<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
    <title></title>
  </head>
  <body bgcolor="#ffffff" text="#000000">
    Dear Alfons,<br>
    <br>
    The error message shown below suggests that the AmiGO enrichment
    tool may not be able to process unrecognized IDs even if you provide
    a background set containing GO annotations for all those IDs. Before
    suggesting other solutions, I'd wait to hear back from the GO
    Software group if they have any comments, as AmiGO is maintained by
    them. They're located on the West Coast of the US, so it may be a
    few hours before they're able to get back to you.<br>
    <br>
    As for the GAF file format, you may find details here:<br>
    <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.geneontology.org/GO.format.gaf-2_0.shtml">http://www.geneontology.org/GO.format.gaf-2_0.shtml</a><br>
    Since it seems that the data you have have not been submitted and
    included in any public database, if this is the case you wouldn't be
    able to create a properly formatted GAF file, as column 1 would have
    to indicate the database. I was hoping that a simple tab-delimited
    text file, containing the information you do have, would be
    sufficient for the tool, but this may not be the case if AmiGO can't
    relate your IDs to any database.<br>
    In your example below, if you did have a database that you could
    indicate, that would have to be column 1 (not "GO" ) if you wanted
    to make a GAF file. And yes, the gene product IDs should go in
    column 2.<br>
    <br>
    I'm sorry I don't have any more suggestions at this time but please
    bear with us while we wait to hear from the GO Software group. <br>
    Thank you and best regards,<br>
    <br>
    Paola Roncaglia, for GO help.<br>
    <br>
    On 6/27/12 11:48 AM, Alfons Weig wrote:
    <blockquote
      cite="mid:003f01cd5452$75588780$60099680$@weig@uni-bayreuth.de"
      type="cite">
      <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;
        charset=ISO-8859-1">
      <meta name="Generator" content="Microsoft Word 12 (filtered
        medium)">
      <!--[if !mso]><style>v\:* {behavior:url(#default#VML);}
o\:* {behavior:url(#default#VML);}
w\:* {behavior:url(#default#VML);}
.shape {behavior:url(#default#VML);}
</style><![endif]-->
      <style><!--
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        {font-family:Calibri;
        panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:Tahoma;
        panose-1:2 11 6 4 3 5 4 4 2 4;}
@font-face
        {font-family:Consolas;
        panose-1:2 11 6 9 2 2 4 3 2 4;}
/* Style Definitions */
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        {margin:0cm;
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        font-family:"Times New Roman","serif";
        color:black;}
a:link, span.MsoHyperlink
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        color:blue;
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pre
        {mso-style-priority:99;
        mso-style-link:"HTML Vorformatiert Zchn";
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        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:10.0pt;
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        color:black;}
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span.E-MailFormatvorlage21
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        color:#1F497D;}
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--></style><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapedefaults v:ext="edit" spidmax="2050" />
</xml><![endif]--><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapelayout v:ext="edit">
<o:idmap v:ext="edit" data="1" />
</o:shapelayout></xml><![endif]-->
      <div class="WordSection1">
        <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; font-family:
            "Arial","sans-serif"; color: rgb(31, 73,
            125);">Hello Paola, <o:p></o:p></span></p>
        <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; font-family:
            "Arial","sans-serif"; color: rgb(31, 73,
            125);"><o:p> </o:p></span></p>
        <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; font-family:
            "Arial","sans-serif"; color: rgb(31, 73,
            125);" lang="EN-US">I have tried to follow your instructions
            but was not able to overcome the error shown below. I am not
            sure, in which colum of a GAF file the id should sho up, but
            I assume it is column 2. <o:p></o:p></span></p>
        <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; font-family:
            "Arial","sans-serif"; color: rgb(31, 73,
            125);" lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
        <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; font-family:
            "Arial","sans-serif"; color: rgb(31, 73,
            125);"><img id="Bild_x0020_7"
              src="cid:part1.02090905.09080305@ebi.ac.uk" height="164"
              width="1664"></span><span style="font-size: 11pt;
            font-family: "Arial","sans-serif";
            color: rgb(31, 73, 125);" lang="EN-US"><o:p></o:p></span></p>
        <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; font-family:
            "Arial","sans-serif"; color: rgb(31, 73,
            125);" lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
        <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; font-family:
            "Arial","sans-serif"; color: rgb(31, 73,
            125);" lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
        <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; font-family:
            "Arial","sans-serif"; color: rgb(31, 73,
            125);" lang="EN-US">I prepared two files <o:p></o:p></span></p>
        <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; font-family:
            "Arial","sans-serif"; color: rgb(31, 73,
            125);" lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
        <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; font-family:
            "Arial","sans-serif"; color: rgb(31, 73,
            125);" lang="EN-US">Ex. 1, without col 1 filled in: <o:p></o:p></span></p>
        <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; font-family:
            "Arial","sans-serif"; color: rgb(31, 73,
            125);" lang="EN-US">            100258           
            jgi|Eurhe1|100258|CE89580_18773 0          GO:0006468  
            0          ND                  biological_process     
            protein amino acid phosphorylation              protein
            taxon:41413    20120627        GO            0          <o:p></o:p></span></p>
        <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; font-family:
            "Arial","sans-serif"; color: rgb(31, 73,
            125);" lang="EN-US">            100258           
            jgi|Eurhe1|100258|CE89580_18773 0          GO:0018110  
            0          ND                  molecular_function    histone
            arginine kinase activity                     protein
            taxon:41413    20120627        GO            0          <o:p></o:p></span></p>
        <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; font-family:
            "Arial","sans-serif"; color: rgb(31, 73,
            125);" lang="EN-US">            100258           
            jgi|Eurhe1|100258|CE89580_18773 0          GO:0004871  
            0          ND                  molecular_function    signal
            transducer activity                   protein taxon:41413   
            20120627        GO      0            <o:p></o:p></span></p>
        <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; font-family:
            "Arial","sans-serif"; color: rgb(31, 73,
            125);" lang="EN-US">            100258           
            jgi|Eurhe1|100258|CE89580_18773 0          GO:0018106  
            0          ND                  biological_process     
            peptidyl-histidine phosphorylation                 protein
            taxon:41413    20120627        GO            0          <o:p></o:p></span></p>
        <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; font-family:
            "Arial","sans-serif"; color: rgb(31, 73,
            125);" lang="EN-US">            100258           
            jgi|Eurhe1|100258|CE89580_18773 0          GO:0004673  
            0          ND                  molecular_function    protein
            histidine kinase activity                      protein
            taxon:41413    20120627        GO            0          <o:p></o:p></span></p>
        <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; font-family:
            "Arial","sans-serif"; color: rgb(31, 73,
            125);" lang="EN-US">            100258           
            jgi|Eurhe1|100258|CE89580_18773 0          GO:0016772  
            0          ND                  molecular_function   
            transferase activity, transferring phosphorus-containing
            groups                 protein            taxon:41413   
            20120627        GO      0          <o:p></o:p></span></p>
        <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; font-family:
            "Arial","sans-serif"; color: rgb(31, 73,
            125);" lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
        <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; font-family:
            "Arial","sans-serif"; color: rgb(31, 73,
            125);" lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
        <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; font-family:
            "Arial","sans-serif"; color: rgb(31, 73,
            125);" lang="EN-US">Ex. 2, with col 1 filled in (I am not
            sure whether ‘GO’ is correct)<o:p></o:p></span></p>
        <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; font-family:
            "Arial","sans-serif"; color: rgb(31, 73,
            125);" lang="EN-US">GO      100258           
            jgi|Eurhe1|100258|CE89580_18773 0          GO:0006468  
            0          ND                  P            protein amino
            acid phosphorylation              protein taxon:41413   
            20120627        GO      0          <o:p></o:p></span></p>
        <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; font-family:
            "Arial","sans-serif"; color: rgb(31, 73,
            125);" lang="EN-US">GO      100258           
            jgi|Eurhe1|100258|CE89580_18773 0          GO:0018110  
            0          ND                  F            histone arginine
            kinase activity                     protein taxon:41413   
            20120627        GO      0          <o:p></o:p></span></p>
        <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; font-family:
            "Arial","sans-serif"; color: rgb(31, 73,
            125);" lang="EN-US">GO      100258           
            jgi|Eurhe1|100258|CE89580_18773 0          GO:0004871  
            0          ND                  F          signal transducer
            activity                 protein taxon:41413   
            20120627        GO      0          <o:p></o:p></span></p>
        <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; font-family:
            "Arial","sans-serif"; color: rgb(31, 73,
            125);" lang="EN-US">GO      100258           
            jgi|Eurhe1|100258|CE89580_18773 0          GO:0018106  
            0          ND                  P           
            peptidyl-histidine phosphorylation                 protein
            taxon:41413    20120627        GO      0          <o:p></o:p></span></p>
        <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; font-family:
            "Arial","sans-serif"; color: rgb(31, 73,
            125);" lang="EN-US">GO      100258           
            jgi|Eurhe1|100258|CE89580_18773 0          GO:0004673  
            0          ND                  F            protein
            histidine kinase activity                      protein
            taxon:41413    20120627        GO      0          <o:p></o:p></span></p>
        <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; font-family:
            "Arial","sans-serif"; color: rgb(31, 73,
            125);" lang="EN-US">GO      100258           
            jgi|Eurhe1|100258|CE89580_18773 0          GO:0016772  
            0          ND                  F            transferase
            activity, transferring phosphorus-containing
            groups                 protein taxon:41413   
            20120627            GO      0          <o:p></o:p></span></p>
        <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; font-family:
            "Arial","sans-serif"; color: rgb(31, 73,
            125);" lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
        <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; font-family:
            "Arial","sans-serif"; color: rgb(31, 73,
            125);" lang="EN-US">Does this information help?<o:p></o:p></span></p>
        <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; font-family:
            "Arial","sans-serif"; color: rgb(31, 73,
            125);" lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
        <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; font-family:
            "Arial","sans-serif"; color: rgb(31, 73,
            125);" lang="EN-US">Best regards<o:p></o:p></span></p>
        <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; font-family:
            "Arial","sans-serif"; color: rgb(31, 73,
            125);" lang="EN-US">Alfons<o:p></o:p></span></p>
        <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; font-family:
            "Arial","sans-serif"; color: rgb(31, 73,
            125);" lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
        <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; font-family:
            "Arial","sans-serif"; color: rgb(31, 73,
            125);" lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
        <div>
          <p class="MsoNormal"><b><span style="font-size: 11pt;
                font-family: "Arial","sans-serif";
                color: rgb(31, 73, 125);">Dr. Alfons Weig<o:p></o:p></span></b></p>
          <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
              font-family: "Arial","sans-serif";
              color: rgb(31, 73, 125);">DNA-Analytik & Ökoinformatik
              - Univ. Bayreuth<o:p></o:p></span></p>
          <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
              font-family: "Arial","sans-serif";
              color: rgb(31, 73, 125);">Universitätsstrasse 30<o:p></o:p></span></p>
          <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
              font-family: "Arial","sans-serif";
              color: rgb(31, 73, 125);">95447 Bayreuth - Germany<o:p></o:p></span></p>
          <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
              font-family: "Arial","sans-serif";
              color: rgb(31, 73, 125);">Tel. +49 (0)921-552457<o:p></o:p></span></p>
          <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
              font-family: "Arial","sans-serif";
              color: rgb(31, 73, 125);"><a class="moz-txt-link-abbreviated" href="http://www.daneco.uni-bayreuth.de">www.daneco.uni-bayreuth.de</a><o:p></o:p></span></p>
        </div>
        <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; font-family:
            "Arial","sans-serif"; color: rgb(31, 73,
            125);"><o:p> </o:p></span></p>
        <div style="border-width: medium medium medium 1.5pt;
          border-style: none none none solid; border-color:
          -moz-use-text-color -moz-use-text-color -moz-use-text-color
          blue; padding: 0cm 0cm 0cm 4pt;">
          <div>
            <div style="border-right: medium none; border-width: 1pt
              medium medium; border-style: solid none none;
              border-color: rgb(181, 196, 223) -moz-use-text-color
              -moz-use-text-color; padding: 3pt 0cm 0cm;">
              <p class="MsoNormal"><b><span style="font-size: 10pt;
                    font-family:
                    "Tahoma","sans-serif"; color:
                    windowtext;">Von:</span></b><span style="font-size:
                  10pt; font-family:
                  "Tahoma","sans-serif"; color:
                  windowtext;"> Paola Roncaglia [<a class="moz-txt-link-freetext" href="mailto:paola@ebi.ac.uk">mailto:paola@ebi.ac.uk</a>]
                  <br>
                  <b>Gesendet:</b> Mittwoch, 27. Juni 2012 11:48<br>
                  <b>An:</b> Alfons Weig<br>
                  <b>Cc:</b> <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:go-helpdesk@mailman.stanford.edu">go-helpdesk@mailman.stanford.edu</a>;
                  <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:go-software@mailman.stanford.edu">go-software@mailman.stanford.edu</a><br>
                  <b>Betreff:</b> Re: AW: Enrichment GO Help query<o:p></o:p></span></p>
            </div>
          </div>
          <p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
          <p class="MsoNormal">Dear Alfons,<br>
            <br>
            Thank you for your email. If I understand correctly, the
            identifiers in the column labeled "#proteinID" have been
            arbitrarily assigned by your sequencing lab? Are these
            identifiers already included in any public database? Because
            if so, I might point you to a way to convert your gene
            product IDs into something that the enrichment tool will
            recognize.<br>
            <br>
            You might still be able to use the AmiGO enrichment tool as
            follows - I'm not entirely sure this will work as I've never
            used it with a newly sequenced species, but it's worth a
            try, and I'm cc-ing the GO Software group on this email in
            case they have any comments:<br>
            <br>
            In the field labeled "Input your gene products", enter the
            list of identifiers for your induced/repressed genes. These
            identifiers should be in the same format as the ones in the
            column labeled "#proteinID" in your example (they should be
            a subset of those proteinIDs). You may simply write the IDs
            in the box (separated by a whitespace), or upload a text
            file with the IDs separated by a newline or a whitespace. <br>
            <br>
            Then, in the field labeled "Input your background set",
            upload the full dataset you received from the genome
            sequencing project. You may not need a full GAF file; the
            information you have in your example might suffice. If this
            does not work, we might have to explore other solutions. <br>
            <br>
            In the field labeled "Select the database filter", click on
            "No selection".<br>
            <br>
            In the field labeled "IEA annotations", "use IEAs in
            calculation" - select "yes". Because your fungal species is
            newly sequenced, most of the annotations are likely to be
            IEAs (inferred from electronic annotation); please review
            the manual page for the AmiGO enrichment tool, if you
            haven't already done so:<br>
            <a moz-do-not-send="true"
href="http://wiki.geneontology.org/index.php/AmiGO_Manual:_Term_Enrichment">http://wiki.geneontology.org/index.php/AmiGO_Manual:_Term_Enrichment</a><br>
             <br>
            I presume your microarray is not a commercial one. If it
            were commercial, there may be other publicly available
            enrichment tools you could use - feel free to let us know in
            that case.<br>
            <br>
            As for your AmiGO BLAST questions:<br>
            A manual page for the tool is available here: <a
              moz-do-not-send="true"
              href="http://wiki.geneontology.org/index.php/AmiGO_Manual:_BLAST">http://wiki.geneontology.org/index.php/AmiGO_Manual:_BLAST</a><br>
            In particular, see the section "Entering sequences". You may
            use more than one gene, but the format to use depends,
            again, on whether your gene products are included in any
            public database or not. If not, you may use FASTA sequences.
            Please refer to the manual for full details. You probably
            would not want to use BLAST results to do an enrichment
            analysis, as those results will be from species that may be
            quite different from your fungal one.<br>
            <br>
            I hope this answers your queries. If the AmiGO term
            enrichment doesn't work, please let us know and we'll look
            into other solutions.<br>
            <br>
            With best regards,<br>
            <br>
            Paola Roncaglia, for GO help.<br>
            <br>
            On 6/26/12 3:08 PM, Alfons Weig wrote: <o:p></o:p></p>
          <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
              font-family: "Arial","sans-serif";">Dear
              Paola, </span><o:p></o:p></p>
          <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
              font-family: "Arial","sans-serif";"> </span><o:p></o:p></p>
          <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
              font-family: "Arial","sans-serif";"
              lang="EN-US">thank you for your fast reply. </span><o:p></o:p></p>
          <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
              font-family: "Arial","sans-serif";"
              lang="EN-US"> </span><o:p></o:p></p>
          <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
              font-family: "Arial","sans-serif";"
              lang="EN-US">Unfortunately, I do not have a full gene
              association file. I have already looked at you GAF1.0 and
              GAF2.0 specifications, but there are too much columns in
              there, which I cannot fill with my data. The only dataset
              I received from the genome sequencing project have the
              following content (4 lines as an example). It is probably
              to less to create a valid GAF background file. </span><o:p></o:p></p>
          <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
              font-family: "Arial","sans-serif";"
              lang="EN-US"> </span><o:p></o:p></p>
          <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
              font-family: "Arial","sans-serif";"
              lang="EN-US">#proteinId        gotermId        
              goName          gotermType    goAcc</span><o:p></o:p></p>
          <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
              font-family: "Arial","sans-serif";"
              lang="EN-US">12647  815      rhodopsin-like receptor
              activity         molecular_function    GO:0001584</span><o:p></o:p></p>
          <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
              font-family: "Arial","sans-serif";"
              lang="EN-US">12647  5270    G-protein coupled receptor
              protein signaling pathway         biological_process     
              GO:0007186</span><o:p></o:p></p>
          <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
              font-family: "Arial","sans-serif";"
              lang="EN-US">12647  9321    integral to membrane
              cellular_component    GO:0016021</span><o:p></o:p></p>
          <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
              font-family: "Arial","sans-serif";"
              lang="EN-US">13104  162      nucleotide binding     
              molecular_function    GO:0000166</span><o:p></o:p></p>
          <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
              font-family: "Arial","sans-serif";"
              lang="EN-US">etc.</span><o:p></o:p></p>
          <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
              font-family: "Arial","sans-serif";"
              lang="EN-US"> </span><o:p></o:p></p>
          <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
              font-family: "Arial","sans-serif";"
              lang="EN-US">I have also tried to figure out what exactly
              a “list containing gene products” as the background set
              would mean (see screenshot below taken from the GO Term
              Enrichment page) , but I could not find any example for
              that type of file.. </span><o:p></o:p></p>
          <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
              font-family: "Arial","sans-serif";"><img
                id="Bild_x0020_1"
                src="cid:part2.07030001.09090400@ebi.ac.uk" border="0"
                height="216" width="515"></span><o:p></o:p></p>
          <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
              font-family: "Arial","sans-serif";"
              lang="EN-US"> </span><o:p></o:p></p>
          <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
              font-family: "Arial","sans-serif";"
              lang="EN-US">So, I was looking for a tool which would
              allow me to enter GO terms directly (taken from
              induced/repressed genes) and to overlay it to a GO graph.</span><o:p></o:p></p>
          <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
              font-family: "Arial","sans-serif";"
              lang="EN-US"> </span><o:p></o:p></p>
          <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
              font-family: "Arial","sans-serif";"
              lang="EN-US">I have also seen the BLAST tool at AMIGO, but
              I could not figure out how I can combine Blast results
              from more than one gene to initiate a subsequent GO Term
              enrichment analysis; I can only use the results of one
              single gene, right?</span><o:p></o:p></p>
          <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
              font-family: "Arial","sans-serif";"
              lang="EN-US"> </span><o:p></o:p></p>
          <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
              font-family: "Arial","sans-serif";"
              lang="EN-US">Thanks for your help!</span><o:p></o:p></p>
          <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
              font-family: "Arial","sans-serif";"
              lang="EN-US">Best regards</span><o:p></o:p></p>
          <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
              font-family: "Arial","sans-serif";"
              lang="EN-US">Alfons</span><o:p></o:p></p>
          <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
              font-family: "Arial","sans-serif";"
              lang="EN-US"> </span><o:p></o:p></p>
          <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
              font-family: "Arial","sans-serif";"
              lang="EN-US"> </span><o:p></o:p></p>
          <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
              font-family: "Arial","sans-serif";"
              lang="EN-US"> </span><o:p></o:p></p>
          <div>
            <p class="MsoNormal"><b><span style="font-size: 11pt;
                  font-family: "Arial","sans-serif";
                  color: rgb(31, 73, 125);">Dr. Alfons Weig</span></b><o:p></o:p></p>
            <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
                font-family: "Arial","sans-serif";
                color: rgb(31, 73, 125);">DNA-Analytik &
                Ökoinformatik - Univ. Bayreuth</span><o:p></o:p></p>
            <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
                font-family: "Arial","sans-serif";
                color: rgb(31, 73, 125);">Universitätsstrasse 30</span><o:p></o:p></p>
            <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
                font-family: "Arial","sans-serif";
                color: rgb(31, 73, 125);">95447 Bayreuth - Germany</span><o:p></o:p></p>
            <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
                font-family: "Arial","sans-serif";
                color: rgb(31, 73, 125);">Tel. +49 (0)921-552457</span><o:p></o:p></p>
            <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
                font-family: "Arial","sans-serif";
                color: rgb(31, 73, 125);"><a moz-do-not-send="true"
                  href="http://www.daneco.uni-bayreuth.de">www.daneco.uni-bayreuth.de</a></span><o:p></o:p></p>
          </div>
          <p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt;
              font-family: "Arial","sans-serif";"> </span><o:p></o:p></p>
          <div style="border-width: medium medium medium 1.5pt;
            border-style: none none none solid; padding: 0cm 0cm 0cm
            4pt; border-color: -moz-use-text-color -moz-use-text-color
            -moz-use-text-color blue;">
            <div>
              <div style="border-right: medium none; border-width: 1pt
                medium medium; border-style: solid none none; padding:
                3pt 0cm 0cm; border-color: -moz-use-text-color;">
                <p class="MsoNormal"><b><span style="font-size: 10pt;
                      font-family:
                      "Tahoma","sans-serif"; color:
                      windowtext;">Von:</span></b><span
                    style="font-size: 10pt; font-family:
                    "Tahoma","sans-serif"; color:
                    windowtext;"> Paola Roncaglia [<a
                      moz-do-not-send="true"
                      href="mailto:paola@ebi.ac.uk">mailto:paola@ebi.ac.uk</a>]
                    <br>
                    <b>Gesendet:</b> Dienstag, 26. Juni 2012 15:46<br>
                    <b>An:</b> <a moz-do-not-send="true"
                      href="mailto:a.weig@uni-bayreuth.de">a.weig@uni-bayreuth.de</a><br>
                    <b>Cc:</b> <a moz-do-not-send="true"
                      href="mailto:go-helpdesk@mailman.stanford.edu">go-helpdesk@mailman.stanford.edu</a><br>
                    <b>Betreff:</b> Re: Enrichment GO Help query</span><o:p></o:p></p>
              </div>
            </div>
            <p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
            <p class="MsoNormal">Dear Alfons,<br>
              <br>
              Thank you for writing to GO.<br>
              <br>
              I have a few questions so I may provide you with better
              indications. Do you have a gene association file for the
              fungal species you're working on? That is, a file that
              includes both the full list of genes in your fungus'
              genome (and/or the genes on the microarray) and the GO
              terms associated to each gene. Is the microarray you're
              using a commercial one?<br>
              <br>
              For your reference, a list of GO tools for enrichment
              analysis is available here:<br>
              <a moz-do-not-send="true"
href="http://www.geneontology.org/GO.tools_by_type.term_enrichment.shtml">http://www.geneontology.org/GO.tools_by_type.term_enrichment.shtml</a>
              <br>
              <br>
              With best regards,<br>
              <br>
              Paola Roncaglia, for GO help.<br>
              <br>
              <br>
              <br>
              <br>
              <o:p></o:p></p>
            <table class="MsoNormalTable" style="width: 100%;"
              border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="100%">
              <tbody>
                <tr>
                  <td style="padding: 0cm;">
                    <div>
                      <p class="MsoNormal">Subject: <o:p></o:p></p>
                    </div>
                    <p class="MsoNormal">GO Help query (from website)<o:p></o:p></p>
                  </td>
                </tr>
                <tr>
                  <td style="padding: 0cm;">
                    <div>
                      <p class="MsoNormal">From: <o:p></o:p></p>
                    </div>
                    <p class="MsoNormal"><a moz-do-not-send="true"
                        href="mailto:a.weig@uni-bayreuth.de">a.weig@uni-bayreuth.de</a><o:p></o:p></p>
                  </td>
                </tr>
                <tr>
                  <td style="padding: 0cm;">
                    <div>
                      <p class="MsoNormal">Date: <o:p></o:p></p>
                    </div>
                    <p class="MsoNormal">Tue, 26 Jun 2012 00:14:36 -0700<o:p></o:p></p>
                  </td>
                </tr>
              </tbody>
            </table>
            <p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
            <table class="MsoNormalTable" style="width: 100%;"
              border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="100%">
              <tbody>
                <tr>
                  <td style="padding: 0cm;">
                    <div>
                      <p class="MsoNormal">To: <o:p></o:p></p>
                    </div>
                    <p class="MsoNormal"><a moz-do-not-send="true"
                        href="mailto:go-helpdesk@mailman.stanford.edu">go-helpdesk@mailman.stanford.edu</a><o:p></o:p></p>
                  </td>
                </tr>
              </tbody>
            </table>
            <p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
            <div>
              <pre>Email: <a moz-do-not-send="true" href="mailto:a.weig@uni-bayreuth.de">a.weig@uni-bayreuth.de</a><o:p></o:p></pre>
              <pre>Name: Ontology (from Alfons Weig)<o:p></o:p></pre>
              <pre>Text: Hello, <o:p></o:p></pre>
              <pre>I have identified induced/repressed genes by microarray analysis from a fully sequenced fungus. Most of these genes were already annotated with GO terms during the sequencing and annotation project. However, this organims is not included in the reference organisms in AMIGO's GO Term enrichment. <o:p></o:p></pre>
              <pre>I am looking for a tool where I can enter GO terms directly to see whether some term are enriched. My hope was to use GO Slimmer using the fungal or Aspergillus slims, but - again - genes are required for input. <o:p></o:p></pre>
              <pre> <o:p></o:p></pre>
              <pre>Is there any tool where I can analyse a subset of GO terms for enrichment/slim analyses. <o:p></o:p></pre>
              <pre> <o:p></o:p></pre>
              <pre>Best regards<o:p></o:p></pre>
              <pre>Alfons Weig<o:p></o:p></pre>
            </div>
            <p class="MsoNormal"><br>
              <br>
              <br>
              <o:p></o:p></p>
            <pre>-- <o:p></o:p></pre>
            <pre>Dr Paola Roncaglia<o:p></o:p></pre>
            <pre>GO Editorial Office<o:p></o:p></pre>
            <pre>EMBL-EBI<o:p></o:p></pre>
            <pre>Wellcome Trust Genome Campus<o:p></o:p></pre>
            <pre>Hinxton<o:p></o:p></pre>
            <pre>Cambridgeshire, UK<o:p></o:p></pre>
            <pre>CB10 1SD <o:p></o:p></pre>
            <pre>p: +44 1223 492600<o:p></o:p></pre>
            <pre>f: +44 1223 494468 <o:p></o:p></pre>
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            <br>
            <o:p></o:p></p>
          <pre>-- <o:p></o:p></pre>
          <pre>Dr Paola Roncaglia<o:p></o:p></pre>
          <pre>GO Editorial Office<o:p></o:p></pre>
          <pre>EMBL-EBI<o:p></o:p></pre>
          <pre>Wellcome Trust Genome Campus<o:p></o:p></pre>
          <pre>Hinxton<o:p></o:p></pre>
          <pre>Cambridgeshire, UK<o:p></o:p></pre>
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    </blockquote>
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    <pre class="moz-signature" cols="72">-- 
Dr Paola Roncaglia
GO Editorial Office
EMBL-EBI
Wellcome Trust Genome Campus
Hinxton
Cambridgeshire, UK
CB10 1SD 
p: +44 1223 492600
f: +44 1223 494468 </pre>
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