<html><head></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div>The next NCBO Webinar will be presented May 2 by Oliver He from the University of Michigan Medical School on "Vaccine Ontology (VO) and its application in literature mining of vaccine-gene interaction networks" at 10:00am PT, Wednesday, May 2.  Below is information on how to join the online meeting via WebEx and accompanying teleconference. For the full schedule of the NCBO Webinar presentations see: <a href="http://www.bioontology.org/webinar-series">http://www.bioontology.org/webinar-series</a>.</div><div><br></div><div><br></div><div><p>ABSTRACT: </p><p>The Vaccine Ontology (VO, <a href="http://www.violinet.org/vaccineontology">http://www.violinet.org/vaccineontology</a>) is
 a community-based biomedical ontology in the domain of vaccine and 
vaccination. As of April 29, VO contains 5,578 ontology terms including 
5,145 VO-specific terms, and the other terms are imported from over ten 
existing ontologies. VO represents over 1,000 licensed vaccines and 
vaccine candidates in clinical trials and in research. These vaccines 
have been developed against infections of various bacterial, viral, and 
parasitic pathogens as well as cancers in over 20 animal species.  VO 
also represents all types of vaccine components (e.g., vaccine antigens 
and adjuvants) and vaccine preparations. In addition, various 
vaccine-induced immune responses and protection against specific 
disorders are being modeled in VO. We have developed VO-based natural 
language processing (NLP) approaches to retrieve and analyze 
vaccine-specific interaction networks of host or pathogen genes. Our use
 case studies demonstrated: (1) VO and centrality-based literature 
mining dramatically increased the identification of interferon-gamma 
(IFNG) and vaccine-associated human genes and gene interactions; (2) a 
NLP literature mining method based on VO and the Interaction Network 
Ontology (INO) allows the detection of significantly over- and 
under-represented gene-gene interactions in the IFNG network and 
IFNG-vaccine subnetwork; and (3) VO-based literature mining provided 
better performance than the MeSH-based PubMed approach in retrieving the
 interactions between vaccines and genes from Brucella (a bacterial 
pathogen). Novel scientific hypotheses have been generated through these
 ontology-based literature mining studies.        </p><p>
<br>
<br>
SPEAKER BIO:</p><p>Yongqun “Oliver” He is an associate professor in the Unit for 
Laboratory Animal Medicine, Department of Microbiology, Center for 
Computational Medicine and Bioinformatics, and Comprehensive Cancer 
Center of the University of Michigan Medical School, Ann Arbor, MI, USA.
 He has initiated and led the development of several biomedical 
ontologies, including the community-based Vaccine Ontology (VO; 
<a href="http://www.violinet.org/vaccineontology">http://www.violinet.org/vaccineontology</a>) and Ontology of Adverse Events 
(OAE; <a href="http://www.oae-ontology.org">http://www.oae-ontology.org</a>). His group, through collaborations 
with others, has developed several ontology-oriented software programs 
including OntoFox (<a href="http://ontofox.hegroup.org">http://ontofox.hegroup.org</a>) for importing and reusing
 individual ontology terms and Ontobee (<a href="http://www.ontobee.org">http://www.ontobee.org</a>) as a 
linked RDF data server for ontology term information retrieval and 
display. His group has also developed and applied ontology-based 
literature mining tools to study biological pathways with an emphasis on
 vaccine-associated gene interaction networks among host and pathogen 
genes.</p><div> <br class="webkit-block-placeholder"></div><p>WEBEX DETAILS:</p><div><div>------------------------------------------------------- </div><div>To start or join the online meeting </div><div>------------------------------------------------------- </div><div>Go to <a href="https://stanford.webex.com/stanford/j.php?ED=175352027&UID=481527042&PW=NYjM4OTVlZTFj&RT=MiM0">https://stanford.webex.com/stanford/j.php?ED=175352027&UID=481527042&PW=NYjM4OTVlZTFj&RT=MiM0</a> </div><div>Meeting Password: ncbo</div><div><br></div><div><br></div><div>------------------------------------------------------- </div><div>Audio conference information </div><div>------------------------------------------------------- </div><div>To receive a call back, provide your phone number when you join the meeting, or call the number below and enter the access code. </div><div>Call-in toll number (US/Canada): 1-650-429-3300 </div><div>Global call-in numbers: <a href="https://stanford.webex.com/stanford/globalcallin.php?serviceType=MC&ED=175352027&tollFree=0">https://stanford.webex.com/stanford/globalcallin.php?serviceType=MC&ED=175352027&tollFree=0</a> </div><div><br></div><div>Access code:925 343 903</div><div><br></div></div></div><div><br></div><br><div>
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div><div style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Arial; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; ">Trish Whetzel, PhD</div><div style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Arial; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; ">Outreach Coordinator</div><div style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Arial; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; ">The National Center for Biomedical Ontology</div><div style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Arial; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; ">Ph: 650-721-2378</div><div style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Arial; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><a href="http://www.bioontology.org">http://www.bioontology.org</a></div><div style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Arial; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><br></div><div><div><div><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; ">"Like" NCBO on Facebook: <a href="http://on.fb.me/bioontology">http://on.fb.me/bioontology</a></span></div><div><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; "><br></span></div><div><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; ">Follow NCBO on Twitter: <a href="http://twitter.com/#!/bioontology">http://twitter.com/#!/bioontology</a></span></div><div><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; "><br></span></div><div><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; ">Join in Discussions on LinkedIn: <a href="http://linkd.in/ncbo-group">http://linkd.in/ncbo-group</a></span></div></div></div></div></div></div></div></div>
</div>
<br></body></html>