_18773 0          GO:0018110  
              0          ND                  molecular_function   
              histone arginine kinase activity                    
              protein taxon:41413    20120627        GO           
              0          </span><o:p></o:p></p>
          <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
              font-family: "Arial","sans-serif";"
              lang="EN-US">            100258           
              jgi|Eurhe1|100258|CE89580_18773 0          GO:0004871  
              0          ND                  molecular_function   
              signal transducer activity                   protein
              taxon:41413    20120627        GO      0            </span><o:p></o:p></p>
          <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
              font-family: "Arial","sans-serif";"
              lang="EN-US">            100258           
              jgi|Eurhe1|100258|CE89580_18773 0          GO:0018106  
              0          ND                  biological_process     
              peptidyl-histidine phosphorylation                 protein
              taxon:41413    20120627        GO            0          </span><o:p></o:p></p>
          <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
              font-family: "Arial","sans-serif";"
              lang="EN-US">            100258           
              jgi|Eurhe1|100258|CE89580_18773 0          GO:0004673  
              0          ND                  molecular_function   
              protein histidine kinase activity                     
              protein taxon:41413    20120627        GO           
              0          </span><o:p></o:p></p>
          <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
              font-family: "Arial","sans-serif";"
              lang="EN-US">            100258           
              jgi|Eurhe1|100258|CE89580_18773 0          GO:0016772  
              0          ND                  molecular_function   
              transferase activity, transferring phosphorus-containing
              groups                 protein            taxon:41413   
              20120627        GO      0          </span><o:p></o:p></p>
          <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
              font-family: "Arial","sans-serif";"
              lang="EN-US"> </span><o:p></o:p></p>
          <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
              font-family: "Arial","sans-serif";"
              lang="EN-US"> </span><o:p></o:p></p>
          <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
              font-family: "Arial","sans-serif";"
              lang="EN-US">Ex. 2, with col 1 filled in (I am not sure
              whether ‘GO’ is correct)</span><o:p></o:p></p>
          <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
              font-family: "Arial","sans-serif";"
              lang="EN-US">GO      100258           
              jgi|Eurhe1|100258|CE89580_18773 0          GO:0006468  
              0          ND                  P            protein amino
              acid phosphorylation              protein taxon:41413   
              20120627        GO      0          </span><o:p></o:p></p>
          <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
              font-family: "Arial","sans-serif";"
              lang="EN-US">GO      100258           
              jgi|Eurhe1|100258|CE89580_18773 0          GO:0018110  
              0          ND                  F            histone
              arginine kinase activity                     protein
              taxon:41413    20120627        GO      0          </span><o:p></o:p></p>
          <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
              font-family: "Arial","sans-serif";"
              lang="EN-US">GO      100258           
              jgi|Eurhe1|100258|CE89580_18773 0          GO:0004871  
              0          ND                  F          signal
              transducer activity                 protein taxon:41413   
              20120627        GO      0          </span><o:p></o:p></p>
          <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
              font-family: "Arial","sans-serif";"
              lang="EN-US">GO      100258           
              jgi|Eurhe1|100258|CE89580_18773 0          GO:0018106  
              0          ND                  P           
              peptidyl-histidine phosphorylation                 protein
              taxon:41413    20120627        GO      0          </span><o:p></o:p></p>
          <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
              font-family: "Arial","sans-serif";"
              lang="EN-US">GO      100258           
              jgi|Eurhe1|100258|CE89580_18773 0          GO:0004673  
              0          ND                  F            protein
              histidine kinase activity                      protein
              taxon:41413    20120627        GO      0          </span><o:p></o:p></p>
          <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
              font-family: "Arial","sans-serif";"
              lang="EN-US">GO      100258           
              jgi|Eurhe1|100258|CE89580_18773 0          GO:0016772  
              0          ND                  F            transferase
              activity, transferring phosphorus-containing
              groups                 protein taxon:41413   
              20120627            GO      0          </span><o:p></o:p></p>
          <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
              font-family: "Arial","sans-serif";"
              lang="EN-US"> </span><o:p></o:p></p>
          <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
              font-family: "Arial","sans-serif";"
              lang="EN-US">Does this information help?</span><o:p></o:p></p>
          <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
              font-family: "Arial","sans-serif";"
              lang="EN-US"> </span><o:p></o:p></p>
          <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
              font-family: "Arial","sans-serif";"
              lang="EN-US">Best regards</span><o:p></o:p></p>
          <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
              font-family: "Arial","sans-serif";"
              lang="EN-US">Alfons</span><o:p></o:p></p>
          <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
              font-family: "Arial","sans-serif";"
              lang="EN-US"> </span><o:p></o:p></p>
          <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
              font-family: "Arial","sans-serif";"
              lang="EN-US"> </span><o:p></o:p></p>
          <div>
            <p class="MsoNormal"><b><span style="font-size: 11pt;
                  font-family: "Arial","sans-serif";
                  color: rgb(31, 73, 125);">Dr. Alfons Weig</span></b><o:p></o:p></p>
            <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
                font-family: "Arial","sans-serif";
                color: rgb(31, 73, 125);">DNA-Analytik &
                Ökoinformatik - Univ. Bayreuth</span><o:p></o:p></p>
            <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
                font-family: "Arial","sans-serif";
                color: rgb(31, 73, 125);">Universitätsstrasse 30</span><o:p></o:p></p>
            <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
                font-family: "Arial","sans-serif";
                color: rgb(31, 73, 125);">95447 Bayreuth - Germany</span><o:p></o:p></p>
            <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
                font-family: "Arial","sans-serif";
                color: rgb(31, 73, 125);">Tel. +49 (0)921-552457</span><o:p></o:p></p>
            <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
                font-family: "Arial","sans-serif";
                color: rgb(31, 73, 125);"><a moz-do-not-send="true"
                  href="http://www.daneco.uni-bayreuth.de">www.daneco.uni-bayreuth.de</a></span><o:p></o:p></p>
          </div>
          <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
              font-family: "Arial","sans-serif";"> </span><o:p></o:p></p>
          <div style="border-width: medium medium medium 1.5pt;
            border-style: none none none solid; padding: 0cm 0cm 0cm
            4pt; border-color: -moz-use-text-color -moz-use-text-color
            -moz-use-text-color blue;">
            <div>
              <div style="border-right: medium none; border-width: 1pt
                medium medium; border-style: solid none none; padding:
                3pt 0cm 0cm; border-color: -moz-use-text-color;">
                <p class="MsoNormal"><b><span style="font-size: 10pt;
                      font-family:
                      "Tahoma","sans-serif"; color:
                      windowtext;">Von:</span></b><span
                    style="font-size: 10pt; font-family:
                    "Tahoma","sans-serif"; color:
                    windowtext;"> Paola Roncaglia [<a
                      moz-do-not-send="true"
                      href="mailto:paola@ebi.ac.uk">mailto:paola@ebi.ac.uk</a>]
                    <br>
                    <b>Gesendet:</b> Mittwoch, 27. Juni 2012 11:48<br>
                    <b>An:</b> Alfons Weig<br>
                    <b>Cc:</b> <a moz-do-not-send="true"
                      href="mailto:go-helpdesk@mailman.stanford.edu">go-helpdesk@mailman.stanford.edu</a>;
                    <a moz-do-not-send="true"
                      href="mailto:go-software@mailman.stanford.edu">go-software@mailman.stanford.edu</a><br>
                    <b>Betreff:</b> Re: AW: Enrichment GO Help query</span><o:p></o:p></p>
              </div>
            </div>
            <p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
            <p class="MsoNormal">Dear Alfons,<br>
              <br>
              Thank you for your email. If I understand correctly, the
              identifiers in the column labeled "#proteinID" have been
              arbitrarily assigned by your sequencing lab? Are these
              identifiers already included in any public database?
              Because if so, I might point you to a way to convert your
              gene product IDs into something that the enrichment tool
              will recognize.<br>
              <br>
              You might still be able to use the AmiGO enrichment tool
              as follows - I'm not entirely sure this will work as I've
              never used it with a newly sequenced species, but it's
              worth a try, and I'm cc-ing the GO Software group on this
              email in case they have any comments:<br>
              <br>
              In the field labeled "Input your gene products", enter the
              list of identifiers for your induced/repressed genes.
              These identifiers should be in the same format as the ones
              in the column labeled "#proteinID" in your example (they
              should be a subset of those proteinIDs). You may simply
              write the IDs in the box (separated by a whitespace), or
              upload a text file with the IDs separated by a newline or
              a whitespace. <br>
              <br>
              Then, in the field labeled "Input your background set",
              upload the full dataset you received from the genome
              sequencing project. You may not need a full GAF file; the
              information you have in your example might suffice. If
              this does not work, we might have to explore other
              solutions. <br>
              <br>
              In the field labeled "Select the database filter", click
              on "No selection".<br>
              <br>
              In the field labeled "IEA annotations", "use IEAs in
              calculation" - select "yes". Because your fungal species
              is newly sequenced, most of the annotations are likely to
              be IEAs (inferred from electronic annotation); please
              review the manual page for the AmiGO enrichment tool, if
              you haven't already done so:<br>
              <a moz-do-not-send="true"
href="http://wiki.geneontology.org/index.php/AmiGO_Manual:_Term_Enrichment">http://wiki.geneontology.org/index.php/AmiGO_Manual:_Term_Enrichment</a><br>
               <br>
              I presume your microarray is not a commercial one. If it
              were commercial, there may be other publicly available
              enrichment tools you could use - feel free to let us know
              in that case.<br>
              <br>
              As for your AmiGO BLAST questions:<br>
              A manual page for the tool is available here: <a
                moz-do-not-send="true"
                href="http://wiki.geneontology.org/index.php/AmiGO_Manual:_BLAST">http://wiki.geneontology.org/index.php/AmiGO_Manual:_BLAST</a><br>
              In particular, see the section "Entering sequences". You
              may use more than one gene, but the format to use depends,
              again, on whether your gene products are included in any
              public database or not. If not, you may use FASTA
              sequences. Please refer to the manual for full details.
              You probably would not want to use BLAST results to do an
              enrichment analysis, as those results will be from species
              that may be quite different from your fungal one.<br>
              <br>
              I hope this answers your queries. If the AmiGO term
              enrichment doesn't work, please let us know and we'll look
              into other solutions.<br>
              <br>
              With best regards,<br>
              <br>
              Paola Roncaglia, for GO help.<br>
              <br>
              On 6/26/12 3:08 PM, Alfons Weig wrote: <o:p></o:p></p>
            <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
                font-family: "Arial","sans-serif";">Dear
                Paola, </span><o:p></o:p></p>
            <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
                font-family: "Arial","sans-serif";"> </span><o:p></o:p></p>
            <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
                font-family: "Arial","sans-serif";"
                lang="EN-US">thank you for your fast reply. </span><o:p></o:p></p>
            <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
                font-family: "Arial","sans-serif";"
                lang="EN-US"> </span><o:p></o:p></p>
            <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
                font-family: "Arial","sans-serif";"
                lang="EN-US">Unfortunately, I do not have a full gene
                association file. I have already looked at you GAF1.0
                and GAF2.0 specifications, but there are too much
                columns in there, which I cannot fill with my data. The
                only dataset I received from the genome sequencing
                project have the following content (4 lines as an
                example). It is probably to less to create a valid GAF
                background file. </span><o:p></o:p></p>
            <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
                font-family: "Arial","sans-serif";"
                lang="EN-US"> </span><o:p></o:p></p>
            <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
                font-family: "Arial","sans-serif";"
                lang="EN-US">#proteinId        gotermId        
                goName          gotermType    goAcc</span><o:p></o:p></p>
            <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
                font-family: "Arial","sans-serif";"
                lang="EN-US">12647  815      rhodopsin-like receptor
                activity         molecular_function    GO:0001584</span><o:p></o:p></p>
            <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
                font-family: "Arial","sans-serif";"
                lang="EN-US">12647  5270    G-protein coupled receptor
                protein signaling pathway        
                biological_process      GO:0007186</span><o:p></o:p></p>
            <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
                font-family: "Arial","sans-serif";"
                lang="EN-US">12647  9321    integral to membrane
                cellular_component    GO:0016021</span><o:p></o:p></p>
            <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
                font-family: "Arial","sans-serif";"
                lang="EN-US">13104  162      nucleotide binding     
                molecular_function    GO:0000166</span><o:p></o:p></p>
            <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
                font-family: "Arial","sans-serif";"
                lang="EN-US">etc.</span><o:p></o:p></p>
            <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
                font-family: "Arial","sans-serif";"
                lang="EN-US"> </span><o:p></o:p></p>
            <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
                font-family: "Arial","sans-serif";"
                lang="EN-US">I have also tried to figure out what
                exactly a “list containing gene products” as the
                background set would mean (see screenshot below taken
                from the GO Term Enrichment page) , but I could not find
                any example for that type of file.. </span><o:p></o:p></p>
            <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
                font-family: "Arial","sans-serif";"><img
                  id="Bild_x0020_1"
                  src="cid:part2.07060508.06080703@ebi.ac.uk" border="0"
                  height="216" width="515"></span><o:p></o:p></p>
            <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
                font-family: "Arial","sans-serif";"
                lang="EN-US"> </span><o:p></o:p></p>
            <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
                font-family: "Arial","sans-serif";"
                lang="EN-US">So, I was looking for a tool which would
                allow me to enter GO terms directly (taken from
                induced/repressed genes) and to overlay it to a GO
                graph.</span><o:p></o:p></p>
            <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
                font-family: "Arial","sans-serif";"
                lang="EN-US"> </span><o:p></o:p></p>
            <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
                font-family: "Arial","sans-serif";"
                lang="EN-US">I have also seen the BLAST tool at AMIGO,
                but I could not figure out how I can combine Blast
                results from more than one gene to initiate a subsequent
                GO Term enrichment analysis; I can only use the results
                of one single gene, right?</span><o:p></o:p></p>
            <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
                font-family: "Arial","sans-serif";"
                lang="EN-US"> </span><o:p></o:p></p>
            <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
                font-family: "Arial","sans-serif";"
                lang="EN-US">Thanks for your help!</span><o:p></o:p></p>
            <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
                font-family: "Arial","sans-serif";"
                lang="EN-US">Best regards</span><o:p></o:p></p>
            <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
                font-family: "Arial","sans-serif";"
                lang="EN-US">Alfons</span><o:p></o:p></p>
            <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
                font-family: "Arial","sans-serif";"
                lang="EN-US"> </span><o:p></o:p></p>
            <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
                font-family: "Arial","sans-serif";"
                lang="EN-US"> </span><o:p></o:p></p>
            <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
                font-family: "Arial","sans-serif";"
                lang="EN-US"> </span><o:p></o:p></p>
            <div>
              <p class="MsoNormal"><b><span style="font-size: 11pt;
                    font-family:
                    "Arial","sans-serif"; color:
                    rgb(31, 73, 125);">Dr. Alfons Weig</span></b><o:p></o:p></p>
              <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
                  font-family: "Arial","sans-serif";
                  color: rgb(31, 73, 125);">DNA-Analytik &
                  Ökoinformatik - Univ. Bayreuth</span><o:p></o:p></p>
              <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
                  font-family: "Arial","sans-serif";
                  color: rgb(31, 73, 125);">Universitätsstrasse 30</span><o:p></o:p></p>
              <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
                  font-family: "Arial","sans-serif";
                  color: rgb(31, 73, 125);">95447 Bayreuth - Germany</span><o:p></o:p></p>
              <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
                  font-family: "Arial","sans-serif";
                  color: rgb(31, 73, 125);">Tel. +49 (0)921-552457</span><o:p></o:p></p>
              <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
                  font-family: "Arial","sans-serif";
                  color: rgb(31, 73, 125);"><a moz-do-not-send="true"
                    href="http://www.daneco.uni-bayreuth.de">www.daneco.uni-bayreuth.de</a></span><o:p></o:p></p>
            </div>
            <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
                font-family: "Arial","sans-serif";"> </span><o:p></o:p></p>
            <div style="border-width: medium medium medium 1.5pt;
              border-style: none none none solid; padding: 0cm 0cm 0cm
              4pt; border-color: -moz-use-text-color -moz-use-text-color
              -moz-use-text-color blue;">
              <div>
                <div style="border-right: medium none; border-width: 1pt
                  medium medium; border-style: solid none none; padding:
                  3pt 0cm 0cm; border-color: -moz-use-text-color;">
                  <p class="MsoNormal"><b><span style="font-size: 10pt;
                        font-family:
                        "Tahoma","sans-serif";
                        color: windowtext;">Von:</span></b><span
                      style="font-size: 10pt; font-family:
                      "Tahoma","sans-serif"; color:
                      windowtext;"> Paola Roncaglia [<a
                        moz-do-not-send="true"
                        href="mailto:paola@ebi.ac.uk">mailto:paola@ebi.ac.uk</a>]
                      <br>
                      <b>Gesendet:</b> Dienstag, 26. Juni 2012 15:46<br>
                      <b>An:</b> <a moz-do-not-send="true"
                        href="mailto:a.weig@uni-bayreuth.de">a.weig@uni-bayreuth.de</a><br>
                      <b>Cc:</b> <a moz-do-not-send="true"
                        href="mailto:go-helpdesk@mailman.stanford.edu">go-helpdesk@mailman.stanford.edu</a><br>
                      <b>Betreff:</b> Re: Enrichment GO Help query</span><o:p></o:p></p>
                </div>
              </div>
              <p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
              <p class="MsoNormal">Dear Alfons,<br>
                <br>
                Thank you for writing to GO.<br>
                <br>
                I have a few questions so I may provide you with better
                indications. Do you have a gene association file for the
                fungal species you're working on? That is, a file that
                includes both the full list of genes in your fungus'
                genome (and/or the genes on the microarray) and the GO
                terms associated to each gene. Is the microarray you're
                using a commercial one?<br>
                <br>
                For your reference, a list of GO tools for enrichment
                analysis is available here:<br>
                <a moz-do-not-send="true"
href="http://www.geneontology.org/GO.tools_by_type.term_enrichment.shtml">http://www.geneontology.org/GO.tools_by_type.term_enrichment.shtml</a>
                <br>
                <br>
                With best regards,<br>
                <br>
                Paola Roncaglia, for GO help.<br>
                <br>
                <br>
                <br>
                <br>
                <br>
                <o:p></o:p></p>
              <table class="MsoNormalTable" style="width: 100%;"
                border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="100%">
                <tbody>
                  <tr>
                    <td style="padding: 0cm;">
                      <div>
                        <p class="MsoNormal">Subject: <o:p></o:p></p>
                      </div>
                      <p class="MsoNormal">GO Help query (from website)<o:p></o:p></p>
                    </td>
                  </tr>
                  <tr>
                    <td style="padding: 0cm;">
                      <div>
                        <p class="MsoNormal">From: <o:p></o:p></p>
                      </div>
                      <p class="MsoNormal"><a moz-do-not-send="true"
                          href="mailto:a.weig@uni-bayreuth.de">a.weig@uni-bayreuth.de</a><o:p></o:p></p>
                    </td>
                  </tr>
                  <tr>
                    <td style="padding: 0cm;">
                      <div>
                        <p class="MsoNormal">Date: <o:p></o:p></p>
                      </div>
                      <p class="MsoNormal">Tue, 26 Jun 2012 00:14:36
                        -0700<o:p></o:p></p>
                    </td>
                  </tr>
                </tbody>
              </table>
              <p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
              <table class="MsoNormalTable" style="width: 100%;"
                border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="100%">
                <tbody>
                  <tr>
                    <td style="padding: 0cm;">
                      <div>
                        <p class="MsoNormal">To: <o:p></o:p></p>
                      </div>
                      <p class="MsoNormal"><a moz-do-not-send="true"
                          href="mailto:go-helpdesk@mailman.stanford.edu">go-helpdesk@mailman.stanford.edu</a><o:p></o:p></p>
                    </td>
                  </tr>
                </tbody>
              </table>
              <p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
              <div>
                <pre>Email: <a moz-do-not-send="true" href="mailto:a.weig@uni-bayreuth.de">a.weig@uni-bayreuth.de</a><o:p></o:p></pre>
                <pre>Name: Ontology (from Alfons Weig)<o:p></o:p></pre>
                <pre>Text: Hello, <o:p></o:p></pre>
                <pre>I have identified induced/repressed genes by microarray analysis from a fully sequenced fungus. Most of these genes were already annotated with GO terms during the sequencing and annotation project. However, this organims is not included in the reference organisms in AMIGO's GO Term enrichment. <o:p></o:p></pre>
                <pre>I am looking for a tool where I can enter GO terms directly to see whether some term are enriched. My hope was to use GO Slimmer using the fungal or Aspergillus slims, but - again - genes are required for input. <o:p></o:p></pre>
                <pre> <o:p></o:p></pre>
                <pre>Is there any tool where I can analyse a subset of GO terms for enrichment/slim analyses. <o:p></o:p></pre>
                <pre> <o:p></o:p></pre>
                <pre>Best regards<o:p></o:p></pre>
                <pre>Alfons Weig<o:p></o:p></pre>
              </div>
              <p class="MsoNormal"><br>
                <br>
                <br>
                <br>
                <o:p></o:p></p>
              <pre>-- <o:p></o:p></pre>
              <pre>Dr Paola Roncaglia<o:p></o:p></pre>
              <pre>GO Editorial Office<o:p></o:p></pre>
              <pre>EMBL-EBI<o:p></o:p></pre>
              <pre>Wellcome Trust Genome Campus<o:p></o:p></pre>
              <pre>Hinxton<o:p></o:p></pre>
              <pre>Cambridgeshire, UK<o:p></o:p></pre>
              <pre>CB10 1SD <o:p></o:p></pre>
              <pre>p: +44 1223 492600<o:p></o:p></pre>
              <pre>f: +44 1223 494468 <o:p></o:p></pre>
            </div>
            <p class="MsoNormal"><br>
              <br>
              <br>
              <o:p></o:p></p>
            <pre>-- <o:p></o:p></pre>
            <pre>Dr Paola Roncaglia<o:p></o:p></pre>
            <pre>GO Editorial Office<o:p></o:p></pre>
            <pre>EMBL-EBI<o:p></o:p></pre>
            <pre>Wellcome Trust Genome Campus<o:p></o:p></pre>
            <pre>Hinxton<o:p></o:p></pre>
            <pre>Cambridgeshire, UK<o:p></o:p></pre>
            <pre>CB10 1SD <o:p></o:p></pre>
            <pre>p: +44 1223 492600<o:p></o:p></pre>
            <pre>f: +44 1223 494468 <o:p></o:p></pre>
          </div>
          <p class="MsoNormal"><br>
            <br>
            <o:p></o:p></p>
          <pre>-- <o:p></o:p></pre>
          <pre>Dr Paola Roncaglia<o:p></o:p></pre>
          <pre>GO Editorial Office<o:p></o:p></pre>
          <pre>EMBL-EBI<o:p></o:p></pre>
          <pre>Wellcome Trust Genome Campus<o:p></o:p></pre>
          <pre>Hinxton<o:p></o:p></pre>
          <pre>Cambridgeshire, UK<o:p></o:p></pre>
          <pre>CB10 1SD <o:p></o:p></pre>
          <pre>p: +44 1223 492600<o:p></o:p></pre>
          <pre>f: +44 1223 494468 <o:p></o:p></pre>
        </div>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
    <pre class="moz-signature" cols="72">-- 
Dr Paola Roncaglia
GO Editorial Office
EMBL-EBI
Wellcome Trust Genome Campus
Hinxton
Cambridgeshire, UK
CB10 1SD 
p: +44 1223 492600
f: +44 1223 494468 </pre>
  </body>
</html>